星守ーーー神樹に選ばれ謎の敵「イロウス」と戦う力を手に入れた18人の少女たち。高校1年生の星月みきをはじめ、彼女たちは普段は普通の学校生活を送りながら、いざという時は地球の平和を守るため戦っていた。ある日、いつものように特訓に励んでいた彼女たちであったが......

新しく星守たちの仲間となったのは、名前と年齢以外は一切不明、「ミサキ」と名乗る謎の少女だった。ミサキは星守たちに対し冷徹な態度で接し、ひとり自分勝手な行動ばかり取ろうとする。そんなミサキに反感を抱く星守たちであったが、その様子を見ていたみきがミサキの歓迎会を開こうと提案をし......

さらなる実力強化のため、南の島で特訓を行うことになった星守たち。炎天下の厳しい環境に音を上げる彼女たちであったが、ミサキに厳しい言葉を掛けられたサドネは、ひときわ塞ぎ込んでいた。厳しい特訓からの逃避と、サドネを元気づけるため、あんこ・望・桜・ひなたの4人はサドネを連れて真夜中の探検に繰り出すが......

花音と詩穂の2人は、仲間たちへのこれまでの感謝の想いを伝えるべく、f*fのライブツアー最終公演を神樹ヶ峰女学園で開催しようとしていた。度重なるトラブルも星守たちの協力で乗り越え、着々と準備は進んでいた。しかし、このまま無事に開催できると思っていた矢先、また新たなトラブルが発生して......

責任感の強いゆりは、仲間と協力しようとしないミサキに対し、ひときわモヤモヤしたものを感じていた。しかし、望はゆりに、くるみはミサキに「2人はとても似ている」のだと語る。いまでこそ強い絆で結ばれている望・ゆり・くるみだったが、実は3人にはある過去があった.....

ある日の朝、蓮華はふと自分の身体の異変に気が付く。鏡に写った姿はいつもの自分ではなくーーーなんと、くるみと入れ替わってしまっていたのだ。どうやら、以前に戦ったイロウスの精神攻撃が原因のようであった。蓮華は、くるみの姿を利用して、ここぞとばかりに他の星守たちへの過剰なスキンシップを図ろうとするが……

突如現れた巨大イロウスに、星守たちはこれまでにないほど苦戦していた。負傷者も出始め、街を放棄し撤退するという選択肢も現実味を帯びてきたなか、みきの「星守」としての強い覚悟に触れたミサキは......

久しぶりの休日！・・・のはずが、くじ引きで負けたみき・昴・遥香の3人は合宿所で留守番をする羽目に。しかし、3人しかいないはずの合宿所で、まるで他にも誰かがいるかのような出来事が次々と起こる。「もしかして幽霊かもしれない」と恐る恐る調査に乗り出した3人が目にしたものとは......

神樹ヶ峰女学園・毎年恒例の「神樹祭」！星守クラスの出し物は演劇に決まったが、衣装の関係で演目は明後日の方向に突き進む。そんな平和なつかぬ間のひとときとは裏腹に、彼女たちの背後には新たな脅威が迫りつつあった......

イロウスの活動が落ち着いたことを受け、久しぶりに自宅に戻れることとなった星守たち。みきの誘いを受けて星月家に行くこととなったミサキは、みきの家族の温かなもてなしに、これまで見せたことのないような柔らかな表情を見せる。そんな彼女の様子に、これまでずっとミサキのことを気にかけていたみきはほっと一安心するが......

ミサキの口から明かされた真実は、星守そして教師たちにとっても衝撃的なものだった。仲間を危険に巻き込んだ原因は自分にあると自責の念に駆られたミサキは......

みき達の行動によって再び絆を取り戻した星守たちは、地上の危機を救うため最終決戦の地へと赴く。