「轟雷」ある日突然あおの元に送られてきた小包。そこにはFAガール『轟雷』が入っていた。興味津々で『轟雷』に触れるあお。すると、ゆっくり『轟雷』の瞳は開き、起動するのだった。

「スティレットとバーゼラルド」轟雷との仲も縮まらないうちに、あおの元に送られて来るFAガール『スティレット』、『バーゼラルド』。バトルデータを収集する為に、轟雷はひたすらバトルをしていかなければならない…と知るあお。なし崩し的にスティレットと轟雷のバトルがスタートし――。

「飛べないスティ子はスティ子でいいのかな？」轟雷とのバトルに負けた後、なぜか飛べなくなってしまうスティレット。これってまさかトラウマ!? スティレットのトラウマを克服させようと頑張るあお、轟雷、バーゼラルドだったが…。

「お掃除するぞ！」あおがもらって来た古い型の『ロボット掃除機』を修理することになった轟雷達。しかし実は壊れていなかった『ロボット掃除機』。大暴れの『ロボット掃除機』ともっと大暴れのバーゼラルドで部屋の中は大変なことに！

「学校に行こう」こっそり鞄に忍び込み、あおの学校に行ってしまったバーゼラルドを追って、轟雷とスティレットも学校へ。轟雷達のような特殊なFAガールの存在を知られてはいけない！と焦るあおだが、親友・武希子にあっさりその存在がバレてしまい――。

「マテリア姉妹がやってきた」轟雷を訪ねてくるマテリア姉妹。ドSな姉妹に翻弄されつつ、マテリア姉妹VS轟雷＆スティレットのペアバトルに突入！ マテリア姉妹の掴みどころのないバトル法に苦戦する轟雷とスティレットは大ピンチに陥る…。

「迅雷参上！」真面目で猪突猛進な性格のFAガール、迅雷が轟雷にバトルを申し込みにやってきた！ バトルデータ収集を目的に執拗にバトルを挑んで来る迅雷。押され気味な轟雷。果たして結果は!?

「お部屋づくりは楽しいな」部屋をぐちゃぐちゃにしながら遊んでいるFAガール達を見かねて「片付けろ」とキレるあお。様々な材料を使って各自の部屋制作をすることに。最初は真面目に作っていた一同だったが、次第に他の子にちょっかいを出し始めて――。

「アーキテクト・起動」轟雷VS 迅雷のバトル中、バトルフィールドに突如として現れるアーキテクト。実機が存在しないFA ガール、アーキテクトとのバトルは不思議で特殊なバトル。敵ながらも充実したバトルを経験できた轟雷と迅雷はアーキテクトとの別れを惜しんで――

「おつかいレース」『酢豚』を作り始めたあおが気づく。『酢』がない！これじゃただの『豚』！そこであおのために、『酢』を買うおつかいにでるFA ガール達。お使いレースに勝つのは一体誰だ!?

「感じて花火大会」みんなで夏祭りに行って花火を見ようと誘う浴衣姿のあお。しかし浴衣なのに下着を履いていることを迅雷に指摘され…あおのパンツをめぐって大騒ぎのFA ガール達。パンツを無理やり脱がされ大ピンチのあお。果たして花火は見れるのか!?

「学校に行こう2」時は8月31日。夏休みの課題を忘れたあおのため、轟雷、スティレット、迅雷、アーキテクトは夜の学校へと向かう。そこに待っていたのは世にも恐ろしい怪奇現象の嵐で――

「VSフレズヴェルク」あおの留守中、かくれんぼで遊んでいる轟雷達の元にフレズヴェルクが乱入！なんとか隠れている轟雷を見つけ出し、バトルを挑むフレズヴェルク。バカだけど強いフレズヴェルクとの戦いに苦戦する轟雷で――

「FAガールはじめて物語」フレズヴェルクに負け、もっと強くなりたいと思い始める轟雷。なんとか応援してあげたいあお達。そんな一同に向けて、武希子によるFAガールが出来るまで講座が始まって…

「決起集会」来たるフレズヴェルクとの再戦を前に、決起集会を行うことにした一同。轟雷への想いを胸に、各々の出し物を披露していく。そんなみんなの励ましが嬉しい轟雷で――

「秋に呼ばれて…」秋の公園を、二人きりで散策するあおと轟雷。そこに謎の少女・ぐりこが登場し、一緒に遊ぶことに。不思議な少女に呼び起こされるあおの不思議な感情、それは…

「あお、風邪をひく」風邪をひいたあおを看病することになったFAガール達。各々風邪に効きそうなものを調達してくるが、どんどんヒートアップして変な方向へ。FAガール達の看病で、あおの風邪は余計に悪化してしまい…

「あしたもいっしょに」何故かFAガール達が、あおと同じサイズになって、一緒に高校生活中。同級生の轟雷、バーゼラルド、スティレット、迅雷。教師のマテリア姉妹。そこに転校してくるアーキテクト。一体これは!?

「鍋のある日」寒い冬のある日、あったかい鍋を囲もう！となる一同。しかしどんな鍋料理を作るのか、全く決まらない。そしてそれぞれの好きな鍋話はヒートアップしていき…

「バトル！バトル!!バトル!!!」再び轟雷とバトルをしに来たフレズヴェルク。轟雷・改へとパワーアップした轟雷は渾身の力でフレズヴェルクに向かっていく！

「その気持ちの裏側に」ファクトリーアドバンス社でフレズヴェルクに会うあお。「早く轟雷と戦いたいな」そう言うフレズヴェルクが、根は悪い子じゃないと感じるあおで――

「銭湯！戦闘!?」フレズヴェルクへの強い想いを持ってガチガチの轟雷。そんな轟雷を癒そうと、近所の銭湯に行く一同。水に弱いFAガールたちはホログラムの銭湯で大はしゃぎ。一方その頃、フレズヴェルクはフレズヴェルク・アーテルへとパワーアップしていた…

「ラストバトル」パワーアップにより大暴走のフレズヴェルク・アーテルと必死にバトルする轟雷・改。轟雷の勝利のため、フレズヴェルクを元に戻すため、力と心を合わせる一同。そして決着がつく…！

「君に贈るもの」元に戻ったフレズヴェルクもあおの家に住み着き、今日はみんなでクリスマスパーティー。様々な出来事、想いを乗り越えた轟雷とあおの間には強い絆が生まれている。そんな二人の関係を羨ましく思う、他のFAガール達はあることを決意して――