Dopo un anno dalla sua sparizione, Morgana fa ritorno a Camelot. Uther annuncia un banchetto per celebrare il lieto evento, anche se Merlin teme che Morgana possa ricordare le circostanze della sua sparizione...La situazione precipita quando Camelot si trova nuovamente in preda della magia nera.

Merlino riesce a ritornare a Camelot e scopre che Morgause e Cenred stanno tramando ai danni di Uther, il quale è incapace di gestire la situazione, costringendo Artù a prendere in mano il comando per proteggere la città.

Merlino scopre una camera segreta e per sbaglio rimette un Goblin in libertà, che ne approfitta per impossessarsi di Gaius, trasformando il saggio dottore nell'ombra di se stesso, avido di soldi, birra e magia.

Merlino e Artù si ritrovano in una rissa in un bar e un uomo misterioso di nome Galvano gli da' una mano a difendersi. Per salvare la vita di Artù rimane gravemente ferito, così il principe decide di portarlo a Camelot per farlo curare da Gaius.

Merlin s'incontra con un vecchio mago, Taliesin, che gli da' la possibilità di vedere uno scorcio del futuro nella caverna di cristallo. Purtroppo quello che voleva essere un dono si trasforma in un dramma quando Merlino vede Morgana uccidere Uther.

Uther organizza un matrimonio combinato per Artù con una principessa in visita, Elena. Merlino però ha delle riserve perchè pensa che la ragazza non è chi dice di essere ed infatti la bella Elena nasconde un oscuro segreto...

Gwen è costretta a scegliere tra salvarela vita di Elyan, suo fratello, e Artù, l'amore della sua vita, entrambi nelle mani di Cenred. Gwen e Merlino devono unire le loro forze per trovare una via d'uscita da questa impossibile situazione. Ovviamente Morgana a e Morgause fanno di tutto per rovinare i loro piani.

Artù è deciso a mostrare il suo valore recuperando il Tridente Dorato del Re Pescatore, da solo. Lontano dalla protezione della cittadella, Morgana approfitta dell'occasione per usare la magia nera e gli dona un bracciale che contiene l'occhio di una fenice, dicendogli che si tratta di un talismano protettivo. In realtà il bracciale magico priva Artù della sua forza vitale lasciandolo in balia dei pericoli del reame del Pescatore. Merlino chiede aiuto a Gwaine per raggiungere il principe prima che sia troppo tardi.

Una vecchia fiamma di Gaius, Alice, arriva a Camelot. Tuttavia il mago si accorge che la donna è sotto l'influenza di Manticore, una creatura di una antica religione e Merlino non ha altra scelta che raccontare tutto a Gaius, che però è accecato dall'amore...

I sogni di Morgana sono tormentati da Ginevra in veste di Regina di Camelot, così Morgause la incoraggia a svelare la relazione tra Artù e Gwen a Uther, ben sapendo che il Re non permetterà a suo figlio di sposare una semplice serva. Ma costringendo i due a mettere fine alla storia il Re non fa che rafforzare il loro sentimento.

Il leggendario torneo di Camelot è alle porte e la città si riempie di guerrieri, tra cui anche Gilli, che nonostante la bassa statura è pronto a buttarsi nella mischia grazie a un'arma segreta: la magia. Ma Gilli non si rende conto dell'entità dei suoi poteri e toccherà a Merlino intervenire per salvare la situazione.

Artù e Merlino s'imbarcano in una missione pericolosa per recuperare la Coppa della Vita, un potente manufatto che dona il potere dell'immortalità. Durante il viaggio finiscono preda di Jarl un commerciante di schiavi senza scrupoli. Riescono a scappare con l'aiuto di un amico accorso in aiuto, ma Morgause riesce a mettere le mani sulla Coppa della Vita.

Morgana, appena incoronata Regina di Camelot inizia un regno di terrore per i poveri cittadini del regno. Con un'armata di immortali al suo comando tutto sembra perduto per Uther. Intanto fuori dalla cittadina, Artù riprende le sue forze e organizza un contrattacco con i suoi fedeli alleati, Gwaine, Lancillotto, Elyan e Percival. Merlino però è consapevole che nemmeno un guerriero esperto come Artù può sconfiggere un nemico immortale senza l'aiuto della magia e cerca di trovare la mitica spada di Excalibur dal fondo del lago Avalon.

Merlino deve affrontare una temibile sfida quando la cieca determinazione di Morgana mette a rischio il futuro di Artù e l'equilibrio del mondo.

Con il regno sull'orlo del collasso, Morgana è pronta a sferrare il suo attacco finale. Artù deve sconfiggere Dorocha mentre Lancillotto sta correndo a Camelot per salvare la vita di Merlino.

Camelot si sta preparando a festeggiare il compleanno di Artù ma il Re Odino si sta assicurando che sia un compleanno da non dimenticare. Il vecchio avversario del principe ha ingaggiato un assassino che si nasconda nella folla pronto a colpire.

Un uomo misterioso di nome Julius Borden arriva a Camelot con delle notizie su un segreto di natura magica che minaccia di cambiare il regno per sempre: conosce il luogo dove si nasconde l'ultima parte della chiave alla tomba di Ashkanar.

Non molto dopo la sua incoronazione Artù comincia a capire cosa significa essere Re. Dopo aver scatenato le ire della formidabile Regina Annis, le qualità da leader di Artù sono messe alla prova.

Merlino cade nelle mani di Morgana e sta per diventare la sua arma più temibile. Ricorrendo ad un antico rito magico riesce a mettere amico contro amico e crea il perfetto assassino mettendo Artù in gravissimo pericolo.

Morgana forma un'alleanza con l'enigmatico mago Alator per cercare di scoprire un segreto che potrebbe cambiare il corso del destino. Adesso che ha alleati da entrambi i lati delle mura della città, chi riuscirà a fermare Morgana prima che il grande segreto di Merlino venga svelato?

Merlino viene attirato in un villaggio distante per via di una malattia che sta facendo molte vittime. Diventa subito chiaro che c'è qualcosa nell'aria che rende ammalate le persone e che c'è molto di più di quanto si sospetti sotto.

Sir Lancillotto ritorna in vita e vecchi sentimenti ritornano ad accendersi e Ginevra deve combattere la tentazione prima di commettere un tradimento che porterebbe alla rovina di Camelot.

I cavalieri di Camelot s'imbattono in un altare dall'aria oscura nel mezzo della foresta. Ignorando gli avvertimenti di Merlino, le azioni di Elyan mettono in moto una catena di eventi che nessuno avrebbe potuto immaginare.

Morgana trova un potente alleato nel signore della guerra Helios. Insieme ordiscono il piano perfetto per mettere in ginocchio Camelot. Il regno e Artù sono impegnati dall'arrivo della bellissima principessa Mithian e l'allarme contro Morgana arriva da un amico assente.

Con Morgana alla testa della vasta armata di Helios, Camelot è intrappolata in una rete mortale. La furia della maga costringe i cittadini della città, perfino Artù, a scappare per salvarsi la vita. Tuttavia Morgana non lo lascia andare via così facilmente e comincia a dargli la caccia. Riuscirà Merlino a salvare il suo Re dalle grinfie di Morgana?

Morgana e Helios hanno conquistato Camelot e Merlino ed Artù vengono dichiarati fuorilegge. I due sono intrappolati in Ealdor con l'armata che li sta lentamente circondando. Artù deve riprendere il controllo della città prima che sia troppo tardi ma il tradimento di Agravaine e la straordinaria forza di Morgana hanno privato il Re della sua fiducia. Solo Merlino potrà aiutare il suo amico e solo un atto straordinario potrà dimostrare che il Re è nato per regnare.