バカンスと思われた南の島への旅行だが、その実は学校が定めた特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。主なルールは、『各クラスに３００ポイントが与えられ、そのポイントで物品を購入できる』、『島内の特定スポットを占有することでポイントを得られる』、『各クラスでリーダーを決め、他クラスのリーダーを当てればポイントが与えられる』など……。この試験の成績次第で、各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減する。Ａ〜Ｃクラスは試験内容を理解すると同時に、迅速に動き始めた。だがＤクラスの生徒たちは慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

2学期を迎え、体育祭の準備期間が始まる。競技の結果は良くも悪くも次の筆記試験に影響するため、生徒たちは動揺を隠せない。さらに独特のチーム分け、生徒に委ねられた出場者の選出など、生徒たちにのしかかるプレッシャーも大きく……。

生徒会長の引き継ぎ式が終わり、綾小路は佐藤から突然の呼び出しを受ける。そんな中、中間テストの試験結果が発表され、Dクラスは退学者ゼロを達成する。だが茶柱曰く、本番は期末テストとして行われる特別試験、通称「ペーパーシャッフル」にあるという。

ペーパーシャッフル対策の勉強会が開かれ、幸村を中心としたグループに参加することになった綾小路。同グループの長谷部・三宅ペアは得意科目も苦手科目もまったく同じであり、問題によっては簡単に共倒れしてしまう。だが、綾小路は試験問題の傾向を探る方法があると言い……。

ペーパーシャッフルの裏で、堀北と櫛田の退学を賭けた勝負が始まった。片や勉強会に参加する綾小路の前に、龍園が現れる。龍園から送られたメールについてふっかけられるが……。

クリスマスを前にして、浮き足立つ生徒たち。軽井沢もその一人で、街中のクリスマスの雰囲気を楽しんでいた。だが、佐藤と一緒に放課後を過ごしていると、Cクラスの生徒に尾行されていることに気づく。さらに、綾小路も勉強会中に誰かに見張られていて……。

綾小路との協力関係が突然解消となった軽井沢は、彼との接点が完全になくなることに戸惑いを隠せないでいた。そんな中、Dクラスで今後の方針を相談しているところに、龍園たちCクラスが高圧的に現れる。

黒幕の正体を暴こうとする龍園に拘束され、追い詰められる軽井沢。フラッシュバックするいじめられた記憶――。さらに追い打ちを掛けるように黒幕が軽井沢を利用していたことを突きつけられるが、それでも軽井沢は綾小路が黒幕であることを隠し通そうとする。

3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。

掲示板に噂を流したのは、坂柳に命令された橋本――。石崎や伊吹はそう信じるが証拠はなく、深く追及をすることは出来なかった。そして、坂柳を筆頭にAクラスがBクラスに乗り込んだという話が綾小路たちに届く。一之瀬の噂に関する証拠を握っていると告げる坂柳に対し、これまで噂に対して消極的だった一之瀬は……。

学年末試験に全員合格したCクラス。安堵の空気が教室に流れる中、茶柱から急遽、追加の特別試験『クラス内投票』の実施を告げられる。試験の内容は、自分のクラスメイトの中から「賞賛に値する3名」と「批判に値する3名」を選んで投票し、首位と最下位を決めるというシンプルなものだが……。

『クラス内投票』が発表され、疑心暗鬼になったCクラス内は不穏な雰囲気に包まれていた。そんな折りに、綾小路は2年Aクラスの朝比奈から一之瀬が南雲生徒会長に協力を依頼したという話を聞かされる。その後綾小路は、クラスを心配する平田からも全員を助ける方法について相談を持ちかけられる。

兄の学との対話を経て、特別試験で退学にすべき人物として山内の名を上げた堀北。山内はこれまでクラスへの貢献度が低いだけでなく、綾小路を退学にするために批判票を集めていたのだ。しかも、その裏にはAクラスのリーダー・坂柳の存在があった。だが、退学者を認められない平田が反対し、状況は混迷を極める。

『クラス内投票』の結果、Cクラスから初の退学者が出た。坂柳はこの特別試験が綾小路を退学させるために用意された舞台装置だと語る。そんな中、綾小路と坂柳の前に、理事長代理を名乗る月城が姿を見せる。月城は綾小路の父によって送り込まれた人物だった。その存在を知り、綾小路は坂柳に次の試験での勝負を持ちかける。

平田が立ち直り、クラスがまとまりを見せる中、ついに綾小路VS坂柳の1年度最終特別試験が始まった。1戦目に選ばれたのは「バスケットボール」。Cクラスは善戦していたが、それもそのはず、Aクラスは手を抜いていたのだ。さらに坂柳は、須藤が途中出場してきても精神的揺さぶりをかければ崩れると踏んでいて……。