绫小路清隆进入了号称就业率、升学率百分之百的升学高中“东京都高度育成高级中学”就读，但他所属的1年D班却全都是一些问题儿童，完全不像是一所升学高中的班级。而且，学校一个月给学生等同于现金10万元的点数，课堂上聊天、睡觉、打混摸鱼也全都不管，采取放任主义。学生们过着自甘堕落的生活，但也有人感觉到异常，那就是彻底不想与人交流，完全孤单一个人的美少女，堀北铃音。她发现学校明明给学生一大笔钱，校园内却准备了很多“救助穷困者的措施”。而一个月后，绫小路、堀北和D班的学生，终于知道整个学校体系的真相……

D班的学生佐仓爱里可能是事件的目击者，只有她能证明须藤是正当防卫，但佐仓不知为何，却拒绝在审查会议上帮忙作证。就算是最擅长和别人建立良好关系的栉田，也没办法打开佐仓关闭的心门。结果，绫小路他们还没让她答应帮忙，就来到了审查会议当中。D班与C班争论不休的审查会议上，堀北铃音的哥哥，也就是学生会长堀北学也前来与会，负责帮须藤辩护的铃音，因为学的到来而萎靡不振，完全没办法说话。审查会议朝对C班有利的方向发展，D班被逼到了绝境，这时绫小路的手却伸向堀北的腹侧……

尽管这次审议无疾而终，但佐仓的证言优势很大，如果择日再审绝对能彻底翻盘。为了巩固佐仓的努力，绫小路和堀北又一次前往暴行事件发生的地点，试图寻找更多证据。另一边，佐仓的周围突然出现了某个神秘的黑影，这个跟踪狂非常钟爱佐仓以“雫”为艺名拍摄的偶像写真，甚至还对她伸出了魔掌？！在失去了重要的证人后，这次绫小路和堀北又将面临什么困境？！

无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

时间来到第三学期，绫小路等人从D班升上C班，准备开始面对全学年共同进行的特别考试「混合合宿」。这场特别考试要和以前彼此敌对的其他班级组队，可以预料一定会有摩擦。但这场考试又有一条规定，要是分数低于标准，有人就必须退学⋯⋯

石崎不肯配合，总爱唱反调，高圆寺又我行我素，绫小路他们这组有这些人，担任负责人的幸村无法顺利整合大家，小组气氛始终很差。另一方面，绫小路开始行动，想从特定学生口中获得情报。这时候，小组因为A班的桥本所说的话，开始产生变化──

基于「班级投票」的结果，C班出现首名退学者。坂柳表示，这次的特别考试是为了让绫小路退学的舞台。这时候，自称是代理理事长的月城出现在绫小路和坂柳面前。月城是绫小路的父亲送进校园的人。知道此人的存在后，绫小路向坂柳提出要在下次考试决胜负。