I en fjern del af galaksen ligger The Twelve Colonies of Man, en civilisation, der har været i fred i omkring fyrre år med et imperium af maskiner, Cylonerne, der blev skabt generationer før som arbejderdroner for menneskeheden, men blev uafhængige. i oprør og indledte krig mod deres herrer. Nu har Cylonerne udviklet sig til mere menneskelig form, til maskinskabte biologiske væsener, som søger at udrydde ægte biologiske mennesker. Til dette formål bruger de en menneskelig videnskabsmand, Gaius, til at hjælpe en af deres infiltratorer, kendt som #6, med at trænge ind i koloniernes hovedforsvarsmainframes; Gaius er tilbageholdende, men slået af #6, en Cylon-kvinde med tilsyneladende umættelig seksuel lyst, og resultatet af deres affære er et atomangreb, der udsletter kolonierne og stjerneflåden, der er indsat til deres beskyttelse. Et skib overlever dog, en forældet battlestar kendt som Galactica;

Efter fyrre års våbenstilstand angriber cylonerne de tolv kolonier i Kobol. Deres strategi: en virus implanteret i menneskehedens forsvarssystem. Det tidligere Battlestar Galactica, som er ved at blive indrettet som museum, er ikke forbundet med forsvarssystemet og bliver det unikke krigsskib, der er i stand til at kæmpe mod cylonerne i håbet om at føre de overlevende til planeten 'Jorden'.