クラス担任の油女（あぶらめ）シノの提案で、男女のチームに分かれて屋上に設置されたフラッグを奪い合うことになるボルトたち。早速、屋上に向かうボルトたち男子チームだが、途中に仕掛けられたトラップや、うちはサラダ、秋道（あきみち）チョウチョウを中心とした女子チームに行く手を阻まれ大苦戦する。何とかして女子チームより先にフラッグを奪いたいボルトは、授業で見た高等忍術“口寄せの術（くちよせ　の　じゅつ）”を試してみるが、思いもよらぬものを呼び寄せてしまう――。

自分にだけ見える謎の影に“ゴースト”と名づけたボルトは、仲のよいシカダイやミツキと協力して“ゴースト事件”を解決しようと張り切る。そんなボルトを陰ながら応援しようと、シノが授業の一環として各自興味のある職場を見学するよう指示。ボルトは、シカダイ、ミツキとともに郵便配達員の仕事を間近で見学しながら里中を見回ることにする。

一方、かつて、特殊部隊“暗部（あんぶ）”の“根（ね）”に所属していたことがあるサイは、火影の命令で同じ事件を調べていたが、調査中にある重大な発見をする。