“第七班”としてスリーマンセルのチームを組むことになったボルト、サラダ、ミツキが、上忍の猿飛木ノ葉丸（さるとび　このはまる）の指導のもと初任務につくことになった。任務を依頼してきたのはとある村で、内容は、最近たびたび村を襲う盗賊を撃退し二度と近づけないようにすること。早速村に向かったボルトたちは、村長だった父を突然亡くし、そのあとを継いだばかりの伎璃（キリ）と、まだ若い彼女を支える側近たちと対面するが、伎璃の話からこの任務が、最初の予定よりも厳しく難しいものになることが判明する。

盗賊を装った忍者に伎璃がさらわれた。本来、下忍（げにん）であるボルトたちには他の忍者と戦うような任務は与えられないが、村人たちの依頼と木ノ葉丸の判断で、第七班は、“盗賊撃退”の任務を“伎璃の救出”に変更。初任務でいきなり強力な幻術使いや剣の使い手の忍者と戦うことになる。木ノ葉丸の指示に従い伎璃の奪還に成功するボルトたち。ところが、敵に木ノ葉丸がとらえられ、伎璃を守りながら、下忍の三人だけで戦わなければならなくなる。

初任務以来、任される任務はすべて地味で簡単なものばかりだと不満気なボルト。そんなボルトと第七班に「銀行立てこもり犯人を捕まえろ」という任務が言い渡された。久しぶりに派手に活躍できるとばかりに張り切るボルトだが、現場に駆けつけたボルトたちが目にした立てこもり犯は、最近、理不尽な理由で会社をクビになったばかりの気弱そうな男で……。　だがこの事件に、ある組織が絡んでいる可能性が浮上する――！