博人偷乘雷车闲逛时遇到了被欺凌的电气，帮电气摆脱不良少年们的纠缠后两人彼此都有了了解，电气是全国第一大企业“雷门公司”家的公子，因为父亲的缘故他不得不去忍者学校学习忍术，而博人告诉他必要的时刻需要强硬的反抗。父亲给予的压力让电气产生了负面情绪，从而招致了一股不祥的力量，获得了力量的电气打算用极端的方法证明自己。

忍者学校曾是木叶的忍者培训机构，这间一度强迫学员接受残酷训练的学舍如今也因为社会的安定和现代化而彻底改头换面，成为了实施各种教育的学习场所。雷车事件再加上博人的特殊身份让他备受同学们的非议，毒舌的井阵还将他称为火影家的二世祖，对于这些博人并没有太过在意，而学校里最大的麻烦还是找上了他。

平时训练刻苦的梅塔尔本该有不错的表现，但他一紧张就会出错的毛病限制了自己的实力，在进行岩像修补工作时还毁掉了火影岩像一半的脸。鹿台指责了梅塔尔后立马意识到自己错了，但他想要找梅塔尔道歉时却遭到了攻击，博人看到梅塔尔身上的气息与当时暴走的电气一样，到底是什么力量在扰乱梅塔尔的心智？

作为老师的木叶丸在忍术班的同学面前展示了通灵之术，被女生围住的木叶丸很不适应，博人吐槽木叶丸后遭到了班上女生的斥责。不单单如此，女生与男生们的矛盾还有很多，佐良娜认为都是博人他们的缘故让整个忍术班都遭人白眼。志乃认为竞争有利于忍者的成长，于是他为男生和女生们准备了一场忍术对抗赛。

一大早街道上就非常混乱，闹事的学生身上也有着异样的查克拉，博人与鹿台等人合力将对方击退，但真正摆平混乱的则是音忍村的转校生巳月。神秘的转校生让本就不好管理的忍术班更加混乱，这深深的打击到了志乃，他开始怀疑自己是否还适合继续担任教师，在红的鼓励下志乃打算用自己的方式与学生相处，但结果却依旧不尽人意。

被神秘力量附身的志乃爆发了所有的负面情绪，他放任虫子肆意攻击，在暴走的上忍面前博人一行连逃跑都非常吃力。鹿台从一开始就不信任巳月，为了打败老师他提议让巳月来担当诱饵，但这却遭到了博人的反对，博人准备在不牺牲任何人的情况下解决事件，包括想要至他们于死地的志乃老师。

佐良娜、蝶蝶和堇最近遇到了一件烦心事，她们总感觉有人跟踪她们，被跟踪了几次之后蝶蝶终于逮到了这个跟踪狂。隔壁班的纷暗恋着堇，不敢表达爱意的他选择偷偷跟在堇的后面，在蝶蝶的鼓励下纷鼓起勇气告白，被拒绝后纷心生恨意，等到再次见到纷时博人又看到了那股邪恶的力量。

博人整理了所有与黑影有关的事件，他很疑惑为什么只有他能看到这股力量，在一个奇怪的梦中他了解到自己的眼睛里蕴含着力量。博人眼睛的特性让他不自觉联想到了自己的母亲，他认为自己觉醒了白眼的力量，但白眼需要大量的修炼才能开眼，因此鸣人并不赞同他的说法。为了证明自己的力量博人决定去找外公一问究竟。

在与花火的切磋中博人使出了全力，但直到最后也丝毫没有开眼的迹象，博人开始明白自己的这只眼睛并不是白眼。虽然博人并没有开启白眼，但鸣人可以肯定自己的儿子并没有撒谎，博人可能拥有了白眼以外的某种力量。博人对着影正的电影海报喃喃自语时遇到了佐良娜，两人谈到影正的续篇可能会中止时神秘的黑影又出现了。

博人将诡异的黑影命名为“幽灵事件”，类似的情况在这周已经发生了七起，能看得见黑影的博人与鹿台、巳月一起开始调查，但整整一天过去了依旧没有线索，三人还因为翘课的缘故受到了责骂。在职业体验中博人等人选择了可以四处走动的邮局工作，他们想要尽快解决事件，而佐井也展开了调查，这起事件很可能与根的残党有关。

班长卷入“灵魂事件”受了伤，博人为此非常自责，唯一能看到黑影的他认为自己要尽快解决事件，但这却遭到了鸣人的反对。志乃老师出面肯定了博人的想法，鸣人看到志乃的坚持后做出了让步，鹿台根据最近的情况开始分析如何找出黑影。和他们猜想的一样，在他们佯装离开邮局后操纵黑影的人物出现了。

巳月在与博人相处的这段时间里发现自己变了，在训练中他竟然不自觉的伸手帮助了电气，用鹿丸的解释来说就是他被博人传染了。巳月很在意为什么班里性格各异的同学都围绕在博人的身边，询问了一圈后他隐约知道了答案。火影工作的繁忙让博人对自己的父亲又爱又恨，博人立志要做大人做不到的事情，而这句话勾起了巳月内心深处的回忆。

最近一连串的事件牵扯出了根的残党，佐井在秘密研究所找到了线索。与此同时，早已清楚真正犯人是谁的巳月向博人透漏了消息，但博人却怎么也不愿相信，因为操纵暗影的竟然是他们的班长堇。在遭到佐井抓捕时堇召唤出了鵺，狂暴的鵺势必会给村子带来灾难性的打击，巳月接到的任务是杀掉堇从而停止鵺的活动，面对这种局面博人又会做出怎样的选择？

鵺与其他通灵兽的区别在于栖息环境，卡卡西推测鵺已经带着堇前往异世界，他们无法主动干涉，而唯一可以阻止堇的只有跟过去的博人和巳月。知道了真相的博人依旧将堇看做同班同学，在他的眼里堇还是那个时刻为班里同学着想的班长，堇听到这些后情绪发生了变化，围绕在堇身上的黑影渐渐淡去。

幽灵事件解决后博人的神秘力量就再也没有发动过，但他更担心的是班长堇的现状。校舍接近完工，志乃老师让大家重新组队进行实战训练，这是为了让同学们多做尝试，借此找到毕业后能够一起组队的同伴，这个时候大家都想起了缺席的堇。堇现在的状况非常尴尬，要不要回到学校还得看她本人的意愿，为此志乃亲自去探望了堇。

电气的忍术课成绩很差，继续下去他就要面临留级的危机，不愿意留级的他无意间提到了一直没能毕业的岩部。岩部并没有因为电气的言论生气，他反而主动帮助不得要领的电气，得知岩部的文化课没有进展时电气也伸出了援手，相互帮助的两人都得到了提升。自信满满的岩部和电气赶往考场，但在途中却看到了火灾现场。

小樱好不容易迎来了难得的假期，她和井野约好一起旅行，而乖巧的佐良娜则留下来看家。独自乘坐雷车的佐良娜准备帮妈妈将玩偶送还给医院里的孩子，但在下车的时候却把包裹遗忘了，一向风评良好的她决定抛弃形象爬上雷车，但却碰巧遇到了博人等人。无计可施的佐良娜遇到了蝶蝶，当她们去失物招领处时却发现包裹被人误领了。

博人在家里照顾生病的小葵时看到了全家的合照，这让他想起了爸爸任职火影当天的事情，惹怒了小葵的他不光得到了惨痛的教训，还牵连爸爸整整昏迷了一天。一直忙于工作的鸣人知道女儿生病后立刻赶回了家，他和博人争执晚餐要吃什么时被雏田赶出了家门，而这对父子也难得在一乐拉面里一起吃了个饭。

木叶的少年忍者们都在父亲的教导下练习忍术，这让没见过自己父亲几面的佐良娜心里很不是滋味，就连常做蠢事被鸣人追着到处跑的博人也足够让她羡慕。积压已久的情绪终于爆发了，她询问母亲关于父亲佐助的事情，但小樱模棱两可的回答并没有说服她。一次偶然的契机佐良娜看到了佐助与鹰小队成员的合照，照片中出现的女人让她开始怀疑自己的身世。

任务中的佐助遭到了袭击，而袭击他的少年竟然有着写轮眼。收到佐助的讯息后鸣人知道这次事件的严重性，他和佐助约定了见面的地点后立即出发，碰巧听到的佐良娜打算跟过去。佐良娜和悲剧女主综合症发作的蝶蝶一起追赶鸣人，在途中她们遭到了攻击，袭击她们的正是佐助遇到过的写轮眼少年。

佐良娜满怀期待来到了父亲佐助面前，但佐助却误将佐良娜当成了敌人，面对佐良娜的诸多疑问佐助却用冷漠的态度搪塞了过去，这样的结果让佐良娜失望透顶，而佐助也有着自己的难言之隐。在鸣人安慰佐良娜时拥有写轮眼的敌人出现了，自称宇智波信的敌人扬言要复活晓，在鸣人和佐助联手御敌的时候小樱也赶了过来。

自称宇智波信的敌人左臂里埋入了复数的写轮眼，这让鸣人和佐助联想到了大蛇丸，为了救回小樱他们决定前往大蛇丸的基地。在大蛇丸的基地里佐良娜看到了和爸爸合照的鹰小队成员，她私下询问水月关于香燐的事情，并称香燐可能是自己的亲生母亲，多事的水月拿出香燐留下的脐带样本比对DNA，没想到竟与佐良娜的DNA完全吻合。

佐助等人朝着信的巢穴前进，途中他们遭到了众多克隆体的攻击，虽是克隆体但鸣人并没打算下重手，在鸣人压制克隆体时佐助与佐良娜先行一步援助小樱。确定信没有同伙后小樱展开了攻势，在和佐助汇合后信被完全压制，所有的克隆体全部集中到了信的周围，但他们做的第一件事竟然是杀死了信，在信不知道的情况下克隆体们实施着自己的计划。

木叶村举办五影会谈来讨论如何应对辉夜所提防的强大敌人，同时带出现今的年轻人缺乏实力和心理的根本性问题。博人尝试突破比平时更加森严的戒备，在火影岩上大肆涂鸦；而刚开启写轮眼的佐良娜确立自己的新目标“成为火影！”，为此更加努力修行。二人为此争执，并互相看不上对方。当五影目睹博人敢于在鸣人火影岩涂鸦的“壮举”后，突然间消除之前的担心，开始对未来充满希望。

忍者学校为博人一行人安排一次修学旅行，集体前往水之国的雾隐村，博人他们在四代水影枸橘矢仓的孙子枸橘神乐的带领下参观村子。博人他们所见的是充满活力的现代化村子，根本无法想像这里曾经被称为让孩子互相残杀的“血雾之里”。但神乐心中却似乎在思考着什么，博人一行人也与一些当地人发生冲突。

博人一行人在神乐的带领下四处参观。在忍者学校里，他们见识到雾忍者村极为高超的剑术。博人和神乐互相比试剑术，但是在一个照面下便败下阵来。在海滨时，博人提起了雾忍者村如何热情好客、村子环境也绝佳，神乐则暗暗感叹不能让这里变回血雾之村。在纪念公园他们被蜂谷钓丝等人挑衅，虽然后者惨败，但却在夜间绑架电气，意图引诱博人出来，想要让木叶见识一下“血雾之里”的办事风格，并看神乐如何收手。

博人一行人与钓丝之间团战，在神乐的帮助下救回电气。随后，神乐与博人等人一同玩牌类游戏“忍者比拼”，在于众人相处的过程中逐渐摆脱自己作为“矢仓孙子”的阴影。

第七班被强制要求离开重吾后，进入丛林寻找堇的下落，堇也在和鵺一同寻找山葵、泪的线索。第七班在听到一声巨响之后沿声音走去，见到重吾的两个同伴香磷和水月，而水月同时不慎伤害到堇和她的通灵兽。水月两人得知详情之后，决定等待堇苏醒再前去救助重吾。堇清醒之后向众人解释第十五班受袭的过程，佐良娜也感觉到之前的川之国调查人员的阴谋。而两个戴着颈圈借以控制咒印化的忍者在天黑之后继续寻找堇，也即将落入香磷的陷阱。堇找到山葵和泪，但三人也同时面对一场战斗。博人和水月见到鸟坂后也诉说事由，两人刚准备给重吾解绑，却被鸟坂从身后偷袭注射镇定剂制伏；其身为这场咒印事件的主谋。

鸟坂将水月和博人制伏之后，揭露自己真正目的是为获取重吾身上的咒印，透过即将迁徙的鸟群借以大范围扩散。水月在鸟坂解释其计划时打算解开重吾身上的锁带，却被进入房间的调查员识破。佐良娜与咒印化的敌方战斗时耗尽查克拉也未能取胜，香磷及时使出查克拉锁链暂时困住对方行动，同时给予佐良娜补充查克拉，也使得她拥有足够的力量将对方击倒。第十五班在山葵和泪的体力恢复后仍无法战胜对方，暂时勉强撤退。三人商讨之后决定让鵺汲取他们的查克拉，最终凭借鵺的力量将敌方击败。鸟坂给重吾注射新的药剂，使得重吾接近咒印化暴走，而鸟坂也在自己身上实现咒印化，变成所期望的最强人体兵器。

鸣人在挑选好能保护守鹤免受大筒木袭击的安全地点前，将守鹤连同茶釜带回家看管，而守鹤刚进门就被向日葵当成可爱的玩偶。经过鸣人跟其他尾兽商讨是否要一同加入庇护后，守鹤由于跟九喇嘛关系恶劣，但偶然偷听到向日葵曾经用柔拳将鸣人连同九喇嘛打昏一整天。守鹤决定以此跃跃欲试，在隔天假装亲近向日葵来引诱她出手，但后来得知她已不记得事情经过而失望。守鹤便躲回茶釜睡觉，但不久后险些被垃圾工人当成废铁锅回收。找不到守鹤而情绪激动的向日葵，再次开白眼找出并救下守鹤。当晚，守鹤即使没达到目的，但也看出九喇嘛一直待在鸣人体内是为了“守护这一家人”。最后，鸣人确定好安全地点后带守鹤离开家，守鹤最后摇尾巴向博人和向日葵道别，暗示他已经消除对人类的芥蒂。

博人一早准备找佐助修炼，雏田不由得提起鸣人小时候找其师父自来也修炼，博人的好奇心也放在从未听过的自来也身上。博人和佐良娜一齐踏上寻求自来也所著小说《亲热天堂》系列作品的一天，分别碰到志乃、牙和丁次，但几乎每人都刻意转移话题，称呼这本书对他们来讲“还太早”。一天搜寻一无所获，博人和佐良娜只能作罢。回到演习场，博人从佐助口中得知鸣人和自来也之间亦师亦父的关系。当晚，电视里播放本地考古团队在海中寻找到疑似来自古代遗迹的神秘物件，而鹿丸向鸣人汇报消息，大筒木浦式正在火之国境内四处搜刮查克拉。

小蝶和井野新结识曾是云隐逃犯、如今被赦免而在木叶村经营拉面店的熊野金吾，得知他为了改善店面冷清的问题而决定想出一个全新食谱。但金吾当天取材时撞见一伙逃亡中的盗贼团，无意间捡走对方盗取的重要记忆卡，导致盗贼团回去向他索要。小蝶和井野新协助鹿太将盗贼团逮捕归案，而金吾靠猪鹿蝶的合作、以及小蝶爱吃的不同口味薯片，萌发出加进不同味精及不同香料调味的“顶级食谱”，纵使他成功将店面推向杂志而一举成名，取名为“猪鹿蝶拉面”。