タタル天文学研究所に突如竜獣の大群が出現し、研究所は大混乱に陥る。所長のザンスールが恐ろしい野望を抱いていることを知ったサスケとサクラは、二手に分かれこれを阻止しようとするが、先に研究所内へと戻ったサクラが混乱の中で起こった崩落に巻き込まれてしまう。一方、ザンスールとその協力者の存在に気づいたサスケは、サクラと合流しようとするが、危機に瀕しているサクラを見つけることができずにいた。サスケとサクラ――　木ノ葉隠れの里（このはがくれ　の　さと）の最強夫婦は、ザンスールの野望を打ち砕き、病に苦しむ友のために、無事、極粒子を持ち帰ることができるのか!?