ฮอไรซอนไฮ โรงเรียนสำหรับอัจฉริยะ รับปีเตอร์เข้าเรียนในเวลาเดียวกันกับที่แฮร์รี่ ออสบอร์น เพื่อนสนิทของเขา โดนพักการเรียน ปีเตอร์เปิดตัวในฐานะสไปเดอร์-แมนและต้องต่อสู้กับวัลเจอร์

สไปเดอร์-แมนต้องหาทางหยุดสกอร์เปี้ยนไม่ให้ก่อเรื่องที่พิพิธภัณฑ์

นอร์แมน ออสบอร์นก่อตั้งสถาบันออสบอร์นสำหรับผู้เป็นเลิศเพื่อช่วยให้แฮร์รี่ไม่ต้องขายหน้าจากการโดนพักการเรียนที่ฮอไรซอนไฮ

สไปเดอร์-แมนต้องหยุดแบล็คแคทที่กำลังตระเวนลักขโมยของ พร้อมๆ กับต้องจัดการภาระหน้าที่ในโรงเรียนด้วย

ฮอไรซอนไฮจัดงานเต้นรำเพื่อเป็นเกียรติให้แฮร์รี่ที่เพิ่งพ้นมลทิน แต่นอร์แมนกลับขอให้แฮร์รี่อยู่ที่สถาบันต่อ

สไปเดอร์-แมนได้พบกับแซนด์แมนผู้ทรงพลังแต่ไร้การควบคุมและช่วยให้เขาได้พบหน้ากับลูกสาวที่ห่างกันไปอีกครั้ง โดยได้ความช่วยเหลือจากซิมไบโอตเวน่อม

เมื่อสไปเดอร์-แมนสวมชุดใหม่สีดำ เขาก็ได้รู้ว่ามีอันตรายใหญ่หลวงแฝงมากับพลังใหม่ เขาต้องหาทางเอาชนะชุดที่ต้องการทำลายเขาให้ได้

เมื่อเรื่องซิมไบโอตสุดสยองได้จบลง สไปดี้จึงสวมชุดเก่าไปงานสตาร์ค เอ็กซ์โป แต่เมื่อโกสต์ก่อเหตุยึดครองงานได้สำเร็จ ทางเดียวที่ปีเตอร์จะช่วยชีวิตผู้คนได้คือต้องปลดปล่อยพลังซิมไบโอต

เมื่อไมลส์ โมราเลสโดนแมงมุมทดลองกัดและได้กลายเป็นคิดอารักนิด สไปดี้จึงสอนไมลส์เกี่ยวกับความรับผิดชอบในฐานะซูเปอร์ฮีโร่ก่อนที่เขาจะทำให้ตัวเองอยู่ในอันตราย

เครเว่น ยอดนายพรานเริ่มถ่ายทอดสดการตามล่าสไปเดอร์-แมน สไปดี้และคิดอารักนิดต้องปราบเจ้าวายร้ายก่อนมันจะจับทั้งคู่ส่งตัวให้นอร์แมน ออสบอร์นสำเร็จ

ในคืนฮาโลวีน สไปเดอร์-แมนรวมทีมกับฮัลค์เพื่อปราบแมนวูล์ฟ มนุษย์หมาป่าสุดแข็งแกร่งซึ่งได้พลังจากรังสีแกมมาที่พยายามทำให้คนในแมนฮัตตันติดเชื้อให้หมด

สไปดี้ต้องหยุดยั้งวายร้ายปลายแถวคนหนึ่งที่ได้เทคโนโลยีแช่แข็งสุดล้ำมาครอบครอง

ซิมไบโอตได้หลุดออกมาจากห้องกักเก็บของอเวนเจอร์สและฝังตัวเข้าไปในพาหะคนใหม่ สไปดี้จึงต้องหาทางปราบมันพร้อมทั้งหาให้ได้ว่ามันไปแพร่เชื้อใส่ใครกันแน่

วายร้ายสวมเครื่องแบบหน้าใหม่ชื่อสกรูว์บอลโจมตีสไปเดอร์-แมนด้วยการใช้วิดีโอกลั่นแกล้งออนไลน์ ทำให้เขาไม่สามารถออกไปผดุงธรรมได้

เมื่อออตโต อ็อคเตเวียสโดนระเบิดจนทำให้แขนกลของเขาเชื่อมกับร่างกาย สไปเดอร์-แมนจึงเห็นโอกาสชวนอ็อคโตปุสมาร่วมทีม

ปีเตอร์ไปใช้เวลาอยู่ในสถาบันออสบอร์นหนึ่งวันโดยหวังว่าจะเจอหลักฐานโน้มน้าวให้แฮร์รี่เชื่อได้ว่าพ่อเขาพยายามทำลายสไปเดอร์-แมน

สไปเดอร์-แมนต้องร่วมมือกับเกว็น สเตซี่และแฮร์รี่ ออสบอร์นที่ไม่ค่อยเต็มใจเท่าไร เพื่อสืบหาความจริงเบื้องหลังการหายตัวไปของเรย์มอนด์ วอร์เรน หรือแจ็กเกิล

สไปเดอร์-แมนตามล่าวายร้ายคนใหม่ที่มีพลังแมงมุม ซึ่งขโมยชุดพรางตัวที่อยู่ในช่วงทดลองของเขาไป และเป็นภัยคุกคามต่อทั้งเมือง

ทุกคนในแมนฮัตตันได้รับพลังแมงมุม สไปเดอร์-แมนและสไปเดอร์-เกว็นต้องช่วยแบล็ค วิโดว์ตามล่าครอสโบนส์ก่อนที่เขาจะนำไวเบรเนียมไปส่งให้อาร์นิม โซล่าและไฮดร้าได้สำเร็จ

ปีเตอร์ต้องหาทางรักษาเกว็น สเตซี่และนอร์แมน ออสบอร์นที่กลายร่างเป็นปีศาจแมงมุม เรื่องเริ่มยุ่งยากขึ้นเมื่อเครเว่น ยอดนายพรานเปลี่ยนนิวยอร์กให้กลายเป็นพื้นที่ล่าของเขา

ปีเตอร์และแฮร์รี่ต้องฝ่าเกาะที่เต็มไปด้วยปีศาจแมงมุมเพื่อไปหานอร์แมน ออสบอร์นที่ดูเหมือนกำลังควบคุมพวกมันอยู่ หนุ่มๆ ได้รู้สักทีว่าใครอยู่เบื้่องหลังเรื่องทั้งหมด

สไปเดอร์-แมนหาทางรักษาปีศาจแมงมุมในแมนฮัตตัน เขาต้องนำทีมคิดอารักนิด อันยา และแฮร์รี่ต่อสู้เฮือกสุดท้ายเพื่อหยุดยั้งแจ็กเกิล

สไปเดอร์-แมนเผชิญหน้ากับด็อกอ็อคและทีมซินนิสเตอร์ไฟฟ์ของเขาก่อนที่เขาจะโดนล้างสมองและทำลายเมืองนิวยอร์ก

สไปเดอร์-แมนต้องหาทางหยุดฮ็อบก็อบลินที่พยายามทำลายเขาให้ได้ไม่ว่าจะต้องแลกด้วยอะไรก็ตาม