Depuis 20 ans, les Cylons et les Humains sont en paix. Chaque année, ils se retrouvent mais jusqu'à présent, aucun représentant des Cylons n'est venu. Jusqu'à maintenant… Le Battlestar Galactica est sur le point d'être démilitarisé dans le but de le transformer en musée. Le commandant Adama doit ainsi prendre une retraite bien méritée sauf qu'une attaque massive sur Caprica est lancée par les Cylons. Le Battlestar Galactica et un certain nombre d'autres vaisseaux s'enfuient…

Laura Roslyn est la seule membre du gouvernement encore en vie, elle est nommée Présidente des Colonies par intérim. Elle décide alors de réunir tous les vaisseaux qui ont réussir à s'enfuir de Caprica au moment de l'attaque des Colonies par les Cylons…