入学式当日に騒ぎを起こし、謹慎していたボルトがアカデミーに初登校した。だが、里の英雄と名高い七代目火影の息子でありながら、いきなり謹慎処分を受けたボルトにクラスメイトの目は冷たい。　そんな中ボルトはクラスメイトのひとり、結乃（ゆいの）イワベエにケンカを売られる。イワベエは優れた戦闘センスを持ちながら、素行の悪さが原因で留年した年上の生徒だった。最初のうちは何を言われても相手にしないでいたボルト。だが、勇気を振り絞って仲裁に入ったデンキにイワベエが殴りかかったのを見て……。

ボルトが、父や祖父が見守る中、叔母のハナビと手合わせすることになった。父に認めてもらうため果敢に戦うボルト。だが、どんなにがんばっても白眼を発動させることができず、覚醒した形跡もないことがわかる。これまで見えていた歪んだチャクラのような影はすべて錯覚だったのではないかと思い始めたボルトは、認めてもらうどころか、ウソをついたと思われるのではないかと気を落とす。そんな中ボルトは、またしても怪しい影に操られた人を見かけ……。