Boruto sostiene un combate con un hombre llamado Kawaki en el área del monumento de los Hokage. Ahí, este último declara que la era shinobi ha terminado. Boruto activa su ojo derecho y, preparando su contraataque, afirma que él es un shinobi; Konoha ha sido destruida. Años antes de ese evento, Boruto y Shikadai viajan en el techo de un vagón de tren mientras toman su almuerzo, este último le recuerda que mañana es el día de su ceremonia de ingreso a la Academia, sin embargo, a Boruto no le importa pues solo piensa como avergonzar a Naruto. El pequeño Uzumaki ve a un niño, Denki, siendo intimidado y lo defiende, luego ambos hablan sobre sus padres; Denki revela que su padre es un empresario multimillonario responsable del sistema de trenes en Konoha. Boruto le anima a enfrentarse a su padre y defender lo que a el le gusta. Boruto regresa a casa con su madre y su hermana, pero no está sorprendido de que Naruto no esté en casa. Mientras tanto, Denki intenta defenderse, pero su padre lo rechaza, diciéndole que ganará su aprobación al ser fuerte. A la mañana siguiente, Boruto llega tarde a la ceremonia y ve a Denki maipulado por un aura maligna. Denki atrae a quienes le intimidaron a un defectuoso vagón de tren al que lo envía a colisionar contra otro vagón en el mismo estado, esto con la intención de asustarlos. Boruto interviene y hace recapacitar a Denki, logrando evitar la colisión; mientras el aura maligna le abandona. Sin embargo, el tren termina chocando contra el rostro de piedra de Naruto que ha sido esculpido en el monumento de los Hokage. Ambos se hacen amigos y asisten a la academia el día siguiente.

Mitsuki revela a Boruto que la culpable es Sumire, al mismo tiempo, un grupo liderado por Sai investiga las ruinas del hogar de Tanuki Shigaraki, superviviente de raíz, ahí por medio de una fotografía comprende que se trata del padre de Sumire. La situación es abordada por Naruto, Shikamaru y Kakashi en el despacho del Hokage. Sai y su grupo acorralan a Sumire en el parque Senju, sin embargo esta logra invocar a Núe; Boruto no cree del todo en los argumentos de Mitsuki y quiere comprobar que se trata de Sumire, mientras tanto, el humano sintético recibe la orden de eliminarla por lo que alcanza al Boruto y le detiene utilizando un clon de serpiente, el Uzumaki se libera con sus clones de sombra y a través de su döjutsu conoce la ubicación de la delegada. Una barrera es formada para controlar a la bestia, Naruto opta por hacerle frente pero es detenido por Kakashi, Sai le comenta que la criatura absorbe chakra y sería imparable si se apodera de las reservas del séptimo por otra parte, el sexto dice que tal invocación tiene el propósito de convertirse en una bomba luego de haberse infiltrado en la aldea enemiga. Mitsuki localiza a Sumire, el combate da inicio pero ella no esta a su nivel; Boruto comprueba los deseos de venganza de la delegada, Mitsuki arremete nuevamente en contra de Sumire mientras el Uzumaki se interpone entre sus ataques, su döjutsu se activa y emite una serie de rayos que les envuelve, mientras, la bestia desaparece por medio de un ninjutsu espacio-tiempo y es trasladada sobre Sumire, Boruto y Mitsuki, la delegada pide a la bestia que absorba su chakra por lo que la cubre totalmente con una de sus colas, mientras la traslada a otra dimensión, ambos la siguen antes que el portal se cierre.

Konoha es la cede de una cumbre en la que participan los Cinco Kages, durante su desarrollo, una vez más, Boruto intenta vandalizar la roca Hokage. Sarada y Sakura colocan en su hogar una foto familiar recién tomada. Con su Sharingan desbloqueado, Sarada entrena con Chōchō para convertirse en Hokage, la Uchiha sigue el consejo de su madre, por lo que de momento planea mantener en secreto su nueva habilidad ocular para evitar ser blanco de ataques. Konohamaru explica a Sarada las características del sharingan y le dice que ahora es su rival para convertirse en Hokage. Durante la cumbre, Naruto revela que Sasuke ha estado usando su rinnegan para investigar otros mundos y teme que uno de ellos albergue peligrosas amenazas, incluso más grande que la de Kaguya. Mientras, los otros Kages expresan su preocupación de que la nueva generación de ninjas no tenga el nivel suficiente para derrotar esas amenazas, Por el contrario, Gaara y Naruto creen que la nueva generación logrará superarlos.

Boruto's quick thinking exposes Urashiki's trick that enables him to see into the future and they manage to inflict some damage. But before they can breathe a sigh of relief, Urashiki emerges again with an even stronger move, and they're back in the same predicament!

Boruto and Sarada convalesce at the Leaf Hospital while Mitsuki returns to Orochimaru's for treatment. For Boruto and Sarada, their inability to fight back against Deepa turns from frustration to resolve. Meanwhile, Konohamaru gives the Hokage his report regarding the incident, and in order to investigate the connection with the Kara more thoroughly, he asks that he be allowed to conduct surveillance on Victor's company.

Amid a fierce battle, Kawaki’s fears come true, and Momoshiki takes control of Boruto. Kawaki watches as Boruto overwhelms Code as Momoshiki. Then Naruto arrives with Shikamaru. Kawaki is concerned for Naruto’s safety as one of Code’s targets, but despite his wishes, Naruto takes on Code as the Hokage. Unfortunately, Code takes Shikamaru hostage, and in his desire to settle his grudge, Momoshiki joins him. Naruto faces an extremely dangerous situation.