Nach vierzig Jahren kehren die Feinde der Menschheit zurück, die Zylonen. Früher geschaffen, um den Menschen zu helfen, wendeten sie sich ab um nun ihre Meister auszulöschen. Und es gelingt ihnen - zumindest fast. Nur ein kleiner Teil der Menschheit überlebt und zusammen mit der Galactica versuchen sich die letzten Menschen zu retten.

Präsidentin Roslin und Commander Adama reißen sich zusammen und tun ihr bestes um das Militär in den Kampf zu führen und die Zivilisten zu retten. Stark dezimiert und ohne Munition erkennt Adama, dass Präsidentin Roslin Recht hatte - der Kampf war verloren, bevor er begonnen hatte. Es bleibt nichts anderes übrig, als zu fliegen und die letzten menschlichen Überlebenden machen sich auf die suche nach der mystischen 13. Kolonie von Kobol: einem legendären Planeten, bekannt als Erde.