누군가가 따라다니는 기척은 있는데 모습이 보이지 않아서 불안에 떨던 반장과 여학생들은 마침내 스토커를 붙잡는다. 그런데 잡고 보니 스토커의 정체는 다른 반의 마기레라는 아이로, 반장을 짝사랑해서 은신술을 써서 반장을 졸졸 따라다녔던 것이었다. 그러자 쵸쵸는 혼자서 끙끙 앓지 말고 남자답게 고백을 하라고 부추긴다. 용기를 얻은 마기레는 반장에게 좋아한다는 고백을 하며 사귀어 달라고 하지만 그만 퇴짜를 맞고 만다.그러자 애들 앞에서 창피만 당했다고 생각한 마기레가 일을 벌이고 마는데...

고스트로 인해 피해를 입는 사태가 점차 확산되고 피해 지역도 넓어지자 보루토는 정말 자신들만의 힘으로 고스트 사태를 막아 낼 수 있을지 걱정을 한다.그러자 시카다이는 그렇게 불안하면 호카게 님한테 의논해 보라고 하지만 보루토는 절대 어른들한테 맡길 수 없다며 고집을 피운다. 그리고 어째서 고스트가 나루토에게만 보이는지 의아해하던 아이들은 혹시 엄마의 능력을 이어받아 백안이 발현된 게 아니냐고 묻는다. 보루토 역시 백안인 것 아닐까 하는 생각을 품고 있던 차에 뭔가 계시를 내리는 듯한 내용의 꿈을 꾸고 들뜬 마음에 어쩔 줄 모르는데...

미츠키로부터 고스트 사건의 범인이 누군지를 들은 보루토는 충격에 빠진다. 전혀 상상도 못 했던 인물이 고스트 사건의 범인이란 사실이 도저히 믿기지 않는 보루토는 자신의 눈으로 직접 보고 자신의 귀로 직접 듣기 전에는 믿지 않겠다며 미츠키의 말을 받아들이지 않는다. 한편 단조를 열렬히 신봉해서 단조가 죽은 뒤에도단조가 하던 연구를 계속해 왔던 '뿌리'의 잔당 시가라키 타누키의 은신처를 찾아낸 사이 일행은 맥이 빠져 버린다.시가라키 타누키는 이미 죽은 지 오래였던 것이다. 결국 수사가 원점으로 돌아갔다는 생각에 실망하고 돌아가려던 사이가책상에 놓여 있는 사진 액자를 발견하고는 경악을 금치 못하는데...

중급 닌자 시험이 코앞으로 다가오자 아이들은 저마다 수련에 열심인데,보루토만은 여전히 아버지에 대한 앙심으로 스승이 된 사스케에게 나루토의 약점을 캐묻는다. 중급 시험을 앞두고 계속 그러고 있는 보루토의 자세를 사라다가 지적하자,그렇기에 더더욱 중급 닌자 시험에서 자기 실력을 아버지에게 확실히 보여 줄 거라고 말한다.한편 모모시키와 킨시키, 우라시키는 신수의 차크라가 분산돼서 미수라는 괴물들로 나뉘었고,그 미수 안에 자기들이 찾고 있는 차크라가 깃들어 있다는 정보를 알아내고 차크라를 회수하기 위해 먼저 팔미와 킬러비를 찾아가는데...

야간 경비를 서던 나뭇잎 마을의 닌자들이 괴한에게 습격을 당해 중태에 빠지는 사건이 발생한다. 상황 파악을 위해 나루토는 상급 닌자 전원을 소집하지만, 혼란을 막기 위해 그 외의 사람들에게는 비밀로 부치고 함구령을 내린다. 임무 수행을 위해 약속 장소에 온 보루토와 사라다는 임무가 돌연 취소됐다는 말에 허탈해한다. 그런데 약속 시간이 한참 지났는데도 미츠키가 나타나지 않는 걸 의아하게 생각한 보루토와 사라다는 미츠키 집에 찾아가 보지만 미츠키의 모습이 보이지 않는다. 사방을 찾아다니고 마을 사람들에게 물어봐도 아무도 미츠키를 봤다는 사람이 없는데...

기나긴 추격 끝에 마침내 미츠키를 만나나 했지만 고쿠요가 보루토와 아이들을 막아선다. 처음에는 어린애라고 무시했다가 따끔한 맛을 본 고쿠요는 마침내 본실력을 발휘해서 보루토 일행과 맞선다. 엄청나게 강한 고쿠요에게 고전을 면치 못하는 보루토와 아이들. 급기야 사라다가 목숨을 위협받는 위기에 처한 순간나뭇잎 마을로 돌아가기로 했던 쵸쵸와 이노진이 나타나서 간발의 차이로 사라다를 구한다. 하지만 그게 끝이 아니었는데...

미츠키에게 불의의 일격을 당한 쿠우는 격분하지만 키라라가 일단 치료부터 받아야 한다고 설득하자 서둘러 몸을 피한다. 보루토와 사라다가 뒤를 쫓지만 키라라가 또다시 막아 선다. 키라라의 비장의 무기인 아쿠타들이 합체한 거대한 괴물 때문에 위기에 몰리는 보루토. 한편 친구라고 단단히 믿었던 미츠키가 배신한 걸 안 세키에이는 큰 충격을 받고 미츠키에게 달려든다. 하지만 세키에이를 구하고 싶은 미츠키는 반격을 하지 않고 피하기만 하는데…

과대망상에 빠져서 주인을 악용한 토사카는 급기야 주고를 완전히 주인화시킨 후대결을 펼쳐서 자신의 주인이 이 세상에서 제일 강하다는 걸 증명하겠다고 한다.토사카가 놓은 주인 촉진제 때문에 괴로워하던 주고는 온힘을 다해 버텨 보지만,도저히 억제할 수 없는 주인의 힘 앞에서 속수무책일 뿐이다. 보루토한테 자기로부터 멀리 떨어지라고 하지만 보루토가 들을 리 만무하다.그러자 주고는 자신이 천막을 떠나 버린다. 하지만 잔인한 토사카는 주고를 끝까지 쫓아가고, 결국 둘의 혈전이 벌어지는데...

보루토와 코노하마루는 로맨스 영화 얘기를 나누던 중,남자들에게 쫓기는 여성을 발견한다.그리고 그 여성을 구하는 코노하마루. 그녀의 이름은 요이무라 레몬으로 관광차 나뭇잎 마을을 방문했으나,남자들과 시비가 붙어 쫓겼다고 말한다.이야기를 들은 보루토와 코노하마루는 경호와 관광 안내를 겸해 레몬과 함께 마을을 둘러본다. 두 사람의 안내를 받으며 관광을 즐기는 레몬.그런 모습에 코노하마루는 호감을 느끼는데...

보루토는 신키와 수학이 불의 나라에 들어갈 때까지

우라시키를 잡아두는 작전을 펼치고, 신키는 무사히 수학을 불의 나라에 넘긴다.

한편, 우라시키에게 작전이 들킨 보루토는 위험에 빠지지만,

때마침 나타난 신키 덕분에 위기를 모면한다.

하지만 우라시키는 두 명의 인질은 필요 없다며 시공간을 오가며 가차 없이 공격해 오고

그때 갑자기 보루토의 눈이 바뀌는데...