ボルトにしか見えない歪んだチャクラの影に操られ、急に暴れ出した人々――　はじめはアカデミーの周辺だけで起こっていた異変が、徐々に里中に広がり始めていた――。

そんなある晩ボルトは、謎の人物から不思議な瞳術（どうじゅつ）を与えられる夢を見る。それにより、母・ヒナタの家系、日向（ひゅうが）一族特有の能力である血継限界（けっけいげんかい）“白眼（びゃくがん）”が覚醒したと騒ぐボルトだが、父・ナルトは信じてくれない。そこでボルトは、日向家の祖父・ヒアシに話を聞きに行く。

ボルトの妹・ヒマワリがカゼを引き、ドタバタするうずまき家。そういえば前にもヒマワリのせいで大変なときがあった……と、ボルトは思い出す――。　それは、父・ナルトの火影就任式の日。その日ヒマワリは白眼を覚醒させ、ボルトとナルトは死ぬ思いをしたのだった……。　そして――　火影になったその日から、父はあまり家に帰って来なくなった。今、妹のヒマワリがカゼで苦しんでいるというのに、父親であるナルトは帰って来ない。父への怒りがこみ上げてくるボルトだが――。