自分にだけ見える謎の影に“ゴースト”と名づけたボルトは、仲のよいシカダイやミツキと協力して“ゴースト事件”を解決しようと張り切る。そんなボルトを陰ながら応援しようと、シノが授業の一環として各自興味のある職場を見学するよう指示。ボルトは、シカダイ、ミツキとともに郵便配達員の仕事を間近で見学しながら里中を見回ることにする。

一方、かつて、特殊部隊“暗部（あんぶ）”の“根（ね）”に所属していたことがあるサイは、火影の命令で同じ事件を調べていたが、調査中にある重大な発見をする。

職場見学中にゴースト事件に巻き込まれ、スミレや、一緒にいた伊豆野（いずの）わさび、雀野（すずめの）なみだがケガを負った。自分ならば未然に防げたかもしれないと悔やむボルトは、何としても事件を解決しようとあらためて決意する。職場見学を通して親しくなった郵便配達員のクロヤギ・タヨリにも協力してもらい、シカダイやミツキとともに今まで以上に注意深く里中を見回るボルト。そんな中、ボルトが何気なく言った一言から、シカダイとミツキがひとつの可能性に気づく。

母・サクラにかわり、サラダが入院中の女の子にお気に入りのぬいぐるみを届けることになった。ところがうっかりして、“雷車（らいしゃ）”の中にぬいぐるみの包みを忘れてしまい慌てて追いかけることに。雷車の座席ではなく屋根に乗って移動するボルトたちをバカにしていたにもかかわらず、自分自身が雷車の屋根に登ったりぬいぐるみを追いかけて必死で里の中を駆け回るハメになるサラダ。そんなサラダを見かけたチョウチョウの助言で遺失物センターを訪れたサラダは、無事に包みを受け取るのだが……。

“火影岩（ほかげいわ）”にイタズラし、父親に追い掛け回されるボルトを見てあきれるサラダ。しかしそんなボルトを見てサラダは、物心ついたときから会ったことのない父・サスケのことを思い寂しくなる。母のサクラに話を聞いても何も答えてもらえずつい反抗的な態度をとってしまうのだが、そんな中、父・サスケと写るメガネをかけた若い女性の写真を見たサラダは、ある疑惑に駆られ真相を確かめてみたくなる。　――うちはサラダ出生の秘密が明かされる!?

父・サスケのいる“峠塔（とうげとう）”にたどり着いたサラダは、はやる気持ちをおさえながら塔の中へと入ってゆく。ところが、やっと出会えた父の思いもよらない行動と言葉に深く傷つく。父と娘の気まずい様子に耐え切れないナルトとチョウチョウは、何とかしたいと考えるのだが……。　そんな中、一同は、互いに “うちはシン”と名乗る写輪眼の父子に襲われる！

一方、サラダが父親に会いに行ったと聞き、娘のことを心配するサクラは……？

会談のため木ノ葉隠れの里に、忍五大国にある忍者の里の長たち“五影（ごかげ）”が集まることになり里は大賑わい。そんな中ボルトは、いつもよりも厳重な警戒をかいくぐって、火影岩への落書きを成功させようと考える。一方サラダは「火影になる！」という新たな目標を決め、一層修業に励んでいた。ボルトはそんなサラダをバカにするが……。

だが――　平和な里の様子とは裏腹に、五影たちには、かつて世界を巻き込んだ“第四次忍界大戦（だいよじ　にんかいたいせん）”を陰で操っていたとされる者、“大筒木（おおつつき）カグヤ”に関して、サスケが手にいれた情報を極秘に検討する必要があり……。

長十郎の案内で、ボルトとサラダが「新・忍刀七人衆」を名乗る屍澄真たちのもとにたどり着いた。だが屍澄真の術“紅霧結界（こうむけっかい）”が作り出す濃霧によって視界はさえぎられ、三人は分断されてしまう。それぞれが違う相手と戦わなければならない状況の中、サラダは“雷刀・牙（らいとう・きば）”を手にした女忍者・黒鋤文淡（くろすき　ブンタン）と戦うことになる。たちこめる霧の中、写輪眼を駆使するサラダ。だが思った以上に手ごわい相手に苦しめられる。何とかしたいサラダは、とっさに思いついた反撃の策に出る！　一方ボルトの前にはかぐらが現れ――。

修学旅行が終わり、ボルトたちが木ノ葉隠れの里へ帰る日が来た。水影である長十郎も見送りに訪れるが、そこにかぐらの姿はない――。

霧隠れからの長旅を終え、無事、我が家に帰り着きほっとするボルト。ところがボルトが帰ってきてからずっと、妹のヒマワリの様子がおかしい。実はヒマワリは、兄から約束のおみやげをもらうことを楽しみにしていたのだが、ボルトはそのことをすっかり忘れていた！　焦ったボルトは正直に話してヒマワリに許してもらおうとするが、なぜか言いそびれてしまいますますピンチに！　追いつめられたボルトは、何とかしておみやげを用意しようと奔走するが……。

晴れて見習い忍者・“下忍（げにん）”としての第一歩を踏み出したボルトたちは、まず、任務を行うための基本チーム“三人一組（スルーマンセル）”の班を組むことになる。班分けはそれぞれの能力や相性によって行われるが、仲のよいシカダイと一緒の班を望んでいたボルトの期待ははずれ、シカダイは、いのじんやチョウチョウとともに父や母と同じ“猪鹿蝶（いのしかちょう）”トリオを組むことに。一方ボルトのチームメイトはサラダとミツキになる。これに不満を持つボルトとサラダは、唯一この決定を覆す救済措置“火影に直接、直訴状を手渡す”という方法に打って出る。

木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里で、最近世間を騒がせている“白夜団（びゃくやだん）”の仕業と思われる事件が起こった。白夜団は金持ちから金銭や金目のものを盗み、困っている人々に配る“義賊”としてあちこちの里を荒らしまわっている盗賊団。義賊と言っても他人からものを盗み、ときには関係のない人々まで巻き込む彼らに嫌悪感を抱くボルトは、友達のシカダイに同意を求めるが、シカダイはボルトの言うことに「善悪で計れないこともあるんじゃないか」と答える。　一方、事件現場で奇妙なものを見つけたサラダは、犯人の手がかりをつかもうと考え……。

里がデモで混乱する中、新たな技術を用いた忍者の道具“科学忍具（かがくにんぐ）”の研究と開発をしている遠野（とおの）カタスケの研究所が白夜団に襲われる。白夜団はカタスケから、開発中の科学忍具を強奪して逃走。白夜団の狙いにいち早く気づいたシカダイと、シカダイを追ってきたボルトは、逃走中の白夜団を追い詰め、頭（かしら）のゲッコウに攻撃を仕掛けるが、そのとき!?

たとえ弱い“駒”でも、やり方ひとつで強い“駒”と互角になれる――　“将棋”がつないだ“友”同士が目指すのは――？

何とか二次試験をクリアしたボルトは、いつも忙しい父がわざわざ家に帰り、祝いの言葉をかけてくれたことがうれしくて仕方ない。　そしていよいよ三次試験。この試験は個人戦で、受験生ひとりひとりが日頃の修業の成果を見せるべく、トーナメント制で戦うことになる。　トーナメント表が発表され、ボルトの１回戦の相手は雲隠れのユルイ、シカダイはいつもイヤホンで音楽を聞いている砂隠れのヨドと、サラダ、ミツキは雲隠れのタルイとトロイ、そしていのじんとチョウチョウは、砂隠れのアラヤ、シンキとそれぞれ対戦することになる。

術と策を駆使した“忍（しのび）”同士の熱い戦いが始まる!!

チョウチョウVS砂隠れのシンキの試合が始まった。下忍とは思えない落ち着きと怖さを持つシンキを相手に、珍しく本気を見せるチョウチョウの戦いを見守る仲間たち。その中には、１回戦を勝ち、次の試合で戦うことになるボルトとシカダイもいた。　ボルトとシカダイ――　これまでいろいろな事件で力を合わせ、窮地を乗り切ってきた親友のふたりが、初めて真剣勝負でぶつかり合うときが近づく――。

シカダイたち猪鹿蝶（いのしかちょう）トリオの紅一点チョウチョウは、秋道（あきみち）一族ならば当たり前のぽっちゃり体型でおいしいものが大好き。　とはいえチョウチョウもお年頃、そろそろイケメンの彼氏が欲しいし、やっぱり体型も気になるところ。

そんな中、猪鹿蝶トリオの第十班（だいじっぱん）と、ボルトたち第七班に「何者かから“殺人予告”をされた人気ドラマの主演俳優トマルと、恋人役の女優アシナを共同で護衛する」という任務が言い渡され、両班が詳しい任務の内容を聞くため集まった。ボルトはその中に見覚えのない美少女を見つけるが……!?

ドラマの撮影中、先日のガスマスク姿の忍者がまたもや現れ、トマルを連れ去り身代金を要求してきた。いろいろあったものの、トマルのことが心配でたまらないチョウチョウは、上忍（じょうにん）の木ノ葉丸（このはまる）やモエギがいたにもかかわらずの失態にイラ立つ。　一方、犯人の指示により女優のアシナが身代金の受け渡し役を引き受ける中、ボルトとシカダイは、この事件に何か解せないものを感じる。

大筒木（おおつつき）一族の襲撃後はじめての“五影会談（ごかげ　かいだん）”が“木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里”で行われることになり、現“五影”のほかに、先代の“影（かげ）”たちも集まった。ところが会談に出席予定の先代、三代目土影（つちかげ）・オオノキが現れず、オオノキぬきで会議は始まる。　その頃ボルトたち第七班はほかの忍者とともに、会談中の警備任務に招集されていたが、退屈な任務にボルトの緊張感はゆるみっぱなし。そんなボルトとサラダにミツキはふとある疑問を投げかけるのだが……？　そんな中ボルトたちは、偶然オオノキと出会う。

自分を連れ帰ろうとするボルトたちと一緒に里には帰らず、ミツキはそのままコクヨウたちと行動をともにする。　そんな中セキエイのからだの具合が悪くなり、その症状は悪化して行く。苦しむセキエイを助けるため、コクヨウが仲間のところに行っている間、ミツキに「人間について教えてほしい」と言うセキエイ。　ミツキはそんなセキエイに人間についていろいろな話をする。

その頃、体調を崩した祖父、オオノキを見舞った四代目土影・黒ツチ（くろつち）は、謎の人物たちの襲撃を受ける。

結界から抜け出すため、必死で心の石を探すボルトだが、石はなかなか見つからない。そこに、先日の中忍試験（ちゅうにん　しけん）に来ていた岩隠れの下忍（げにん）“玄武三人衆（げんぶ　さんにんしゅう）”のひとり、セッキが現れた。セッキはかわいがってくれた祖母の思いに報いるため、自分自身の心の石を探そうと修業場を訪れていたが、こちらも石を見つけられずにいた。オオノキはそんなふたりに協力して石を探させようとする。

一方、自分たちではどうにもできない問題を抱える空たちのもとに、その問題を解決する方法がもたらされるが、それは……？

ボルトたちの前に、再び空が現れた。　何があってもミツキを信じようとするボルトをあざ笑い挑発した空は、ボルトに攻撃を仕掛けようとするが、それを止めたのは!?

その頃オオノキは、難を逃れたセッキの助けを借りながら、何とかして空のもとへとたどり着こうとしていた。　自分自身の本当の意志のありかを見つめ直したオオノキが、空をこれ以上暴走させないために、決死の戦いを覚悟する。

“火の国（ひ　の　くに）”のはずれにある村で、村人が凶暴化した鳥に襲われる事件が起き、ボルトたち第七班とスミレたち第十五班が「鳥獣被害の調査と解決」という任務に、共同でつくことになった。だが鳥類の専門家でもないボルトたちには、鳥たちの身に何が起きているのかわかるわけもない。そんなボルトたちの協力者として鳥類学者のトサカが招かれ、早速トサカとともに村に向かう。ところがその途中でボルトたちは異様な姿のバケモノと遭遇することになる。

呪印の力を活性化する薬の影響に苦しむ重吾を何とかして助けたいボルトと水月だが、鎮静剤を盛られたせいで思うように動くことができない。そんな中、渡り鳥の旅立ちのときが訪れ、呪印の力を宿した鳥たちが各地に向けて飛び立とうとしていた。このままでは広範囲に呪印の被害が広がってしまう！　焦るボルトたちだがその数はあまりにも多い。そしてついに、重吾が完全なバケモノと化し――。

果たしてボルトたちは、重吾の暴走を止め、鳥たちと人々を呪印の脅威から守ることができるのか!?

木ノ葉丸の従妹、猿飛（さるとび）ミライが、先代である六代目火影カカシとその友人でライバルのガイを護衛して温泉地を巡ることになった。母の紅（くれない）や亡くなった父アスマと同じく“忍者”になったものの、平和な世の中ではあまり活躍の場もないと考えていたミライだが、この任務が七代目火影ナルトからじきじきに指示されたものであり、護衛対象が里の“英雄”であることから、表向きは慰安旅行と見せかけた重要な任務であると推測。この任務で“忍者”として功績をあげようと張り切る。

護衛対象のカカシとガイに断りもなく、任務の途中でタツミと宿を出たミライは、たどり着いた温泉で、「亡くなった人に会いたい！」と願う少女たちと出会う。彼女たちとともに、“死者を蘇らせる術”を会得したという龍奇（リュウキ）と対面したミライは、立ち込める湯煙の中、一度も会ったことのない父アスマの姿を見た気がするが、どことなく違和感を覚える。　実は龍奇はアスマと因縁のある“ジャシン教”を信じており、そのためにアスマの血を引くミライの命を狙っていた。　ミライは迫り来る魔の手を逃れ、無事、護衛任務に復帰することができるのか!?

中忍試験の折、サスケの弟子になったボルトだったが、留守がちでなかなか修業をつけてくれない師匠の帰りを待ちわびていた。そんなとき里にサスケから伝言が届く。こっそり内容を盗み聞きしたボルトは、サスケが“風の国（かぜ　の　くに）”のとある場所に立ち寄ることを知り、何とかして修業をつけてもらうため、内緒で里を飛び出す。ところがさまざまなアクシデントが重なってなかなか目的地にたどり着けない。このままではまたサスケはどこかに旅立ってしまう！　果たして、ボルトは師匠に会えるのか!?

サスケのもとにたどり着いたボルトの目の前で、大筒木一族のウラシキが使う不思議な力によってサスケの姿が消えた。サスケは、風影・我愛羅（かぜかげ・ガアラ）やその養子シンキらとともに、一尾（いちび）の尾獣“守鶴（しゅかく）”が秘める膨大なチャクラを狙うウラシキと戦っている最中だった。そんな中、我愛羅が“封印術（ふういんじゅつ）”でウラシキの動きを止めることに成功。だが術が解けるのは時間の問題と思われた。そこで我愛羅は、シンキに、ボルトとともにナルトがいる木ノ葉隠れの里へ行き、守鶴をかくまってもらうよう命ずる。　衝動的に突っ走るボルトと、合理性を重視する冷静なシンキ。性格がまったく合わないふたりが自分たちに課せられた役目を果たすため旅立つ！

尾獣のチャクラを狙うウラシキが木ノ葉隠れの里を襲撃。度重なる戦いによって多くの忍者がチャクラを奪われ戦闘不能に陥った。下忍たちにもウラシキの襲撃に対抗するための任務が与えられるが、つい先日ウラシキと接触し命を狙われたボルトには任務に出る許可は下りない。悔しいボルトは火影である父のナルトと言い争いになるが、そんな中、ウラシキを発見したとの報が入り、里の忍者がそろって追跡を開始。だがなぜかウラシキはこれを見てほくそ笑む。

“九尾”のチャクラを狙うウラシキから少年のナルトを守るため、再び激闘を繰り広げるボルト、サスケ、自来也。だが四人は、「未来を見通せる」と豪語し、どんな攻撃でも見切ってしまうウラシキに追い詰められることになる。そんな中、身を呈してナルトを守ったサスケのおかげでボルトたちは辛くもウラシキから逃れるが、そのままサスケの行方がわからなくなってしまう。そのサスケを偶然見つけて助けたのは、サスケの手がかりを探す少女のサクラだった。

“草隠れ（くさがくれ）の里”が管理する脱獄困難な刑務所“鬼灯城（ほおずきじょう）”。　この“鬼灯城”に、何とボルトとミツキが送られることになった。ふたりはそこで凶悪な盗賊集団“狢（ムジナ）強盗団”を裏切って逃げ出した元メンバーのコクリと接触し、彼を“狢”の刺客から守る任務につくことになる。サラダも正体を隠してあとから合流。第七班による護衛任務が始まった。

罪人だらけの監獄で、ボルトたちは無事に任務を成功させることができるのか!?

コクリが“第二鬼灯城”に移送されることが決まってしまった。このままコクリが移送されれば護衛任務ができなくなると考えたボルトたちは、その前にコクリを連れて脱獄しようと計画を立てる。だが成功させるためにはいくつかの条件をそろえる必要があり、サラダを交えて方法を話し合うことにする。ところがその様子をボルトたちと同房のケダマに見られてしまう。　ケダマはかつて仲間を“売った”と言われており、密告されれば脱獄前に第七班は窮地に陥ることになるが……!?

Boruto and Team 7 are tasked with a mission to find a missing researcher of a medical equipment company in a distant nation. Mugino, a jonin who has a keen sense of location, comes on board to guide and assist Team 7. Without wasting any time, Boruto and the team start their mission with Mugino.

The Hashirama Cell was extracted from the body of the First Hokage Senju Hashirama, and depending on how it is handled, its power to stimulate life energy to explosive proportions makes it extremely dangerous. Boruto and the others learn that the cell is in the hands of a wealthy individual who lives in Fushuu Castle, and plan on retrieving it. But there are others who are after it as well.

Boruto and Sarada convalesce at the Leaf Hospital while Mitsuki returns to Orochimaru's for treatment. For Boruto and Sarada, their inability to fight back against Deepa turns from frustration to resolve. Meanwhile, Konohamaru gives the Hokage his report regarding the incident, and in order to investigate the connection with the Kara more thoroughly, he asks that he be allowed to conduct surveillance on Victor's company.

Konohamaru and Mugino continue keeping their eye on Victor's company. They receive intel that the Feudal Lord of the Land of Valleys will be touring the company, giving them the opportunity to check the inner reaches of the secretive facility. Meanwhile, Boruto and Sarada complete their training and visit the woman who requested their previous mission.

Konohamaru and his teammates report their findings that the Kara receives outside assistance from people called Outers, and that these Outers may have covertly infiltrated the Five Great Shinobi Nations. Though Naruto feels that, as Hokage, he is responsible for protecting the village, he is unable to decide on a course of action.

Son of Naruto Uzumaki, Boruto, follows his father's footsteps along with his friends to become great ninja. Throughout all their adventures, Boruto is determined to make his mark in the ninja world and live outside of his father's shadow.

Wounded and hungry, Kawaki escapes from the tech lab and makes his way to a nearby town to find food. Sumire tracks him down, believing she can help him. Meanwhile, Naruto begins making his way to the area to meet with Kawaki himself.

Kawaki collapses and is tormented by nightmares from his childhood. As a child, Kawaki endured an abusive father, until one day a man appeared before him— none other than Jigen, the leader of Kara.

Using the Transportation Technique, Sasuke arrives at a strange location that is covered with mysterious inscriptions. There he finds many surprising things about the Otsutsuki Clan. Meanwhile, Boro, one of the leaders of the Kara, has been using his mysterious powers publicly to heal the sick. He tells the people who have gathered that he has a way for everyone to achieve happiness.

Kawaki begins to worry that his presence is endangering everyone in the Leaf Village. Just as he makes the decision to leave, he notices Himawari acting strange.

Amado reveals to Naruto and the others the knowledge that he possesses regarding Jigen, the Otsutsuki Clan, and Karma. Meanwhile, Koji Kashin confronts Jigen, and Amado's plan to eliminate him is revealed.

Boruto opens a portal and transports Isshiki and himself to another dimension. Naruto and Sasuke follow them, and the final battle against Isshiki begins.

Naruto and Sasuke are greatly overwhelmed by Isshiki's abilities. As a last resort, Kurama offers Naruto a chakra mode called Baryon Mode, which grants him immense power. The intensity of this power, however, could end his life.

イッシキとの戦いで疲弊したナルトたちの前で、突然ボルトがサスケを攻撃。モモシキに意識を乗っ取られたボルトが敵として立ちはだかった。ボルトの意識を取り戻そうと必死で呼びかけるカワキ。しかしその声は届かない。そんな中サスケから、ボルトの意識を取り戻すための方法を告げられたカワキは、ボルトを救うべく、覚えたての忍術を使った一か八かの策に出る！　そんなカワキたちの死闘を横目に、ついに力尽きたナルトは、朦朧とする意識の中、九喇嘛とともに静かに昔の思い出について語り合っていた――。

Those with a Karma gradually lose control of their minds and bodies as they undergo Otsutsukification. Naruto convenes a Five Kage Summit to discuss what they should do about Boruto’s condition, as well as Cord, one of the leaders of Kara.

カワキを加えた“新生第七班”が、“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務につくことになった。アカデミーの修学旅行以来の水の国訪問ということで、そのとき友達になった“霧隠れ（きりがくれ）の里”の忍者・枸橘（からたち）かぐらと会うことが楽しみなボルト。そのかぐらは現在、最新鋭設備を備えた刑務所で所長をしており、ボルトは任務の合間を縫って早速かぐらに会いに行くことにする。　だが、華やかな式典の影で、水の国に恨みを持つとある一族が密かに動き始めていた。

水の国で行われている式典の最中、飛行船が爆破される事件が発生した。事件のことを知り急ぎ現場へ向かおうとするボルトだが、そのとき突然、訪問中の刑務所を何者かが襲撃。ボルトは所長のかぐらとともに敵を迎え撃つことになる。 修学旅行以来の久々の再会で共闘することになったボルトとかぐら。ふたりは収監中の海賊集団の長・舟戸（ふなと）アラウミの脱獄という敵のもくろみを阻止できるのか!?

テンマの移動要塞を破壊したボルトたちへの報復のため、海賊たちが造船所の島に上陸。ボルトやかぐらたち忍者と海賊の戦いが始まった。　霧隠れの里との交渉材料のためにかぐらを生け捕りにしようと襲い掛かる舟戸一族配下のフナムシ。かぐらは六代目水影（みずかげ）・長十郎（ちょうじゅうろう）から預かった“双刀（そうとう）・ヒラメカレイ”で応戦するもフナムシは手ごわい。　一方、ボルトの前には青煉が現れ、執拗な攻撃でボルトを苦しめる。追い詰められたボルトはこのピンチを切り抜けることができるのか!?

Ikada returns home after learning that his sister has been severely injured in battle. He spends the next few days looking after her and is visited by Funamushi’s son Kobuna. Kobuna asks Ikada if he will join the fight. Ikada tells him that he is not suited for battle. Despite his feelings, his father Araumi and the other members of the Funato Clan are annoyed that he isn’t joining the fight.

連絡用の鷹を手に入れようとするサスケとともにボルトが鷹の訓練士のところにやって来た。ボルトたちはそこで、珍しい動物を売りさばいて金儲けをしている人物がいるという話を聞き、その人物について調べてみることにする。そんな中ボルトは、動物好きな少年、舌切（したきり）ツヅラと出会い仲良くなるのだが、ツヅラは母の方針で学校にも行かず、本当にやりたいこともあきらめてしまっていた。そんなツヅラはケガで飛べなくなった一羽の鷹だけを友達にしており、この鷹が再び大空を飛べるように大切に世話をしていた。

ボルトが仲良くなった動物好きの少年ツヅラがかわいがっていた鷹が、突然人手に渡ることになった。まだケガが治りきっていない鷹を手放したくないツヅラだが、そんなツヅラにさらに衝撃的な言葉が告げられ、驚いたツヅラは大切な鷹を手放さなくてもすむよう、ひとり奮闘する。偶然この話を耳にし、ツヅラのために力になりたいと考えるボルトもまた、サスケが止めるのも聞かずに駆け出してしまう。

雷車（らいしゃ）に乗っているうちにウトウトしてしまったボルト。しばらくしてふと目覚めたボルトは、たまたま同じ雷車に乗り合わせていた乗客たちとともに見知らぬ場所にいた。突然のことに戸惑う乗客たちだが、そんな彼らが、“謎の人物”オウガによって強制的に“命がけの実験”へと参加させられることになる。

“実験”と言う名のデスゲーム!!　これを見事クリアし、無事に生還を果たすのは誰だ!?

オウガの実験により誰もが疲れ果ててゆく中、被験者のひとりがふと、自身の夢を口にしたことがきっかけとなり、ボルトたちはそれぞれ生還したあとの夢について語り合う。その場が少し和やかになったのも束の間、ボルトたちはオウガが用意した新たな実験に参加させられることとなり、さらにはお調子者の被験者がとった軽はずみな行動が原因で、全員が再び命の危機にさらされることになる。

ボルトたちがオウガの実験に強制参加させられていた頃、木ノ葉隠れの里では、いなくなったボルトの行方を探すサラダたちがある資料から怪しげな人物の存在にたどり着いていた。

一方、被験者の中にオウガの手下が紛れ込んでいる可能性があると聞いたボルトは、“手下”として名指しされたのが意外な人物であることに戸惑う。そんな中、実験とは関係なく “何者か”の手によって殺された被験者が見つかる。

再び目覚めたボルトは、なぜか最初に目覚めた場所に戻っていた。　ボルトは「何も信じるな」というかつての被験者が残した言葉を手がかりに、オウガを倒すことで実験を終わらせ、被験者たちを救い出そうとする。これまでの実験をクリアしたメンバーとともに着実にゴールへと近づいていくボルト。　その果てに待ち受けるものとは？　オウガとは一体何者なのか!? 多くの人々を巻き込んだ命がけの実験の真の目的がついに明らかになる！

ボルトたちが倒した大筒木（おおつつき）イッシキを崇拝する「殻（カラ）」の幹部・コードが、とある人物に会うため、同じく幹部だったボロの教団施設を訪れた。カワキ同様イッシキの“器（うつわ）”となる者を選別する実験で奇跡的に生き残ったコードは、リーダーだったジゲンを超える力を手に入れており、イッシキを破滅させたボルトやカワキたちへの復讐を誓っていた。一方、里のすぐ外でコードが残した痕跡、“爪痕（つめあと）”が見つかった木ノ葉隠れの里では、火影（ほかげ）たちが警戒を強める中、ボルトがカワキからある提案を持ちかけられる。

楔（カーマ）が消えたことで力を失ったカワキは、今のままでは、ナルト自身や“火影”であるナルトが大切に思っている里を守れないと焦っていた。そんなカワキの心を見透かしたように挑発的な言葉をかけるアマドにカワキは苛立ち、アマドの助手としてその場に居合わせたスミレは、アマドが何か企んでいるのではないかと不安に駆られる。

その頃、復讐のためにエイダと手を組んだコードは、エイダからもひとりの協力者としてある人物を紹介される。

コードから命を狙われる危険があることから、監視役がつくことになったボルトとカワキ。連日見張られていることにうんざりするボルトだが、そんな中、シカダイやいのじんとの会話から、監視の目と里の感知システムをかいくぐる方法を思いついたカワキは、何としてもナルトと木ノ葉隠れの里を守ろうと決意し行動を起こす。感知能力に優れたナルトや里の感知班ですらそのことに気づかない中、なぜかボルトだけが不思議な感覚によってカワキの動きを察知する。

カワキのもとにたどり着いたボルトがカワキを助け、ともにコードを倒すことを決めた。高い戦闘力を持つコードに対抗するため、カーマを発動させるボルト。これに対しコードも自身のカーマを発動。戦いは激化し、カワキはボルトが再びモモシキに意識を乗っ取られるのではないかと不安になる。一方、木ノ葉隠れの里では、誰にも気づかれず姿を消したボルトとカワキの行方を探すため、七代目火影・ナルトが、自ら捜索に向かうことを決める。

激闘の最中、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着した。カワキはコードの標的であるナルトの身を案じるが、そんな思いをよそに、ナルトは“火影”としてコードに立ち向かおうとする。ところが、シカマルを人質にとったコードにモモシキが味方をし、かつての恨みを晴らそうとしたことで、ナルトは絶体絶命の危機に立たされてしまう。

もう二度とモモシキに意識を乗っ取られないために、ある決死の覚悟を決めたボルト。一方カワキは、アマドの施術によって甦ったカーマを使いコードを追い詰めてゆく。ナルトの命を脅かすすべての者を排除するためには手段を選ばないカワキの戦いは圧倒的で、シカマルはその強大な力に戦慄し、コードは今の自身とカワキとの力の差を思い知ることになる。“兄弟”として共に様々な困難を乗り越えてきたボルトとカワキの関係にも不穏な影が漂い始める中、かつてモモシキがボルトに告げた、“すべてを奪い去る運命”のときが迫る――!!