핫사쿠 일행과 시비가 붙었지만 보루토가 잘 참아 내서 다행이 큰일 없이 마무리가 되고 다시 안개 마을에서의 수학여행을 즐기는 아카데미 아이들. 선대 미즈카게였던 메이와 현 미즈카게인 쵸주로를 접견한 자리에서 쵸주로가 일장 연설을 하자 보루토는 ′그냥 사이좋게 잘 지내자′는 말을 왜 저렇게 어렵게 하냐며 투덜거린다. 그런데 보로투의 말을 들은 쵸주로가 일순 연설을 멈추고 보루토를 쳐다보자 몹시 당황하는 보루토. 그러나 인자한 쵸주로는 그런 보루토를 이해한다며 앞으로 안개 마을과 사이좋게 잘 지내라는 덕담을 한다. 한편 안개 마을이 영 탐탁지 않은 이와베는 결국 카구라와 말다툼을 벌이고 마는데...

카구라의 미안한 감정을 이용해서 카구라를 억지로 신 닌자도 7인방에 들어오게 한 시즈마는 카구라가 관리하고 있던 보관고의 열쇠로 보관고에 잠들어 있던 닌자도 7자루를 탈취하는 데 성공한다. 닌자도가 탈취된 사실을 알게 된 선대 미즈카게 메이와 현 미즈카게 쵸주로는 이 사실을 자신들에 대한 선전포고로 여기고 카구라까지 포함해서 처단하기로 결정한다. 그런데 그때 보루토가 찾아와서는 카구라는 자진해서 따라간 게 아니라 자신을 구하기 위해서 어쩔 수 없이 찾아간 거라며 호소한다.하지만 쵸주로는 이유야 어쨌건 카구라는 마을을 배반한 결과가 됐다며 처단할 수밖에 없다고 말하는데...

드디어 필기시험을 마친 아카데미 아이들 얼굴에 화색이 돈다. 사전에 덴키가 교무실에서 시험 문제를 빼내 와서 모두가 문제를 아는 상태로 시험을 치렀기 때문이다. 보루토가 그런 짓은 반칙 아니냐며 묻지만아이들은 시노 선생님이 시험 일주일 전에 시험 문제를 알아내서 대책을 세우라는 말을 했다고 한다.수업에 관심이 없어 그 얘길 못 들은 보루토는 의외로 자신만만한 모습을 보이는데...

하급 닌자로서 당찬 포부를 품고 활약을 펼치려 했지만,평화로운 시대인 만큼 아이들에게 주어지는 임무는 집 나간 고양이를 찾는 일이나벌집을 치우는 일과 취객의 싸움을 말리는 일등 시시한 것밖에 없다. 그래서 좀 더 화려한 임무를 달라며 졸라 보지만 뾰족한 수가 없다.이렇게 시시한 임무만 맡을 줄 알았다면 괜히 닌자가 됐다며 투덜대는 보루토. 그런데 사라다가 헐레벌떡 뛰어오더니 코노마하루가 긴급 소집을 지시했다고 말한다.보루토는 보나 마나 또 시시한 일이겠거니 싶어서 심드렁하지만 이번엔 인질극을 벌이는 강도 사건이라고 하자 만면에 화색이 도는데...

"우레차를 타고 도망가는 백야단을 가까스로 따라잡은 보루토와 시카다이. 시카다이는 어떻게든 끝까지 료기를 설득해 보려 하지만, 마치 환술에라도 걸린 듯 료기는 완강히 거부한다. 료기가 시전한 빙둔 수정벽이라는 낯선 술법에 걸려든 보루토와 시카다이.그런데 보루토의 낌새가 이상하다. 시카다이를 못 알아보고 공격을 가해 온 것. 같은 편을 공격할 수도 없어서 시카다이는 보루토의 공격을 피하기만 하지만 그래선 끝이 없을 것 같은데... "

폐광 속에서 하얀 제츠와 혈투를 벌이는 보루토 일행. 그런데 이번 하얀 제츠는 생김새부터 옛날의 제츠와는 딴판인 데다 더욱 강력해져 있다. 풍둔, 뇌둔, 화둔까지 구사하지 못하는 게 없는 제츠한테 상급닌자인 코노하마루조차 밀리는 형국이다. 보루토와 미츠키, 사라다까지 가세해서 제츠에게 대항해 보지만 끄떡도 않자 카타스케한테서 받은 과학 닌자 도구까지 동원해서 겨우 위기를 탈출하는데...

드디어 2차 시험이 시작되어 3 대 3 깃발 쟁탈 팀 대항전이 벌어지는데,여기서 지는 팀은 떨어진다고 한다.대결이 착착 진행됨에 따라 차례차례로 2차 시험 통과 팀이 결정되는 가운데,마지막으로 보루토 팀과 안개 마을 세쌍둥이 팀이 맞붙는다. 미츠키와 사라다는 공격을 맡고 보루토가 깃발을 지키는 작전으로 나가는데,웬일인지 세쌍둥이 팀은 세 명 전원이 깃발을 뺏기 위해 보루토를 공격한다.분신을 하나 더 만들 수 있게 된 보루토가 5 대 3이니 당연히 자기가 이긴다고 여유를 부리는 순간세쌍둥이 역시 분신을 만들어 9 대 5로 형세가 역전되어 깃발을 뺏길 위기에 처하는데...

드디어 대망의 3차 시험 결승전이 벌어진다. 신키는 자신의 아버지가 나뭇잎 마을을 과대평가하고 있다면서압도적인 실력 차이로 모래 마을이 나뭇잎 마을보다 월등하다는 걸 증명하겠다며 큰소리친다. 준결승까지 신키가 싸워 온 과정을 보며 엄청난 강적임을 아는 보루토와 사라다는 서로 연대해서 맞서기로 한다.하지만 2 대 1의 싸움에서도 전혀 밀리지 않고 철벽 방어와 날카로운 공격을 퍼붓는 신키.과연 결승전 우승자는 누가 될 것인지...

모모시키 일당에게 붙잡혀 간 나루토는 모모시키에게 차크라를 뽑히지만워낙에 방대한 차크라의 소유자라서 시간이 너무 걸린다며 모모시키가 툴툴댄다. 나루토는 차크라를 뽑히는 와중에도 최대한 저항을 하면서 버티지만 빠져나올 방법이 없다. 그때 문득 보루토가 떠오르며 보루토와 사이에 있었던 과거의 장면들이 주마등처럼 지나간다. 결국 보루토가 그렇게 된 데는 자신의 책임이 크다는 자각이 싹튼 나루토는모모시키에게 ′너희들을 밟아 버리고 나서 아들에게로 돌아가겠다′며 큰소리를 친다. 바로 그때 나루토를 구하러 떠난 다섯 카게가 도착하는데...

아키미치 일족에 대대로 전해 내려오는 비전 술법인 ′나비 모드′를 쵸쵸에게 전수하기 위해 직접 술법을 시전해 보이는 쵸지. 쵸쵸가 ′대박!′, ′멋져′하며 환성을 지르자 쵸지는 으쓱해진다. 하지만 알고 보니 자신을 보고 환성을 지른 게 아니라 TV 드라마의 남자 주인공을 보고 환성을 지른 것임을 알고 머쓱해지는 쵸지. 한편 보루토의 7반과 쵸쵸의 10반에게 공동 임무가 떨어지는데 그건 다름 아닌 유명 배우를 경호하는 임무다. 그런데 알고 보니 바로 그 유명 배우가 쵸쵸가 푹 빠져서 보고 있는 드라마의 남녀 주인공인데...

미츠키의 탈주 문제와 마을의 원수였던 오로치마루의 아들을 아카데미에 받아 준 문제로 궁지에 몰린 나루토. 그런데 설상가상으로 보루토와 사라다도 귀가하지 않은 사실이 알려지자 더욱 입장이 난처해진다. 하지만 카카시가 지금은 일단 일을 해결할 방법부터 찾는 게 급선무라면서 나루토를 위기에서 구해 준다. 그리고 보루토의 생각을 가장 잘 아는 시카다이가 속한 모에기 반이 출동하게 되는데…

이 모든 사태의 원흉이 토사카라는 걸 알게 된 보루토는 충격을 받는다. 알고 보니 토사카는 주인의 비밀을 연구하고 있었는데,최강의 주인 병기를 만들기 위해 보루토 일행의 임무를 도와주는 척했던 것이었다. 그뿐만 아니라 주인 진정제를 이용해서 오히려 주인화를 촉진시키는 약을 만들어서주고에게 투여하는 걸 보고 보루토는 경악을 금치 못한다. 얼마나 포악해지는지 알 텐데도 주고를 완전히 주인화시키려는 의도는 과연?

평화로운 시대에 닌자로 산다는 게 무슨 의미가 있는지 불쑥불쑥 회의를 느꼈던 미라이는6대 호카게와 가이를 호위하라는 임무가 떨어지자 뛸 듯이 기뻐한다.두 거물이 동시에 몸소 행차하는 일이라면 S급을 넘어서는 어마어마하게 중요한 임무라는 판단에서였다.한껏 기대에 부풀어서 출발 장소에 도착한 미라이. 그런데 아무래도 두 사람의 행색을 보니 뭔가 미심쩍은 생각이 자꾸 들기 시작한다.정말로 유유히 휴가 여행을 즐기려는 사람들로 보였던 것인데...

중급 닌자가 된 후 대장으로서 첫 임무를 수행하게 된 시카다이.급조된 임시 멤버는 보루토, 이와베, 와사비였다. 네 사람에게 주어진 임무는 4년에 한 번 보름달이 뜬 시간에만 잠깐 피는 ′월광난′이라는 꽃을 따서 가져오는 것. 하지만 멤버들이 별것 아닌 일로 언쟁을 벌이면서 임무가 좀처럼 생각대로 진척되지 않고, 희귀한 식물을 노리는 도적까지 나타나 위기를 맞는데...

보루토와 코노하마루는 로맨스 영화 얘기를 나누던 중,남자들에게 쫓기는 여성을 발견한다.그리고 그 여성을 구하는 코노하마루. 그녀의 이름은 요이무라 레몬으로 관광차 나뭇잎 마을을 방문했으나,남자들과 시비가 붙어 쫓겼다고 말한다.이야기를 들은 보루토와 코노하마루는 경호와 관광 안내를 겸해 레몬과 함께 마을을 둘러본다. 두 사람의 안내를 받으며 관광을 즐기는 레몬.그런 모습에 코노하마루는 호감을 느끼는데...

코노하마루는 소마에게 빼앗겼던 기억을 되찾은 보루토와 함께 다시 레몬을 구하러 다이다이 마을로 향한다. 하지만 소마에게 조종당한 칸키츠에 의해 소마의 봉인이 풀리고 부활하고 만다. 보루토와 코노하마루는 소마를 막아보려고 하지만, 그 어떤 무기도 술법도 통하지 않는다. 그걸 지켜보던 레몬은 요이무라 가문의 선조인 무녀가 소마를 봉인할 때 썼던 방법을 쓰겠다고 나선다. 하지만 그건 엄청난 대가가 따르는 위험한 일이었다.

시카다이, 테마리와 헤어진 보루토는 신키와 함께 자신들에게 주어진 소임을 다하기 위해 수학을 데리고 나뭇잎 마을로 향한다. 하지만 두 사람 앞을 가아라의 봉인술을 푼 우라시키가 막아선다.

보루토와 신키는 힘을 합해 우라시키를 사철로 봉인하고 그를 따돌리지만, 이번에도 봉인술을 푼 우라시키는 백안으로 둘의 뒤를 쫓는다. 신키는 우라시키를 따돌리기 위해, 일부러 먼 거리를 도는 방법을 택하고 보루토는 전에 자신을 구해 줬던 이사고의 집을 떠올리는데...

나루토 몸속에 있는 구미의 차크라를 빼앗기 위해 마침내 우라시키가 나루토 앞에 나타났다.

하지만 뭐 때문인지 차크라를 빼내지 못하고, 우라시키는 나루토를 데리고 사라진다.

나루토를 구하기 위해 보루토와 사스케, 지라이야는 우라시키의 뒤를 쫓고,

그사이 우라시키는 나루토 몸속으로 들어가, 구미의 거대한 차크라와 마주한다.

그러자 나루토 몸 밖으로 차크라가 새기 시작하는데...

구미의 차크라를 노리는 우라시키로부터 소년 나루토를 지키기 위해

또다시 혈투를 벌이는 보루토, 사스케, 지라이야.

하지만 미래를 내다볼 수 있다고 큰소리치며 모든 공격을 막는 우라시키에게 꼼짝을 못 한다.

하지만 몸을 던져 나루토를 지킨 사스케 덕분에 보루토와 나루토, 지라이야는 몸을 피한다.

그리고 물에 빠진 사스케를 구한 건 소녀 사쿠라였는데...

이노진은 평소에 자신 없던 심전신 술법을 연마하기 위해

부모에게 수행을 부탁하고 다음 날 바로 수행을 시작한다.

쵸쵸의 도움까지 받으며 시작했지만, 자신 없는 이노진은

실패를 거듭하고 끝내 엄마가 폭발하고 만다.

게다가 설상가상으로 아빠와 부부싸움으로 번지고 분위기는 험악해지는데...

의료 감방의 의료진이 지녔던 목패가 사라지는 사건이 발생하자

벤가와 교도관들은 감방 건물을 봉쇄하고 수색을 시작한다.

범인이 나온 감방 죄수들은 연대책임으로 모두 징벌방행이 결정되고,

그렇게 되면 코쿠리의 보호 임무에 차질이 생기게 된다.

미츠키는 범인이 같은 감방에 있는 죄수 중 한 명이란 걸 알아내는데...

탈옥을 계획했던 보루토와 미츠키는 사라다의 신호가 없었지만

사라다를 믿고 탈옥을 결행한다.

그리고 코쿠리의 천뢰를 풀기 위해 셋은 오래된 탱크로 향한다.

한편, 사라다는 귀등성의 지하 구멍으로 떨어져 정신을 잃고,

이들의 탈옥을 알아챈 벤가는 인견을 소환하는데...

보루토는 텐토의 호위 임무를 마치고, 그렇게 바라던 B급 임무를 맡게 된다.

한껏 들떠 있던 중 주머니에서 갖고 싶었던 초닌카의 레어 카드가 나오자,

텐토에게 돌려주기 위해 텐토가 있는 호텔로 향한다.

하지만 그곳에서 텐토가 유괴됐다는 사실을 알게 되는데...

제15반에 새롭게 들어온 멤버는 철의 나라에서 온 츠바키.

하급 닌자와는 비교가 안 될 만큼 뛰어난 능력을 지닌 사무라이였지만,

어째서인지 제5반에 번번이 공적을 빼앗긴다.

결국 츠바키는 5반을 이기기 위해 나미다와 와사비에게 제안을 하는데...

Using intel obtained from Shojoji the leader of the Mujina Gang, Sai and Sasuke journey to the Hidden Rain Village to find a location thought to be the hideout of an organization known as "Kara, the Husk.

Leaving Mitsuki in the care of Yubina, a doctor and friend of Mugino, Boruto and the others go to a black market in the Land of Silence, a dangerous and lawless gathering place for disgraced ninja. Team 7 make it to a shop located in the most dangerous district whose owner knows all the latest news. After a scuffle with the bodyguards, the team finally gets ready to ask the shopkeeper for information.

Boruto and the team finally catch up to the real thieves, two ninja brothers from the Land of Kasumi. Yuga uses a Forbidden Jutsu to summon a monster, and seals it and the team inside a strong barrier. Naruto insists on defeating it and getting out of the barrier. But Mugino argues that unnecessary fighting should be avoided since they don't know how to counter this special jutsu.

Boruto and Sarada convalesce at the Leaf Hospital while Mitsuki returns to Orochimaru's for treatment. For Boruto and Sarada, their inability to fight back against Deepa turns from frustration to resolve. Meanwhile, Konohamaru gives the Hokage his report regarding the incident, and in order to investigate the connection with the Kara more thoroughly, he asks that he be allowed to conduct surveillance on Victor's company.

The reformed Team 7 launches a series of attacks on Boro. But even when they land successful attacks, Boro instantly revives himself with his extraordinary regeneration powers.

Konohamaru and Sai are given a mission to infiltrate Boro's cult in order to obtain information on Kara and its whereabouts.

Amado reveals to Naruto and the others the knowledge that he possesses regarding Jigen, the Otsutsuki Clan, and Karma. Meanwhile, Koji Kashin confronts Jigen, and Amado's plan to eliminate him is revealed.

Boruto opens a portal and transports Isshiki and himself to another dimension. Naruto and Sasuke follow them, and the final battle against Isshiki begins.

Finished with their battle against Isshiki, Boruto and the others return to the village. Thanks to their work, the safety of the village has been maintained. Boruto is terrified by the fact that Momoshiki once again took over his consciousness during battle. Meanwhile, Amado provides some new information concerning Code, whose powers surpass Jigen. As that happens, something appears before Code, who has been keeping watch over the immature Ten-Tailed Beast in Kara’s possession!