ボルトたちが着々と作戦の準備を進める中、敵の部隊の一部が一足先に村に向かっていることがわかる。まだ準備が整わないうちは村を危険にさらすことになるため、人々の避難を急ぐボルトたち。さらに、戦力不足を危惧するかぐらは、もしもの場合に備え、文淡、蛇苺、巨峰に刻んだ、術者が死ぬことで術をかけられた者もともに命を落とす“呪印”を解除。一時的なこととはいえ自由の身となった３人は、戸惑いつつもかぐらやボルトたちとともに戦うことを承知するが……？

病にかかったナルトを救うため、サスケが“烈陀国（レダクこく）”にある古い天体観測施設“タタル天文学研究所”へとやってきた。ほかとは隔絶されたこの場所では、なぜか絶滅したはずの生き物“竜獣（りゅうじゅう）”の一種、“瑪瑙（めのう）”が闊歩し、この竜獣を監視役に、囚人たちが過酷な労働を強いられていた。囚人のひとりとして研究所に潜入したサスケは、かつてナルトと同じ病に悩まされていた“忍宗（にんしゅう）の祖・六道仙人（りくどうせんにん）”がこの地で病を治したという古代の記録をもとに、治療のための手がかりをつかもうとしていた。