綾小路清隆進入了號稱就業率、升學率百分之百的升學高中「東京都高度育成高級中學」就讀，但他所屬的1年D班卻全都是一些問題兒童，完全不像是一所升學高中的班級。而且，學校一個月給學生等同於現金10萬元的點數，課堂上聊天、睡覺、打混摸魚也全都不管，採取放任主義。學生們過著自甘墮落的生活，但也有人感覺到異常，那就是徹底不想與人交流，完全孤單一個人的美少女，堀北鈴音。她發現學校明明給學生一大筆錢，校園內卻準備了很多「救助窮困者的措施」。而一個月後，綾小路、堀北和D班的學生，終於知道整個學校體系的真相……

D班的學生佐倉愛裡可能是事件的目擊者，只有她能證明須藤是正當防衛，但佐倉不知為何，卻拒絕在審查會議上幫忙作證。就算是最擅長和別人建立良好關係的櫛田，也沒辦法打開佐倉關閉的心門。結果，綾小路他們還沒讓她答應幫忙，就來到了審查會議當中。D班與C班爭論不休的審查會議上，堀北鈴音的哥哥，也就是學生會長堀北學也前來與會，負責幫須藤辯護的鈴音，因為學的到來而萎靡不振，完全沒辦法說話。審查會議朝對C班有利的方向發展，D班被逼到了絕境，這時綾小路的手卻伸向堀北的腹側……

儘管這次審議無疾而終，但佐倉的證言優勢很大，如果擇日再審絕對能徹底翻盤。為了鞏固佐倉的努力，綾小路和堀北又一次前往暴行事件發生的地點，試圖尋找更多證據。另一邊，佐倉的周圍突然出現了某個神秘的黑影，這個跟蹤狂非常鍾愛佐倉以「雫」為藝名拍攝的偶像寫真，甚至還對她伸出了魔掌？！在失去了重要的證人後，這次綾小路和堀北又將面臨什麼困境？！

無人島的考試結束後，綾小路清隆他們1年D班的學生在豪華客輪上享受著暑假。然而這只是短暫的休息，新的考試很快就展開。綾小路和輕井澤惠等人被叫到同一個房間，接受考試說明。沒想到這次考試完全跳脫班級框架…

時間來到第三學期，綾小路等人從D班升上C班，準備開始面對全學年共同進行的特別考試「混合合宿」。這場特別考試要和以前彼此敵對的其他班級組隊，可以預料一定會有摩擦。但這場考試又有一條規定，要是分數低於標準，有人就必須退學⋯⋯

石崎不肯配合，總愛唱反調，高圓寺又我行我素，綾小路他們這組有這些人，擔任負責人的幸村無法順利整合大家，小組氣氛始終很差。另一方面，綾小路開始行動，想從特定學生口中獲得情報。這時候，小組因為A班的橋本所說的話，開始產生變化 ──

基於「班級投票」的結果，C班出現首名退學者。坂柳表示，這次的特別考試是為了讓綾小路退學的舞台。這時候，自稱是代理理事長的月城出現在綾小路和坂柳面前。月城是綾小路的父親送進校園的人。知道此人的存在後，綾小路向坂柳提出要在下次考試決勝負。