特殊部隊・暗部の中でも、さらに特殊な存在である“根”を創設した木ノ葉隠れの元幹部・志村（しむら）ダンゾウ――　今回の事件の首謀者は、今は亡き彼の意志を受け継ぐ者だった。

不思議な“眼（め）”の力で異世界へと入ることができたボルトは、魔獣・鵺の力を利用した兵器“牛頭天王（ごずてんのう）”による里の壊滅を狙う相手を目の前に必死の説得を試みるが……。　ボルトの思いは過去からの呪縛を解き放つことができるのか!?

ボルトの機転で、ウラシキの「未来を見通す」カラクリは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが安堵したのも束の間、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに！　これまでの戦いでの疲労も激しい中、ボルトたちは、圧倒的な力を持つウラシキを倒し、ナルトが秘める“九尾”のチャクラと“忍界の未来”を守ることができるのか!?

激闘の最中、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着した。カワキはコードの標的であるナルトの身を案じるが、そんな思いをよそに、ナルトは“火影”としてコードに立ち向かおうとする。ところが、シカマルを人質にとったコードにモモシキが味方をし、かつての恨みを晴らそうとしたことで、ナルトは絶体絶命の危機に立たされてしまう。