아카데미 졸업시험을 우여곡절 끝에 통과한 보루토와 아이들.그중에서도 시카다이 반과 보루토 반은 생애 첫 임무를 하달받는다.보루토는 처음부터 어려운 임무를 맡아서 제7반의 능력을 과시하고 싶어 하지만 하급 닌자, 그것도 신참 하급 닌자는 낮은 랭크의 임무부터 차곡차곡 올라가야 한다는 말에 실망한다.하지만 임무를 가뿐히 완수해서 이른바 ′망할 아빠′에게 과시하고 싶어서 이내 의욕을 불태우는데...

다리 권리증을 끝내 넘기지 않고 버티자 아오이타니가 고용한 닌자들은 키리 촌장을 납치해 간다. 닌자들이 남긴 편지에서 지금껏 촌장이 협박에도 혼자 해결해 보려고 안간힘을 쓰다사태가 이 지경이 됐다는 걸 알게 된 마을사람들은 보루토 일행에게 촌장을 구해 달라는 의뢰를 한다.아이들의 첫 임무가 너무 막중해져 버린 탓에 아이들이 염려된 코노하마루는상대 닌자들은 자기가 맡을 테니 아이들은 틈을 봐서 촌장을 구해서 달아나라고 한다. 하지만 코노하마루는 상대방의 분신 트랩에 걸려서 옴짝달싹 못 하는 상태가 되고 아이들도 추격을 당하고 마는데...

하급 닌자로서 당찬 포부를 품고 활약을 펼치려 했지만,평화로운 시대인 만큼 아이들에게 주어지는 임무는 집 나간 고양이를 찾는 일이나벌집을 치우는 일과 취객의 싸움을 말리는 일등 시시한 것밖에 없다. 그래서 좀 더 화려한 임무를 달라며 졸라 보지만 뾰족한 수가 없다.이렇게 시시한 임무만 맡을 줄 알았다면 괜히 닌자가 됐다며 투덜대는 보루토. 그런데 사라다가 헐레벌떡 뛰어오더니 코노마하루가 긴급 소집을 지시했다고 말한다.보루토는 보나 마나 또 시시한 일이겠거니 싶어서 심드렁하지만 이번엔 인질극을 벌이는 강도 사건이라고 하자 만면에 화색이 도는데...