凄腕プログラマーにして重度のロボットヲタク、倉田翼。異世界でエルネスティ（エル）として転生した彼は、運命を揺るがす事態に遭遇する。「ロ、ロボットだぁ！」目の前に現れたシルエットナイトに心を奪われた彼は、ナイトランナーを目指して騎操士学園に入学。持ち前の知識とプログラマーの才能を活かし、学園中にその名を響かせていく。平和な学園生活を送るエルだったが、恐るべき魔獣の脅威が静かに迫りつつあった。

夜間演習中に魔獣の襲撃を受けた生徒たちだったが、エルの機転で危機を脱した。だがエルは、魔獣の様子に疑念を抱く。魔獣はまるで何かを恐れて逃げているかのようだった。エルの予感は的中し、やがて強大な魔獣ベヘモスが現れる。ベヘモスのような師団級魔獣の出現は建国以来300年ぶり。ヤントゥネン騎士団を総動員しても、打ち倒すことは難しいという。生徒たちが脱出を開始する中で、エルは想像を超えた作戦を開始する。

わずか12歳の子どもがベヘモスを討ち取ったという大事件は、すぐさま国王アンブロシウスにも伝えられた。国王から褒賞について問われたエルは、これを千載一遇のチャンスととらえ、シルエットナイトの心臓部エーテルリアクタの製法に関する知識を願い出る。国家機密を要求するという事態に動揺する重鎮たち。だがアンブロシウスはエルの真意を受け止め、最高の機体を作り上げれば、必ず褒美を取らせると約束するのだった。

新型シルエットナイト、テレスターレがいよいよ完成した。だが、エルの行動に懸念を抱いていたディクスゴードは、学園に朱兎騎士団を遣わせる。カザドシュ砦にテレスターレを搬送し、自ら性能を確かめようというのだ。道中、魔獣シェイカーワームの襲撃に遭い、予期せず実戦を経験したテレスターレだったが、結果的に制式機カルダトアを凌駕する機体であることが判明。報告を受けたディクスゴードは、直接エルへの尋問を開始する。

カザドシュ砦に潜入したケルヒルト率いる銅牙騎士団の目的は、新型機テレスターレの強奪だった。エドガーとディーは奪われた2機のテレスターレと遭遇し、戦闘状態に突入。キッドとアディもシルエットギアを駆り、追撃に加わった。一方、エルは砦に残った賊を鎮圧するためシルエットギアで出撃。無帽にも賊が操るテレスターレに立ち向かっていく。だが新型機を知り尽くしたエルは、驚くべき作戦で敵を圧倒してしまうのだった。

アンブロシウスはさらなるシルエットナイト開発の一環として、国立機操開発研究工房（通称ラボ）と、エルを団長とする銀鳳騎士団による、新型機同士の模擬試合を命じた。ラボがカルダトアの後継機開発を進める一方で、エルはカザドシュ事変を教訓に、機動力を重視した機体を投入することを決意。そのためには、息の合った二人の騎操士、双子のキッドとアディが適任だという。はたしてエルが提案した衝撃の新型機とは……？

ついに完成した人馬騎士ツェンドルグ。銀鳳騎士団はテレスターレなどの新型機も携えて、ラボとの模擬試合に挑む。一方のラボ側は、試作機カルダトア・ダーシュを、手練れのナイトランナー集団“アルヴァンズ”に託す。試合はエルの意表を突く先制攻撃で幕を開けた。想定外の戦いに、序盤こそ圧倒されたアルヴァンズだったが、徐々に銀鳳騎士団を圧倒し始める。この展開を予測していたエルは、冷静に逆転の機会を見定めていた。

エーテルリアクタの生産地、アルフヘイムに魔獣シェルケースの大群が迫っていた。アルフヘイムが壊滅すれば、エルの「理想のシルエットナイト作り」の野望も潰えてしまう。エルは奮起し、銀鳳騎士団はただちに出陣。最後の防衛拠点、アルチュセール山峡関要塞が陥落しようとする瞬間、勇壮にはためく騎士団旗とともにエルたちが到着した。だがシェルケースの“女王”と遭遇したエルたちは、その巨大さに言葉を失うのだった。

ジャロウデク王国は、いにしえの大国ファダーアバーデンの正統な後継者を名乗り、西方諸国へ宣戦布告した。のちに「大西域戦争＝ウェスタン・グランドストーム」として語られる大乱の火ぶたが切られたのである。飛空船レビテートシップと新型機ティラントーを投入したジャロウデク王国の圧倒的な戦力は、瞬く間にクシェペルカ王国を制圧。事情を知らないエルたち銀鳳騎士団は、クシェペルカ王国の関所に差しかかるが……。

ジャロウデク王国の占領下にあるクシェペルカ王国に潜入したエルたちは、クシェペルカ王族の奪還作戦を開始した。王族が捕らわれているのは、ラスペード城にある4つの尖塔。エル、キッド、アディ、エムリスは分散して捜索に向かい、無事、エレオノーラ王女たちの救出に成功。だが脱出したエルたちに、ジャロウデクのレビテートシップが迫りつつあった。初めて見る「空飛ぶ船」に、エルは恐れるどころか、興奮を抑えきれず……。

銅牙騎士団の奇襲を退けたエルたち。だがこの戦闘によって、エレオノーラの居場所がジャロウデク軍に察知されてしまう。クリストバルはただちに黒顎騎士団と鋼翼騎士団を擁し、エレオノーラが身を寄せているミシリエを完全に包囲。しびれを切らしたクリストバルが進軍の号令を下すと、このタイミングを待っていたエルたちの対空攻撃が開始された。撤退を余儀なくされたクリストバルの前に、鬼神のごときイカルガが立ちはだかる。

ヴィーヴィル（飛竜戦艦）の襲来とともに、ジャロウデク軍の反抗が始まった。炎に包まれる城塞都市から脱出する住民たち。混乱に乗じてグスターボがあらわれ、ディーとの因縁の戦いが再び幕を開ける。上空ではエルがイカルガで奮闘するも、法撃に格闘、雷による防御も併せ持つヴィーヴィルは強敵だった。一進一退の攻防を繰り返す中、オラシオは「特殊砲弾」の使用をドロテオに進言する。はたしてオラシオが仕掛けた罠とは……？

旧王都デルヴァンクールの奪還作戦に向かった銀鳳騎士団の前に、再びヴィーヴィルが立ちはだかる。エルはヴィーヴィルとの再戦を見据え、ジルバヴェール（対空衝角艦）にデトネーションジャベリン（魔導火節）を搭載。ヴィーヴィルは降り注ぐジャベリンをすべて破壊するも、それこそがエルの狙いだった。窮地に陥るドロテオに、オラシオはマキシマイズ（最大化戦闘形態）の発動を進言。エルとオラシオ、天才同士の意地が激突する。