모치즈키 토야는 신이 실수로 떨어뜨린 벼락에 맞아 죽고 만다. 신은 토야를 부활시키려 하지만 원래 있던 세계로는 불가능하다는 규칙 때문에 이세계로 보내지게 된다. 사과의 뜻으로 신이 부여한 여러 능력과 자신의 소원으로 이세계에서도 사용 가능한 스마트폰을 지닌 토야는 낯선 세계에 첫발을 내딛는데...

왕도에 편지를 전달하는 의뢰를 받고 길을 떠난 토야 일행은 숙소를 찾던 중, 우연히 불량배들과 싸움이 붙은 소녀를 발견하고 구해준다. 소녀는 섬나라 이셴의 오에도 출신으로 무예 수련을 위한 여행 중이었던 것. 토야 일행의 제안으로 함께 왕도로 향하던 이들 앞에 피비린내 나는 전투의 현장이 나타난다.

길드로부터 새로운 의뢰를 받고 어느 폐허에 도착한 토야 일행. 그곳은 1천 년 전 천도에 의해 버려진 구 왕도였다. 토벌을 마친 일행은 보물을 찾기 위해 지하 유적을 탐색하다 수정으로 만들어진 것 같은 요괴와 맞닥뜨린다. 딱딱한 몸체는 어떤 공격도 먹히지 않고 마법도 흡수돼 버리자, 토야 일행은 당황하기 시작하는데...

공작과 함께 왕궁으로 향한 토야. 그곳에는 독극물을 마시고 빈사 상태에 놓인 국왕이 있었다. 모든 이상 상태를 회복시킬 수 있는 슈퍼 치료 요법 ‘리커버리’로 왕의 목숨을 구한 토야는, 독극물을 살포한 범인 찾기에 나선다. 이런 일련의 활약상을 지켜보던 왕의 외동딸, 유미나는 어떤 중대한 결심을 하는데...

코하쿠까지 한 팀이 된 토야 일행은 한 성에 가서 마수를 조사하는 의뢰를 맡는다. 문제는 그 마수가 여성 멤버들이 극도로 싫어하는 슬라임이었던 것. 난생 처음 보는 각종 슬라임에 맞서 싸우던 토야 일행은 특히나 옷을 녹여 버리는 그린 슬라임의 공격에 악전고투하게 되고, 결국 성을 통째로 불태워버리기로 한다.

작위를 사양한 토야에게 국왕은 대저택을 수여한다. 이곳에서 유미나뿐만 아니라 에르제와 린제, 야에까지 다 함께 살자는 토야의 제안에 소녀들은 쑥스러워하고, 토야는 영문을 몰라 한다. 한편, 오르트린데 공작의 부탁으로 미스미드 왕국으로 시찰을 떠난 토야 일행은 숲 속에서 거대하고 난폭한 생물과 맞닥뜨리는데...

용을 물리친 토야 일행은 다시 미스미드를 향해 출발한다. 드디어 도착한 미스미드의 왕도 베르쥬. 왕궁으로 향한 일행은 국왕인 자무카를 알현하고 벨파스트 국왕의 친서를 전한다. 한편, 흑룡을 무찔렀다는 얘기를 들은 자무카 국왕은 강한 자와 대결해 보고 싶다며 갑자기 토야에게 결투를 신청한다.

미스미드 왕국에서 돌아온 토야 일행은 다시 평화로운 일상을 보낸다. 그러나, 토야가 만들어낸 자전거로 인해 여성들의 보이지 않는 치열한 경쟁이 시작된다. 한편, 스우시의 부탁으로 미스미드에 다녀온 토야 앞에 린과 폴라가 나타난다. 린은 미스미드에 나타난 수정 요괴에 대해 전하며, 고대 유적 조사를 위해 이셴으로 데려가 달라고 부탁하는데...

일본의 에도 시대를 꼭 닮은 이셴. 유적에 대해 물어 보기 위해 고향집으로 달려간 야에와 토야 일행은, 어머니로부터 아버지와 오빠가 전장에 있으며 전세가 불리하다는 얘기를 듣는다. 급히 유물 조사는 뒤로 미루고 이들을 돕기로 한 토야는 ‘게이트’를 써서 요새 안으로 들어가 야에의 오빠를 찾는데...

유물이 침몰해 있다는 바다에 온 토야 일행은 간만의 해수욕에 들뜬다. 한편, 토야와 린은 바다 밑에 가라앉아 있는 유물 조사를 위해 잠수를 하기로 하고, 물속에서도 활동 가능한 마법을 고민한다. 이를 지켜보던 코하쿠는, 자신과 동급이며 물을 조종하는 존재인 ‘현제’를 불러내자고 제안하는데...

공중 정원 ‘바빌론’에서 관리인 프란세스카와 만난 토야. 프란세스카는 이곳이 자신의 창조주인 레지나 바빌론 박사가 5천 년 전에 만든 정원이라고 설명하며, 토야가 적합자로 인정되었다고 말한다. 영문을 몰라 하는 토야에게 자신이 토야에게 양도되었으며, 앞으로 주인님으로 모시겠다고 선언하는데...

갑작스러운 린제의 고백에 토야는 혼란스러워하며 대답을 회피한다. 그런 토야에게 유미나는 진짜 속마음을 묻고, 토야가 린제를 아끼는 걸 알자 신부로 맞이할 것을 권한다. 다음 날 아침, 에르제와 야에가 갑자기 결투를 청하며 자신들이 이기면 소원을 하나 들어달라고 제안하는데...

유미나, 에르제, 린제, 야에까지 4명과 동시에 약혼한 토야는 길드의 의뢰를 처리하며 이세계에서의 두 번째 인생을 순조롭게 이어나간다. 아직 결혼하려면 멀었지만 정식 약혼자가 된 네 사람은 서로 어쩌다가 토야를 좋아하게 됐는지 이야기를 나누는데...

토야 일행은 린이 발견한 고대 유적지를 찾아서 산드라 왕국의 라비 사막으로 간다. 그런데 그곳에서 중급종 프레이즈와 프레이즈를 쫓아온 엔데를 마주친다. 손쉽게 프레이즈를 물리친 엔데는 ‘세계의 결계’와 ‘프레이즈의 왕’에 대한 정보만을 남기고 홀연히 사라진다. 다른 일행은 그 모습을 보고 토야를 추궁하기 시작하는데...

노예에서 풀려난 여성들의 일자리를 마련해주기 위해 토야는 독서 카페 ‘월독’을 차린다. 비싼 책을 편하게 읽을 수 있는 공간이 생기자 손님들이 모여들고, 손님 중 한 명인 ‘프림’은 원하는 책을 들여놔 달라고 토야에게 요청한다. 토야는 프림이 원한 책을 사러 리프리스의 황도 베른으로 향하고 그곳에서 한 여자를 만나는데...

토야는 레굴루스 제국에 책을 구입하러 갔다가 군대가 폭동을 일으킨 걸 목격한다. 일단 황제부터 도피시키기 위해 황궁으로 향하는데 그곳에서 제3 황녀인 ‘루시아 공주’와 기사인 ‘캐롤’을 만난다. 토야는 황제와 루시아 공주, 캐롤을 자신의 저택으로 옮기고 황제의 상처부터 치료한다. 그리고 악마를 소환한 버즐 장군을 제압할 방법을 찾기 시작하는데...

레굴루스 제국의 황제는 자신과 나라를 구해준 답례로 자신의 딸인 루시아를 토야와 결혼시키겠다고 말한다. 그리고 벨파스트와 레굴루스 양국의 공주를 아내로 맞게 됐으니 그에 걸맞은 신분이 필요하다며 양국의 땅을 떼어줄 테니 나라를 건국하라고 한다. 느닷없이 한 나라의 왕이 된 토야는 성을 짓고 도로를 내는 등 국가의 틀을 갖춰나가기 위해 바쁘게 움직이는데...

토야는 또 다른 바빌론의 전송진을 찾아내서 들어간다. 도서관이나 격납고이길 원했지만 이번에 찾아낸 바빌론의 유적은 ‘연금동’이었다. 무사히 연금동의 소유권을 양도받은 토야는 국가의 기틀을 잡는 작업이 어느 정도 완성되자 야에와 에르제, 린제를 키워주신 분들에게 결혼 허락을 받으러 가는데...

토야는 국가의 기틀이 어느 정도 잡히자 네 번째 바빌론 유적을 찾아 나선다. 다행히 새들이 정보를 보내서 금방 네 번째 전송진을 찾아냈고 토야는 그곳이 격납고나 창고이길 바라며 이동한다. 무사히 격납고를 양도받은 토야는 프레임 기어의 실물을 보자 무척 흥분한다. 하지만 프레임 기어를 움직이려면 ‘에테르 리퀴드’라는 동력원이 필요한데...

리니에 왕국의 제2 왕자 클라우드가 토야에게 도움을 요청하자 서방 제국들은 긴급회의 끝에 클라우드 왕자를 지지하겠다고 천명한다. 결국 클라우드 왕자를 왕위에 옹립하는 작전을 떠맡게 된 토야는 왕자와 함께 리니에 왕국에 잠입한다. 그곳에서 자분 왕자와 재상의 추악한 인성을 직접 확인한 토야는 일단 클라우드의 어머니부터 구출하고 본격적인 작전에 나서는데…

한동안 국가의 기틀을 잡느라 정신이 없었던 토야는 오랜만에 약혼녀들과 데이트를 즐기기로 한다. 토야의 약혼녀들은 토야와 함께 거리를 걷고 맛있는 것도 먹으면서 즐거운 시간을 보낸다. 한편, 연금동에서는 프레임 기어의 연료로 사용되는 에테르 리퀴드를 추출해낸다. 덕분에 토야는 드디어 프레임 기어를 움직일 수 있게 됐는데…

토야가 구해준 여성은 다행히 연금동의 재생 능력 덕분에 정신을 차리고 다친 몸도 회복됐다. 하지만 본인이 누구인지조차 기억하지 못하자 일단 브륀힐드 성에 머무르게 하고 ‘사쿠라’라는 임시 이름을 지어준다. 그리고 길드에서 토야에게 직접 의뢰가 들어왔다. 눈이 마주친 사람을 돌로 만들어 버리는 ‘마안’을 가진 마수 ‘카토블레파스’를 처리해달라는 의뢰인데…

브륀힐드 성에 갑자기 손님이 찾아왔다. 자신이 토야의 누나라고 밝힌 그 사람의 정체는 바로 ‘연애의 신’. 황당함을 갈무리할 틈도 없이 연이어 레스티아 기사 왕국의 사신까지 찾아온다. 사신은 바로 기사 왕국의 선왕 폐하와 힐데가르드 공주였는데 레스티아의 선왕은 토야가 가진 거인병에 관심을 보인다. 그리고 할아버지를 따라온 힐데가르드는 토야가 약혼했다는 말을 듣고 충격을 받는데…

토야는 새로운 유적을 발견했다는 소식을 듣고 레스티아 기사 왕국의 남쪽으로 향한다. 그리고 그곳에서 이미 도킹해 있던 ‘탑’과 ‘성벽’의 관리인을 만나서 두 가지 유적의 권리를 한 번에 양도받는다. 이로써 토야는 9개의 바빌론 유적 중 6개의 유적을 손에 넣게 됐다. 그런데 새로 만난 관리인들을 소개하던 순간 벨파스트에서 급한 편지가 날아오는데...