「LINK VRAINS」ではカリスマデュエリスト、ブルーエンジェルとして活躍する財前葵。彼女は兄である財前晃に認められるため、「LINK VRAINS」の人々の前で「Playmaker」にデュエルを申し込む。しかし「Playmaker」からの返答はなく、彼女の前に現れたのは、ファンに成りすました「ハノイの騎士」のメンバー、スペクターだった！

ブルーエンジェルの背後に「ハノイの騎士」の気配を感じた遊作は、その真意を探るためにデュエルを受ける。効果ダメージを使いこなすブルーエンジェルの戦術にじりじりと追い詰めれられる「Playmaker」。兄の財前晃に認められたいという強い決意が、ブルーエンジェルのデュエルを後戻りのできないものにしていた…。

10年前の事件を探るため「SOLテクノロジー社」のマザーコンピューターへと侵入したPlaymakerは、システムの深部にあるデータバンクへ向かう。しかしPlaymakerの前にデュエルＡＩプログラムが立ちはだかる。新たな脅威を前に、Playmakerは、真実を掴めるのか。

ＡＩプログラムたちの妨害を受けるPlaymakerの元へ、ブルーエンジェルが駆けつける。彼女の活躍により窮地を脱したPlaymakerは、マザーコンピューターの深部へと急いだ。しかし、目的のデータバンクへ到着したPlaymakerの前に、ある人物が立ちはだかる…。

「剛鬼(ごうき)」のパワフルな攻撃を逆手に取る「地獄螺戦鬼(ヘルリックス)」の戦術を操るドクター・ゲノム。その戦術によってGo鬼塚は、絶体絶命のピンチに陥ってしまう。一方、Go鬼塚たちの闘いとは別に、「ハノイの騎士」の集団が「LINK VRAINS」へと現れ、街の人々に無差別攻撃を仕掛け始めた…。

「ハノイの騎士」とPlaymakerたちの死闘を知った葵は、ブルーエンジェルとして闘おうとする想いと、兄である晃と交わした、もう「LINK VRAINS」には入らないという約束との間で葛藤する。しかしそんな彼女のもとにエマが現れる。エマとの出会いで葵が出した答えとは!?

「トリックスター」の戦術をことごとく封じられたブルーエンジェルは、バイラが持つ「ダークマミー」の攻撃によって大ダメージを受けてしまう。後のなくなった彼女は、大きなリスクと知りながらも、残された最後のチャンスに懸けるのだった…。

「ハノイの騎士」の魔の手は「LINK VRAINS」だけにとどまらず、現実世界にまで広がった。迫りくる脅威(きょうい)に危機を感じた草薙は、「ハノイの騎士」と「ロスト事件」の関係、そして「Den City」で起こった「アナザー」事件の真相を記録に残し始める…。

「LINK VRAINS」のあらゆるものを次々に飲み込み、完成へと近づくハノイの塔。タイムリミットが迫る中、塔を目指すGo鬼塚はリボルバーと対面する。そしてGo鬼塚は、「LINK VRAINS」の崩壊を目論み、人々を混乱の渦に巻き込むリボルバーに対しデュエルを挑むのであった。

リボルバーの戦略によって次々にモンスターを破壊されるGo鬼塚。しかし不屈の闘志で立ち上がり、絶体絶命の窮地を乗り越えて最強のエースモンスター「剛鬼ザ・ジャイアント・オーガ」を呼び出す！

SOLテクノロジー社のバウンティーハンターとなったGo鬼塚は、指名手配中のPlaymakerとイグニスであるAiを見つけ出しデュエルを強要する。だがそこで、Go鬼塚の前にSoulburner(ソウルバーナー)が立ちふさがりPlaymakerを守るためにデュエルを挑む。

Go鬼塚の操る「ダイナレスラー」デッキの猛攻を、「転生炎獣(サラマングレイト)」の効果で耐え抜くSoulburner(ソウルバーナー)。最強を証明するために迫るGo鬼塚に対し、負けられない理由を持つSoulburner(ソウルバーナー)がその拳に逆転の炎を宿す！

捕らわれたSoulburnerを救出するために、Playmakerはバウンティーハンターの剣持と鎧坂に勝負を挑む。一方、Soulburnerは、ブラッドシェパードの罠により、過去の秘められた記憶を掘り起こされてしまう！弱点を見抜かれた不利な状況の中、Soulburnerとブラッドシェパードのデュエルが始まる…。

Soulburnerの記憶を探り、その弱点を見抜いたブラッドシェパードは、「ドローン」モンスターによる凶悪なコンボで圧倒的な優位を築く。絶望的な状況となり追い込まれてゆくSoulburner。彼は、弱点を克服しデュエルに勝利する事ができるのか…!?

ネット上に書かれた情報について調査を進めるAiは、ある時、イグニスに関する不審な書き込みを発見した。その書き込みの真偽を確認するために、「LINK VRAINS」へと向かったPlaymakerとAiを待ち受けていたのは、なんと地のイグニスだった…。

水のイグニスからサイバース世界の危機を知らされた地のイグニスは、人間という存在を見極めるため、Playmakerに勝負を挑む。強靭な「Ｇゴーレム」の攻撃を受け、窮地に立たされたPlaymakerは、僅かな可能性へと望みを託す！

SOLテクノロジー社のやり方に疑念を抱く葵は、行方が分からないアクアを捜索する。一方、アクアの居場所をつかんだブラッドシェパードは、イグニスを抹殺するためにアクアに攻撃を仕掛ける。しかし、そんな彼の前にゴーストガールが現れ、行く手を遮った…。

アクアを守るために、ブラッドシェパードの前に立ちはだかったゴーストガール。しかし、イグニス追撃の邪魔をされたブラッドシェパードは激高し、負ければアカウントを失うデュエルを、ゴーストガールに突き付ける。一方で、アクアは自分のパートナーに関する真実を、ブルーガールに打ち明ける。

ブルーメイデンの前に、次世代のイグニスになることを目指すボーマンが立ちはだかる。アクアはボーマンの思想を拒絶し、ブルーメイデンは美優の意識を取り戻すために勝負を挑む。ハルを失ったにも関わらず、不気味なほど冷静なデュエルを続けるボーマンに対して、ブルーメイデンはアクアと共に臆することなく突き進む。

これまでの闘いのデータを元に、より強力な戦術を身に着けたボーマンは、進化した「ハイドライブ」でブルーメイデンをまたたくまに追い詰める。だが彼女はあきらめることなく、ボーマンの前に立ち続ける。決して折れることのない信念を胸に、ブルーメイデンが取った戦術とは…!?

草薙との闘いで意識を失ったPlaymakerを守るため、ボーマンとのデュエルを開始するSoulburner。ライトニングの非道なやり方に怒りを爆発させるSoulburnerに対し、ボーマンは不気味な笑みを浮かべながらSoulburnerに語りかける…。

人知を超える力を手にし、「運」すらも自在に操ると豪語するボーマン。一方で、Soulburnerと不霊夢は熱い絆を武器に、「転生炎獣(サラマングレイト)」でボーマンを追い詰めていく。そんな中、突然不霊夢に異変が起きる・・・

ネット空間で財前とブルーメイデンを発見したAiは、SOLテクノロジー社のシステムを掌握(しょうあく)するために、彼らへデュエルを挑む。Aiの猛攻に対して、互いを守り合いながらしのぐ財前とブルーメイデンは、それぞれの想いを一つにして反撃に出る！

財前とブルーメイデンは、お互いの戦術を駆使してAiの布陣を突破するが、Aiは新たな切り札を呼び出して再び２人を追い詰めていく。激しさを増すAiの猛撃を受けてもあきらめずに立ち向かう兄妹の強い絆は、やがて新たなエースモンスターを呼び起こす力となる！