巨大な大穴『アビス』の縁に築かれた街、『オース』で暮らす探窟家見習いの少女・リコ。ある日、探窟中に孤児院の仲間の少年・ナットが巨大な蛇状の生物「ベニクチナワ」に襲われているところに遭遇する。とっさの機転で注意を逸らしたリコだったが、今度は自分がベニクチナワに襲われてしまう。絶体絶命のその瞬間、突然辺りが閃光と轟音に包まれて・・・。

夜、リコの部屋に集まった子供たちは、レグがアビスの底からやって来たのではないかと推測していた。シギーは、発掘された遺物がまとめられた図鑑『遺物録』のどこにもレグのような遺物は載っておらず、アビス史上最も価値のある遺物の一つ『奈落の至宝（オーバード）』かもしれないという。もしレグが大人たちに見つかってしまうと「取り上げられて分解されてしまう」と恐れた子供たちは、ある作戦を実行するのだが…。

ライザが持っていたという封書に書かれていたのは「アビスの底で待つ」というメッセージだった。ライザから自分宛に送られた手紙だと確信したリコは、アビスの底を目指す旅に出たいと仲間たちに打ち明ける。だが、二度と戻って来れなくなる旅になると忠告するナットと喧嘩になり…。そんな中、レグは孤児院にやってきて初めての探窟に出かける事になった。改めてアビスに潜ったレグだったが…。

リコが目を覚ますと、眼前にはレグの寝顔とロープのように張り巡らされた腕があった。『オース』から旅立った二人は深界一層『アビスの淵』に到達しており、周囲を常に警戒する必要があったのだ。「この速さなら奈落の底へ行ける！」と目を輝かせるリコだったが、お腹が空いた様子。そこで特製のリコ汁を作って食べていると、レグはふとポケットに入っていた封筒を思い出した。そこに書かれていた文字は…。

深界二層『誘いの森』に到達したリコとレグ。シギーの言葉では、赤笛がここまで降りれば自殺扱いになるほど、行く事も戻る事も難しくなるという。追っ手を振り切ったと安心した二人はアマギリの葉が群生する森を歩いていると、遠くから人の声が聞こえてきた。助けを呼ぶ声のする方へ慌てて向かうと、そこには巨大な鳥のような生物と傍らに倒れている探窟家がいて…。

ようやく『監視基地（シーカーキャンプ）』に到着したリコとレグを迎えたのは、不動卿『動かざるオーゼン』。ハボルグの話では、現役の白笛でアビス深層で生まれたリコをライザと共に地上まで運んだという。命の恩人に対してお礼を言うリコだったが、オーゼンは不気味な表情で笑い始め…。そして、オーゼンの直弟子『マルルク』と一晩過ごすことになった二人。リコが深夜に目を覚ますと…。

リコたちと別れ、オースの街に戻ったハボルグは、白笛の中でも特に無双の怪力を持つ“不動卿”オーゼンについてナットやシギーに語っていた。ただ、ハボルグはオーゼンに対してある不安を感じていて…。一方、オーゼンの部屋で四角い白い箱のようなものと対峙したリコたち。自らが入っていたと言われる『呪い除けの籠』ではないか？と推測したリコに対し、オーゼンが伝えた真実は…。

オーゼンから課された新たなる旅立ちへの試練「生存訓練」。限られた装備で10日間生き延びる事を言い渡されたリコとレグは、まずは飲み水の確保の為に移動を開始する。早速綺麗な水場を発見したリコだったが、近づくと突然水面が揺れて…。一方、地臥せりと共にその様子を遠くから眺めていたオーゼン。リコとレグの様子を見て、思いを馳せたのは…。

オーゼンやマルルクたちと別れ、深界三層「大断層」にたどり着いたリコとレグ。大断層はその名の通り巨大な垂直の壁で、その高さは4,000メートルを超えるという。オーゼンに教わった縦穴を利用して下を目指す二人の前には、様々なアビスの生物たちが現れる。これまでのようにレグの力を頼りに進もうとしていると、ふと聞き覚えのある音が聞こえてきて…。

深界四層に到達したリコとレグ。そこは『巨人の盃』と呼ばれる巨大な植物、ダイラカズラの出す湯気の覆い尽くす世界だった。レグが周囲を警戒していると、ふと妙な気配を感じる。まるで言葉を理解しているような反応だが、全く位置がつかめないため二人はその場から離れた方が良いと考えた。すさまじい湿気のなか歩みを進めていると、目の前に突然…。

オースの街では、誕生日のお祝いを楽しみにしていたキユイが高熱でうなされていた。「誕生日に死ぬ病」の噂が広がるなか、ジルオは国々を巡っている「船団キャラバン」の薬師を頼る。キユイと共にオースを離れ、キャラバンの診療所に向かうと…。一方、洗濯から戻ってきたレグは眠るリコの上で蠢くミーティを目にし、狼狽えていた。だがナナチは…。

レグの火葬砲を見て「ミーティを殺してくれ」とお願いしたナナチは、子供の頃を想起する。過去、極北の地「セレニ」でゴミ拾いをしながら生活していたナナチは、同じ地の底のような暮らしを続けるなら真の地の底「アビス」に行きたいと願っていた。そんなある日、「アビス」の探窟家がやってきて子供たちの前で演説を始める。その探窟家は白笛「ボンドルド」。アビスの謎を解くために希望者を募っていて…。