A galaxis egy távoli részén fekszik Az ember tizenkét kolóniája, egy civilizáció, amely már negyven éve békében él a gépek birodalmával, a Cylonokkal, akik generációkkal korábban az emberiség munkás drónjaiként jöttek létre, de függetlenné váltak. lázadásban, és hadat indítottak uraik ellen. Mára a cylonok emberibb formává fejlődtek, gép által létrehozott biológiai lényekké, akik az igazi biológiai embereket akarják kiirtani. Ebből a célból egy emberi tudóst, Gaiust használnak, hogy segítsen az egyik beszivárgójuknak, akit 6-os néven ismernek, hogy behatoljanak a kolóniák mesterébe...

Negyven év fegyverszünet után a cylonok megtámadják Kobol tizenkét kolóniáját. Stratégiájuk: az emberiség védelmi rendszerébe ültetett vírus. Az egykori Battlestar Galactica, amelyet múzeummá alakítanak át, nem kapcsolódik a védelmi rendszerhez, és az egyetlen hadihajó lesz, amely képes harcolni a cylonok ellen, abban a reményben, hogy a túlélőket a „Föld” bolygóra vezeti.