À Kiri, le Mizukage reçoit la visite des élèves de Konoha, à qui il adresse un message de bienvenue et d'amitié. Par la même occasion, il propose de nouveau à Kagura, le jeune guide de la classe, de s'engager sur le chemin de sa succession.

Shizuma et sa bande s'emparent des armes des Ninjas Spadassins grâce à la complicité de Kagura. Tenu par sa fonction de châtier ceux qui trahissent Kiri, Chôjûrô semble prêt à aller exécuter son jeune protégé, mais Boruto accourt pour plaider la cause de son nouvel ami.

Au lendemain de l'examen écrit, Boruto et ses camarades se retrouvent en forêt pour passer l'épreuve pratique. Après avoir écouté les explications de leurs trois professeurs, ils découvrent avec stupeur que Kakashi, l'ancien Hokage, sera leur examinateur. Au cours des vingt-quatre heures imparties, les élèves joueront-ils leur carte personnelle, ou miseront-ils plutôt sur l'entraide ?

Alors que Boruto déplore l'insignifiance des missions qui sont confiées aux aspirants, l'équipe 7 est soudain chargée d'arrêter un malfaiteur retranché dans une banque. Le jeune ninja en mal d'action pourra-t-il enfin montrer sa valeur à tout Konoha ?

À bord du train qui file vers la frontière, Boruto est victime d'un sort de Genjutsu qui le fait prendre Shikadai pour un ennemi. Mais le véritable défi est de briser l'emprise qu'exerce Gekkô, le chef des bandits, sur le jeune Ryôgi.

Dans la mine désaffectée, l'équipe 7 est tombée sur un Zetsu blanc de forme nouvelle. En tant que Ninja supérieur, Konoha-Maru tient à affronter seul ce terrible ennemi, mais Boruto voit dans ce combat l'occasion de prouver enfin sa valeur.

Enfin arrivé à Konoha, Gaara révèle à ses homologues Kage qu'il a été attaqué, durant le voyage, par un mystérieux membre du clan Ôtsutsuki. Les aspirants encore en lice commencent la deuxième épreuve de sélection, au terme de laquelle la moitié des équipes seront éliminées. Dans son bureau, Naruto brûle de savoir si Boruto et ses camarades sont qualifiés pour la suite de l'examen.

Au début de la finale de la troisième épreuve, Sarada et Boruto décident de faire cause commune face au redoutable Shinki. Toujours aussi arrogant, le fils adoptif de Gaara manipule à loisir sa limaille de fer, aussi bien pour se défendre que pour attaquer.

Sasuke, Boruto et les Kage sont partis libérer Naruto des griffes des deux assaillants du clan Ôtsutsuki. Alors même que Momoshiki le fait durement souffrir en lui aspirant son chakra, le Hokage réalise qu’il n’a pas donné assez d’attention à son fils. Renouera-t-il le lien avec lui ?

Captivée par le beau héros d'une série télévisée, Chôchô n'est guère concentrée sur les techniques ninjas que lui montre son père. Puis, lorsqu'elle est chargée avec son équipe d'assurer la protection de son idole, la jeune Akimichi emploie une technique amincissante pour le moins inattendue.

À Konoha, Naruto et Shikamaru commencent à organiser les recherches pour retrouver Mitsuki. Boruto et Sarada, quant à eux, arrivent déjà au laboratoire d’Orochimaru, où ils comptent faire examiner le serpent de leur ami disparu.

Dans ses installations à but pseudo-sanitaire, Tosaka révèle à ses nouveaux captifs Boruto et Suigetsu qu'il veut créer une arme à partir de la marque maudite de Jûgo. Pendant ce temps, au cœur de la forêt, les jumeaux maléfiques ont décidé d'agir séparément : tandis que le frère s'en prend aux trois filles de l'équipe 15, la sœur affronte Sarada et Karin.

Chargée d’escorter Kakashi et Gaï aux confins du pays du Feu, Mirai Sarutobi compte bien profiter du voyage pour se mettre en valeur. Et la décontraction affichée par les deux vétérans n’ébranle pas sa conviction d’avoir hérité d’une mission ultra-importante.

Tout juste promu moyenne-classe, Shikadai doit déjà mener sa première mission en tant que chef d’équipe. En l’absence de Chôchô et d’Inojin, il va avoir sous ses ordres Wasabi et Iwabê, dont la cohabitation s’annonce pour le moins difficile.

Boruto et Konoha-Maru font visiter le village à Lemon, une jeune touriste qui a échappé à un groupe de ninjas en colère. Insensible aux choses de l’amour, le bouillant aspirant ne décèle pas, chez son chef d’équipe, les signes d’un certain intérêt pour la belle étrangère.

Dans la grotte sacrée, les deux fiancés sont prêts à accomplir le rituel du mariage. Mais, au moment crucial, Kankitsu brise le rocher dans le but de redonner vie au monstre Sôma, au lieu de le sceller pour cent nouvelles années. Alors que la panique règne dans la petite assistance, Konoha-Maru et Boruto surgissent pour porter secours à la belle Lemon.

Dans le désert du pays du Vent, Urashiki parvient à rattraper Boruto et Shinki. Ce dernier, à l'issue d'un bref affrontement, finit par sceller sur place le « pêcheur de chakra ». Shukaku étant indemne, les deux jeunes ninjas se remettent à courir en direction de Konoha. Mais le chemin le plus court n’est pas forcément le bon.

Arrivé à son tour dans le passé, Urashiki échoue à extraire de Naruto le chakra de Kyûbi, et opte finalement pour le kidnapping. Avant de s’éclipser, il prend soin d’enfermer Boruto, Sasuke et Jiraya sous une voûte de rochers.

Jiraya a été sévèrement blessé par Urashiki. Réfugié dans une faille rocheuse avec Boruto et Naruto, l’"ermite pervers" se demande comment leur redoutable ennemi peut prévoir aussi précisément les mouvements adverses. Sasuke, quant à lui, est recueilli par Sakura.

Au lendemain d’une mission qui lui a laissé un goût amer, Inojin s’entraîne sous la houlette de ses parents. Mais ses difficultés à maîtriser la Transposition font éclater une violente scène de ménage entre Saï et Ino.

Benga, le chef des gardiens, ordonne à ses hommes de fouiller toute la prison pour trouver le voleur de la carte. En attendant l’inspection, Boruto et Mitsuki sont déjà certains que le coupable se trouve parmi leurs compagnons de cellule.

Malgré l’absence de signal, Boruto et Mitsuki suivent comme prévu le plan d’évasion. Le but est de rejoindre Sarada au vieux réservoir des sous-sols, afin de rompre l’Entrave céleste de Kokuri.

À Konoha, le jeune Tentô est kidnappé par la bande des Mujina. Son père Ikkyû, le seigneur du pays du Feu, est disposé à payer la rançon, mais l’autre exigence des ravisseurs – la libération de tous les prisonniers de Hôzuki – lui semble irrecevable.

Malgré les prouesses de Tsubaki, l’équipe 15 obtient systématiquement de moins bons résultats que l’équipe 5. Pour progresser, les trois aspirantes décident de se lancer des défis entre elles. Mais de l’émulation à la discorde, il n’y a qu’un pas...

À Ame, Sasuke et Saï cherchent un repaire de Kara dans une ancienne usine de traitement des eaux usées. Au cours de leur progression souterraine, ils tombent sur un jeune homme qui les prend pour les meurtriers de ses camarades.

À la recherche des cellules de Hashirama, l’équipe de Konoha entre au pays du Silence, le refuge des hors-la-loi du monde entier. Dans le village de Tobari, Boruto et Sarada découvrent une réalité sociale bien différente de celle qu’ils connaissent.

Pour permettre à ses frères de passer la frontière avec les cellules de Hashirama, Yûga a décidé de stopper l’équipe de Boruto. À un contre cinq, il n’’hésite pas à employer une technique interdite, quitte à en payer le très lourd tribut.

Après leur cuisante défaite, Boruto et Sarada sont rapatriés inconscients à l'hôpital de Konoha. À leur réveil, ils affichent une bonne humeur qui étonne leur entourage. Mitsuki, quant à lui, a été transporté chez Orochimaru dans un état plus que préoccupant.

Naruto est toujours enfermé dans la capsule. Boruto et ses compagnons se heurtent à l’incroyable capacité régénératrice de Boro. Alors qu’elle repart à l’attaque, Sarada est retenue par Kawaki, qui a une tâche cruciale à lui confier.

Pour dénicher des indices sur l’organisation Kara, Saï et Konoha-Maru s’infiltrent dans la secte de Boro. Ils sont accueillis par Akari, une jeune adepte dont le frère a été sélectionné pour rencontrer un dieu.

Pour convaincre Naruto de lui accorder l’asile, Amado fait de précieuses révélations en salle d’interrogatoire. Grâce aux lunettes ultra sophistiquées du brillant savant, le combat entre Kashin Koji et Jigen est projeté en direct sur le mur.

Sasuke et Naruto ont rejoint Boruto dans une autre dimension, où le combat s'engage contre Isshiki. À l’intérieur de l’abri anti-Byakugan, Amado expose la situation à Kawaki, qui a enfin repris connaissance.

Grâce à son Kâma, Boruto parvient à créer un Ninjutsu spatio-temporel vers le village. À leur retour, les quatre compagnons blessés passent des examens poussés à l’hôpital. Peu près, dans la salle d’interrogatoire, Amado décrit l’incroyable puissance de Code.