ボルトとカワキのうずまき家での同居生活が始まった。初めての普通の生活に戸惑いながらも、うずまき一家の楽しげで温かな雰囲気にどこか安心した気持ちを抱くようになるカワキ。一方ボルトは、妹のヒマワリが母に贈った花瓶をカワキが割ってしまったことに怒りがおさまらない様子で、ふたりはたびたび小競り合いを繰り広げることになる。そんなボルトにカワキは、楔（カーマ）を刻まれた者同士としてあることを提案する。

Kawaki's Karma starts to act up and Jigen, the leader of the Kara, appears before him! Not only are Naruto and Kawaki surprised, but so is Koji Kashin, who had been secretly keeping an eye on Kawaki. Jigen tries to take back Kawaki by force. Upon seeing this, Naruto battles Jigen to protect Kawaki! A direct confrontation between Naruto, the Seventh Hokage, and Jigen, the leader of the Kara, finally begins!

「殻」の主要メンバーで“研究開発技術部”を取り仕切っていたアマドが、シカダイを人質にとり、木ノ葉隠れの里への亡命を求めてきた。アマドは亡命の見返りに知っている情報の提供を約束。信用できない相手ではあるものの、シカダイの命がかかっていることもあり火影自らが交渉に応じることになる。 一方「殻」のアジトでは果心居士とジゲンが対峙。それぞれが互いの本心を探ろうと思案を巡らせていた。

Naruto, proposes that the Chunin Exam be held to raise morale after Isshiki’s attack. Everyone is fired up for the exam, eager to show off the results of their training and experience they’ve gained from missions.

旅の商人が強盗に襲われる事件が起き、調査のため事件現場へとやってきたワサビ、なみだ、ツバキの第十五班。ツバキはそこで、故郷“鉄の国（てつ　の　くに）”の“侍（さむらい）”が関わっていると思われる痕跡を見つける。さらにその痕跡からひとりの人物に思い当たったツバキは動揺を隠せない。なぜならその人物こそ、かつて尊敬し、ともに刀の腕を磨き合い、競い合った兄弟子であり、ツバキとの間にある因縁を持つ相手だった。

船体のトラブルで、ボルトたちやドトウ島の人々を乗せた船が海上で動かなくなってしまった。そこに船大工のカジキと弟子のイカダが通りかかり、ふたりが暮らす造船の島で修理をしてもらえることになった。島に着いたボルトたちは、それぞれ、修理の手伝いや里への状況報告など、できることをしながら船の修理が終わるのを待つ。 その頃、水の国付近の海では、舟戸一族に従い続々と集結した海賊たちと水の国との衝突が避けられない状況となりつつあった。