À Kiri, le Mizukage reçoit la visite des élèves de Konoha, à qui il adresse un message de bienvenue et d'amitié. Par la même occasion, il propose de nouveau à Kagura, le jeune guide de la classe, de s'engager sur le chemin de sa succession.

Shizuma et sa bande s'emparent des armes des Ninjas Spadassins grâce à la complicité de Kagura. Tenu par sa fonction de châtier ceux qui trahissent Kiri, Chôjûrô semble prêt à aller exécuter son jeune protégé, mais Boruto accourt pour plaider la cause de son nouvel ami.

Au lendemain de l'examen écrit, Boruto et ses camarades se retrouvent en forêt pour passer l'épreuve pratique. Après avoir écouté les explications de leurs trois professeurs, ils découvrent avec stupeur que Kakashi, l'ancien Hokage, sera leur examinateur. Au cours des vingt-quatre heures imparties, les élèves joueront-ils leur carte personnelle, ou miseront-ils plutôt sur l'entraide ?

Alors que Boruto déplore l'insignifiance des missions qui sont confiées aux aspirants, l'équipe 7 est soudain chargée d'arrêter un malfaiteur retranché dans une banque. Le jeune ninja en mal d'action pourra-t-il enfin montrer sa valeur à tout Konoha ?

À bord du train qui file vers la frontière, Boruto est victime d'un sort de Genjutsu qui le fait prendre Shikadai pour un ennemi. Mais le véritable défi est de briser l'emprise qu'exerce Gekkô, le chef des bandits, sur le jeune Ryôgi.

Dans la mine désaffectée, l'équipe 7 est tombée sur un Zetsu blanc de forme nouvelle. En tant que Ninja supérieur, Konoha-Maru tient à affronter seul ce terrible ennemi, mais Boruto voit dans ce combat l'occasion de prouver enfin sa valeur.

Enfin arrivé à Konoha, Gaara révèle à ses homologues Kage qu'il a été attaqué, durant le voyage, par un mystérieux membre du clan Ôtsutsuki. Les aspirants encore en lice commencent la deuxième épreuve de sélection, au terme de laquelle la moitié des équipes seront éliminées. Dans son bureau, Naruto brûle de savoir si Boruto et ses camarades sont qualifiés pour la suite de l'examen.

Au début de la finale de la troisième épreuve, Sarada et Boruto décident de faire cause commune face au redoutable Shinki. Toujours aussi arrogant, le fils adoptif de Gaara manipule à loisir sa limaille de fer, aussi bien pour se défendre que pour attaquer.

Sasuke, Boruto et les Kage sont partis libérer Naruto des griffes des deux assaillants du clan Ôtsutsuki. Alors même que Momoshiki le fait durement souffrir en lui aspirant son chakra, le Hokage réalise qu’il n’a pas donné assez d’attention à son fils. Renouera-t-il le lien avec lui ?

Captivée par le beau héros d'une série télévisée, Chôchô n'est guère concentrée sur les techniques ninjas que lui montre son père. Puis, lorsqu'elle est chargée avec son équipe d'assurer la protection de son idole, la jeune Akimichi emploie une technique amincissante pour le moins inattendue.

À Konoha, Naruto et Shikamaru commencent à organiser les recherches pour retrouver Mitsuki. Boruto et Sarada, quant à eux, arrivent déjà au laboratoire d’Orochimaru, où ils comptent faire examiner le serpent de leur ami disparu.

Dans l’étendue désertique proche de la frontière, le trio Ino-Shika-Chô affronte Kokuyô, un mystérieux personnage qui est venu à leur rencontre. Boruto et Sarada, quant à eux, ont quitté leurs camarades pour rattraper Mitsuki au plus vite. Soudain, leur course est stoppée par une explosion...

Après le combat, le groupe des aspirants s’est réfugié en bordure de forêt. Alors que Boruto est toujours inconscient, Shikadai se demande s’il vaut mieux poursuivre Mitsuki, ou retourner au village pour y relater les événements.

À Iwa, Boruto s’enfuit vers le point de ralliement en portant sur son dos Ônoki, l’ancien Tsuchikage, qui est inconscient. Lorsque ce dernier se réveille, le lendemain, il se rend compte que son jeune sauveur l’a amené à Sanzu-ga-hara, une vaste étendue dont on ne peut sortir que si l’on trouve la « pierre de son cœur ».

Cette année, les participants du concours des plus gros mangeurs doivent s’inscrire en duo avec leur fils ou leur fille. Engagé aux côtés de Chôchô, Chôji compte bien triompher pour regagner l’estime de son épouse.

Après avoir rendu sourdes ses co-équipières durant une mission, Namida décide de renoncer à ses pleurs stridents. Sous la houlette de Hanabi, elle s’entraîne à une autre technique sans compter ses efforts.

À nouveau transformé en monstre, Jûgo se jette sur Boruto et Sarada, qui ne doivent leur salut qu’à l’intervention de leurs coéquipiers. Lorsque le petit groupe retrouve son ennemi sans connaissance, Konoha-Maru ramasse près de lui un produit destiné à affaiblir temporairement la marque maudite. Y a-t-il un lien entre le mal dont souffre Jûgo et la frénésie des oiseaux ?

Dans ses installations à but pseudo-sanitaire, Tosaka révèle à ses nouveaux captifs Boruto et Suigetsu qu'il veut créer une arme à partir de la marque maudite de Jûgo. Pendant ce temps, au cœur de la forêt, les jumeaux maléfiques ont décidé d'agir séparément : tandis que le frère s'en prend aux trois filles de l'équipe 15, la sœur affronte Sarada et Karin.

Mirai se prélasse dans le bain de son hôtel en compagnie de Tenten, qui est venue lui apporter des affaires de rechange. Soudain, la conversation des deux jeunes filles est interrompue par un hurlement. Découvert évanoui, Gaï marmonne dans son sommeil qu’il a vu un fantôme...

Dans la grotte sacrée, les deux fiancés sont prêts à accomplir le rituel du mariage. Mais, au moment crucial, Kankitsu brise le rocher dans le but de redonner vie au monstre Sôma, au lieu de le sceller pour cent nouvelles années. Alors que la panique règne dans la petite assistance, Konoha-Maru et Boruto surgissent pour porter secours à la belle Lemon.

Arrivé à son tour dans le passé, Urashiki échoue à extraire de Naruto le chakra de Kyûbi, et opte finalement pour le kidnapping. Avant de s’éclipser, il prend soin d’enfermer Boruto, Sasuke et Jiraya sous une voûte de rochers.

Jiraya a été sévèrement blessé par Urashiki. Réfugié dans une faille rocheuse avec Boruto et Naruto, l’"ermite pervers" se demande comment leur redoutable ennemi peut prévoir aussi précisément les mouvements adverses. Sasuke, quant à lui, est recueilli par Sakura.

Au lendemain d’une mission qui lui a laissé un goût amer, Inojin s’entraîne sous la houlette de ses parents. Mais ses difficultés à maîtriser la Transposition font éclater une violente scène de ménage entre Saï et Ino.

Benga, le chef des gardiens, ordonne à ses hommes de fouiller toute la prison pour trouver le voleur de la carte. En attendant l’inspection, Boruto et Mitsuki sont déjà certains que le coupable se trouve parmi leurs compagnons de cellule.

Malgré l’absence de signal, Boruto et Mitsuki suivent comme prévu le plan d’évasion. Le but est de rejoindre Sarada au vieux réservoir des sous-sols, afin de rompre l’Entrave céleste de Kokuri.

À Konoha, le jeune Tentô est kidnappé par la bande des Mujina. Son père Ikkyû, le seigneur du pays du Feu, est disposé à payer la rançon, mais l’autre exigence des ravisseurs – la libération de tous les prisonniers de Hôzuki – lui semble irrecevable.

Malgré les prouesses de Tsubaki, l’équipe 15 obtient systématiquement de moins bons résultats que l’équipe 5. Pour progresser, les trois aspirantes décident de se lancer des défis entre elles. Mais de l’émulation à la discorde, il n’y a qu’un pas...

À Ame, Sasuke et Saï cherchent un repaire de Kara dans une ancienne usine de traitement des eaux usées. Au cours de leur progression souterraine, ils tombent sur un jeune homme qui les prend pour les meurtriers de ses camarades.

À la recherche des cellules de Hashirama, l’équipe de Konoha entre au pays du Silence, le refuge des hors-la-loi du monde entier. Dans le village de Tobari, Boruto et Sarada découvrent une réalité sociale bien différente de celle qu’ils connaissent.

Pour permettre à ses frères de passer la frontière avec les cellules de Hashirama, Yûga a décidé de stopper l’équipe de Boruto. À un contre cinq, il n’’hésite pas à employer une technique interdite, quitte à en payer le très lourd tribut.

Après leur cuisante défaite, Boruto et Sarada sont rapatriés inconscients à l'hôpital de Konoha. À leur réveil, ils affichent une bonne humeur qui étonne leur entourage. Mitsuki, quant à lui, a été transporté chez Orochimaru dans un état plus que préoccupant.

Kashin Koji a pénétré sans mal dans Konoha, échappant du même coup à la surveillance de Delta. Au cours d’un combat d’entraînement face à Naruto, Boruto teste son Kâma associé à celui de Kawaki. Malgré l’air qu’il se donne, le jeune protégé du Hokage n’est pas indifférent aux techniques des ninjas.

Pour convaincre Naruto de lui accorder l’asile, Amado fait de précieuses révélations en salle d’interrogatoire. Grâce aux lunettes ultra sophistiquées du brillant savant, le combat entre Kashin Koji et Jigen est projeté en direct sur le mur.

Sasuke et Naruto ont rejoint Boruto dans une autre dimension, où le combat s'engage contre Isshiki. À l’intérieur de l’abri anti-Byakugan, Amado expose la situation à Kawaki, qui a enfin repris connaissance.

Grâce à son Kâma, Boruto parvient à créer un Ninjutsu spatio-temporel vers le village. À leur retour, les quatre compagnons blessés passent des examens poussés à l’hôpital. Peu près, dans la salle d’interrogatoire, Amado décrit l’incroyable puissance de Code.

Dernière journée de l’examen des chûnins… Dans l’arène, deux qualifiés manquent à l’appel : Boruto et Mitsuki. Pour le premier combat, le sort désigne Inojin et Hôki. Qui l’emportera entre le fils et le l'élève de Saï ?

Sarada et Chôchô se retrouvent face à face à l’épreuve finale de l’examen chûnin. Sauront-elles faire abstraction de leur amitié pour remporter le combat ?

Pour son apprentissage de ninja, Kawaki effectue des missions dans diverses équipes, mais il se montre peu ouvert à l’esprit collectif. Finira-t-il par saisir les bienfaits de l’entraide et de la cohésion ?

Dans la forêt, Mozuku et Kawaki poursuivent Kurobane, le tueur qui s'est emparé du nouveau médicament. Pendant ce temps, Shikadai aide péniblement Chôchô à marcher en direction de Konoha.

Avec le renfort de Kawaki, l’équipe 7 escorte Katasuke jusqu’à Kiri, où l’on inaugure un nouveau système de production électrique. Boruto compte en profiter pour revoir Kagura, si la mission lui en laisse le temps...

À bord d’un vieux rafiot, l’équipe composite menée par Kagura navigue en direction d'une île lointaine. Les ninjas de Konoha parviendront-ils à sauver leurs camarades des griffes du clan Funato ?

Dans la forteresse ennemie qui se déplace sur la mer, Boruto, Kawaki et Buntan cherchent à détruire l’immense canon qui menace leurs camarades. Pendant ce temps, sur le bateau de pêche, Kagura imagine un plan pour venir en aide aux trois infiltrés.

Boruto a décidé d'accompagner Ikada à l’usine de pièces détachées. Sur l’embarcation qu'il conduit vers le nord de l’île, le jeune apprenti du chantier naval parle de son parcours et de son rêve. Avant que le calme ne laisse place à la tempête...

Seiren et son homme de main débarquent sur l’île avec deux cibles en tête : Kagura et Boruto. Bientôt, une invasion d’étranges créatures crée le chaos parmi les ninjas de Kiri et de Konoha.

Funamushi, le chef de l’unité d’élite, ordonne à ses éclaireurs d’inspecter le village dans lequel Boruto et ses camarades se sont installés. Kagura imagine alors un plan pour protéger les habitants.

Dans son camp de fortune, Funamushi brûle d’éliminer Boruto pour venger Seiren. Pendant ce temps, Sarada organise la défense du village de montagne. Mais la dernière bataille a ravagé les réserves de nourriture.

Isari Funato effectue une visite surprise au palais du Mizukage pour négocier la paix. Mais la discussion est brutalement interrompue par Araumi, qui annonce la bataille finale sur tous les écrans de Kiri.

Accompagné de Sarada et de Mitsuki, Boruto monte à bord du grand navire ennemi pour convaincre Ikada de cesser le combat. Tandis que le Mizukage suit la discussion à distance, le chef Araumi est plus intéressé par l’arrivée d’un renfort de taille.

À Kiri, le Mizukage prend des mesures pour maintenir la paix. De retour au village de Konoha, l’équipe 7 fait son rapport à Naruto, mais Kawaki quitte le bureau après un vif échange avec Boruto.

Konoha-Maru remplace Naruto pour incarner le Hokage dans un film. Dès son premier jour de tournage, il est dérouté par la place envahissante de la technologie.

L’équipe 7 est mobilisée pour une étrange affaire d’agressions. Depuis la fin de la longue mission à Kiri, Mitsuki n’aperçoit plus le chat Mikazuki. Il finit par le retrouver aux côtés d’une fillette qui joue un air de flûte mélancolique.

À la demande de Naruto, Kawaki entre à l’Académie des ninjas en tant que simple élève. Sa mission secrète : protéger Kae, une princesse étrangère qui vient étudier à Konoha.

Un soir, une petite bande réunie par Himawari pénètre dans l’Académie pour y observer des phénomènes étranges. D’emblée, Kae intrigue Kawaki en prenant un chemin à part.

Himawari et Osuka sont kidnappées à la sortie de l’Académie. Dernière élève à les avoir vues, Neon est interrogée par Kawaki et Kae. Dans le repaire des ravisseurs, Osuka est persuadée que sa mère ne paiera pas la rançon.

Malgré la mort annoncée de l’assassin, Kawaki pressent que l’affaire n’est pas terminée. De retour à l’Académie après son séjour à l’hôpital, Hana est chaleureusement accueillie par ses élèves. Après les cours, elle est assaillie par d'étranges souvenirs sur les lieux de l'attentat.

Sur un pont de l’île, la maléfique Hana plante sa lame dans la chair de Kae, puis se volatilise dans la nature. Les élèves de l’Académie unissent leurs forces pour retrouver la tueuse et sa victime.

Sasuke et Boruto partent à la recherche d’un faucon d'une espèce rarissime. En haut d’un sentier escarpé, ils sont accueillis sans ménagement par Maruta, un dresseur de rapaces qui résiste aux menaces d’une riche trafiquante d’animaux.

Boruto et les autres rescapés de l’accident ferroviaire se réveillent dans une mystérieuse salle blanche. Se présentant comme le maître des lieux, un vieillard impose d'étranges expériences à ses hôtes forcés.

Réveillés du Genjutsu dans lequel ils étaient plongés, Boruto, Yatsume et Rokuro arpentent les couloirs déserts du labyrinthe à la recherche de la sortie. Ils espèrent appeler de l'aide pour extirper leurs camarades du coma.

Emprisonné à l'institut d'astronomie, Sasuke subit sans broncher la brutalité des gardiens. Son compagnon de cellule lui propose de l'emmener à l’infirmerie, où officie depuis peu une jeune femme que l’on dit fort belle.

Par un message de Kakashi, Sakura apprend que le Premier ministre du pays de Redaku a lancé une opération militaire. Elle se presse à la cantine des détenus pour prévenir Sasuke, mais celui-ci est encore de corvée sur le toit.

D’étranges marques ont été découvertes aux alentours de Konoha. Kawaki les attribue à Code qui, pendant ce temps, traverse un désert de neige à la recherche d’installations liées à Boro.

Dans le repaire du défunt Boro, Ada avertit Code d’un imprévu : Kawaki est sorti du village en masquant son chakra pour tromper la vigilance de l’unité de détection. Seul Boruto se révèle capable de retrouver la piste de son ami.

Après avoir retrouvé Kawaki dans la forêt, Boruto est confronté à Code, l'insaisissable survivant de Kara. À Konoha, Naruto note avec stupeur l'absence de son fils, et demande à Ino de tout mettre en œuvre pour le localiser.

Naruto pleure devant le corps inerte de Boruto, mais Shikamaru l’engage à poursuivre le combat malgré sa douleur. De son côté, Kawaki réduit la taille des marques de griffes de Code, pour l’empêcher de fuir vers son repaire.