VR空间Link vrains出现了汉诺骑士。其真正身份是盯上Playmaker的决斗领袖Go鬼冢！他有着在儿童养护设施长大这段过去，为了回报那份恩情和带给设施里孩子们笑容而靠决斗赚取着奖金。然而自从新英雄Playmaker登场，孩子们就变得眼里只有Playmaker了。Go鬼冢为了打倒Playmaker再次抓住孩子们的心，向Playmaker挑战决斗

Go鬼冢简直像职业摔角一样大胆地上演惊险危机，把决斗作为一种娱乐来展现出其魅力。尽管知道这和自己冷静的操作风格很不同，但Playmaker却意识到自己对Go鬼冢的决斗开始产生兴趣。Playmaker似乎也接受了Go鬼冢的决斗，虽然承受大伤害但是召唤出了王牌怪兽解码语者。紧接着，两者的王牌怪兽终于展开激战！

游作收到了草薙叫他紧急集合的消息。草薙表示在黑客论坛上看到了Ghost Girl发给他的消息，要求Playmaker与她进行赌上Ai的决斗，如果Playmaker胜利就能得到入侵SOL科技公司数据库的漏洞。为了得到十年前事件的线索，Playmaker便接受了Ghost Girl的挑战。

Ghost Girl运用变幻无常的战术，展开令人预料不到走向的决斗。Playmaker则也是一边冷静分析Ghost Girl的举动一边等待Storm access的机会到来。俩人互相解读对方背后意图的敏锐心理战，获得胜利的究竟会是哪一边呢？

游作对于往生者事件中Revolver没有现身这一点抱有疑问。游作为了解开那个疑问而进去Link vrains开始调查，那边遇见同样进行调查的Ghost Girl。随后俩人在内部发现了存在异变的地方，可是……

对Link vrains的地下展开调查的Ghost Girl与现身于她面前的Revolver之间的决斗开始了。Ghost Girl击退拥有强力效果的拓扑逻辑轰炸龙，把作为王牌的幻变骚灵连接召唤出来。虽然对左轮施放了致命一击，可是……

当汉诺塔正每时每刻向着Link vrains扩大其威胁时，Revolver则在迄今为止的战斗之中更加坚定了自己的决心。然后他为了继承鸿上博士的意志完成整个作战而开始行动。

眼看即将完成的汉诺塔前，Playmaker终于与宿命之敌Revolver见面。俩人赌上网络崩溃逼近的世界命运以及Lost事件的真相现在开始了最终决战……

Playmaker熬过Revolver所操纵连接怪兽的强袭，他感觉到汉诺塔中心部有怪兽的气息。随后他冲向内部，赌上胜败而挑战这次决死的抽卡！

Soulburner接受了来自风之伊格尼斯的委托，跟入侵到风之区域的Blue Girl开始了决斗。Soulburner虽然受了淘气仙星的伤害但呼唤出转生炎兽 炽热多头狮发动攻势。然而，Blue Girl把炽热多头狮的攻击放在眼里，还用克服弱点的淘气仙星新战术逼得Soulburner走投无路。

某日，游作和尊打算去草薙那里，岛出现在面前叫住了游作。尊只好一个人过去，还向草薙问了关于与游作相会的事。草薙讲述的那段内容是……

Blood Shepherd知道了SOL技术公司背后隐藏的冲击性计划，离开财前那里开始独自搜索伊格尼斯。Revolver看上了那Blood Shepherd凡的网络入侵能力，于是来到他那边，并为歼灭伊格尼斯的事提出双方一起作战，可是……

Lightning对暗地里Revolver的行动有所警戒，于是向搜索伊格尼斯的Blood Shepherd挑战决斗。以歼灭AI为目标的Blood Shepherd使出新战术将Lightning压倒。

Blood Shepherd压制了Lingting的战术处于优势，然而莱Lingting不断唤出怪兽来迎击“无人机”。俩人势均力敌的战斗很快会到达谁都无法预测的境地。Blood Shepherd究竟能不能制止敌视人类的Lingting呢！？

突然在Playmaker面前作为敌人出现的人，就是他一直以来同甘共苦的同伴草薙。被Lighting拿弟弟做人质，因此不得不战的草薙向Playmaker挑起决斗。Playmaker对与挚友的决斗产生动摇……

草薙翔一对Playmaker的卡组了如指掌，为了保护弟弟·仁，他毫不留情地发动攻击。另一方面，以搭档为对手一直没法攻击的Playmaker只剩下很少的LP。就在那时，草薙突然提起了过去俩人立下约定的事。

本该被关闭的LINK VRAINS突然对外开放，Den city市的人们纷纷开始登录。另一方面，为了找出夺取SOL技术公司后的Ai留下的线索，Soulburner开始对LINK VRAINS内展开调查。随后他发现了没见过的孤岛，并在那里建立的家电王国中遇上机器比。

Soulburner为了找出Ai的住处而要跟机器哔决斗，并劝机器比应该去寻找与人类共同前进的道路。然而，机器比却浮现出令人毛骨悚然的笑容，公然说出致使Ai沉浸于痛苦中的原因就在没保护好不灵梦的Soulburner身上。

机器哔通过和Soulburner的决斗逐渐进化，以变幻自如的战术对Soulburner穷追猛打。顶住机块卡组激烈攻击的Soulburner也不甘示弱出招反击。势均力敌之战的持续中，机器比身上发生某种异变……