「ディスク」とは凶悪なヴィランの捕獲用に開発された正義のガジェット。開発者アカツキ博士の息子アキラとヒカルやその他招待客が見守る中、NYでディスクの完成披露式典が開催され、アイアンマン、ソー、キャプテン・アメリカ、ハルク、ワスプのアベンジャーズ等ヒーロー達が参加。そこに邪悪なロキが現れ、開発陣営しか持たないはずのディスクから驚くべき数のヴィラン達を解放。ヒーロー対ヴィランの激しい戦いが今、始まる！

ディスクに閉じ込められた者を呼び出すために必要な特殊なプログラム＝バイオコード。それを狙うヴィランからアキラとヒカルを救ったのはスパイダーマンだった！一方、アイアンマン達もヴィラン群と戦い優勢を保つが、ロキがペッパー・ポッツを人質に取り、ヒーローは無抵抗を余儀なくされる。そして、式典にいる多くのヒーロー達が次々とディスクに封印されていく。正義はこのまま悪に屈してしまうのか・・・！？

ロキ率いるヴィラン群の猛攻でアイアンマンまでもがディスクの中に！しかし、体内にバイオコードをインストールされたアキラがそのディスクを地面に叩きつけ、アイアンマンを実体化！再開する激闘の中、アキラとロキが交差し、謎の次元振動が発生、無数のディスクは世界中に飛び散ってしまった。ひとまず引き上げるロキ達。そしてアイアンマンは再びディスク内に吸い込まれる。バイオコードの秘密とは一体！？

ディスクからホログラムとして姿を現すアイアンマン。S.H.I.E.L.D.（シールド）のフューリー長官と少年達の管理について議論する中、上院議員のロバートは、フューリーがロキと結託している証拠を突き付け、S.H.I.E.L.D.を活動停止に追い込む。混乱に乗じてアキラはアイアンマンをD-スマッシュしてその場を脱出、ディスクを狙い街で暴れるリザードと戦うスパイダーマンに合流する。しかし、アイアンマンの活動限界時間が刻々と迫る・・・。

アイアンマンがディスクに戻った活動停止タイミングに、アキラを襲う新たなヴィラン。ヒカルはS.H.I.E.L.D.（シールド）のエージェント・ホークアイと共に現場に向かうが、敵の猛攻から弟を守れない自分の無力を悔やむ。その姿を見たスパイダーマンはソーのディスクをヒカルに託す。ヒカルはソーをD-スマッシュし敵を一蹴。さらなる仲間を増やすべくスパイダーマンがとった行動とは？

クリスにキャプテン・アメリカのディスクを託して仲間になるよう説得するスパイダーマンに強力なヴィランが急襲！クリスはアイアンマンに救出されるが、スパイダーマンはＫＯされ、別部隊に誘拐されたエド、ジェシカと共に敵アジトに閉じ込められてしまう。一方、街にはハルクが出現し、暴走により大混乱に！「ヒーローであるはずのハルクがなぜ！？」アイアンマンやソーもハルクを止められない中、クリスが下した決断とは・・・。

暴走するハルクと対峙するキャプテン・アメリカ！だが、驚異のパワーには歯が立たない。一方、敵アジトではジェシカが奪われたディスクを奪還し、ワスプのD-スマッシュに成功、囚われたスパイダーマンを解放した。さらにディアブロの錬金術を破り、ハルクも正気に戻る。アキラ達は仲間救出のために敵アジトに向かうが、ワールウィンドが作り出した巨大竜巻が襲う！アキラとアイアンマンが提案した無謀な強行突破作戦とは・・・。

ハルクのディスクを持って敵の船を取り囲む巨大竜巻に果敢に突入するアイアンマン。しかし、その凄まじい破壊力によってアーマーはダメージを受け、意識を失ってしまう。作戦失敗と判断したキャップ達がアイアンマンの救出を提案する中、アキラが魂の叫びを投げかける。意識を取り戻したアイアンマンは何とか風の防壁を突破するが・・・。

敵のアジト船での戦いで、アベンジャーズがついに結集！その力の前にヴィラン達も次々とD-セキュアされるが、ロキの命令で船が沈められる。アベンジャーズや子供達は何とか脱出に成功するが、敵に捕らわれたスパイダーマンはまだ船内に閉じ込められたまま・・・。

アイアンマンとアキラは日本の超大物ヴィラン、シルバー・サムライの屋敷を訪れ、ロキに加担しないよう要請する。しかし、元は敵同士、シルバー・サムライは簡単には申し出を聞き入れない。それどころか、二人のパートナーとしての「覚悟」を見極めるために危険な試練を与える・・・。

つかの間の休日。クリス、ジェシカ、エドが日本の街を見物に行き、ヒカルも息抜きに外出する。ただ一人トニーの研究を手伝うために居残りとなって機嫌を損ねるアキラ。困ったトニーはアキラにブースタースケートをプレゼントする。喜ぶアキラはその性能を街で試すが、調整不良のため高速暴走しブレーキも利かない！

アイアンマンが開発したD-システムを使い、砂漠にディスクがあることを突き止めるアキラ達。早速目的地に向かうが、ヴィラン達も同様のシステムに導かれ、なんと現場で鉢合わせ！両軍入り乱れる中、エドが怖気づいてしまい、ハルクをD-スマッシュすることができない。エドはアベンジャーズの仲間としての資質を試される・・・。

キャップやワスプがヴィランと戦う中、アキラがウォーマシンのディスクを回収しD-スマッシュ！いろいろなヒーローをパートナーに出来ることを目の当たりにし、心躍るエド。だが、ハルクとまともに戦えないことをクリスに責められ、落ち込む。ハルクが見守る中、エドが出した結論とは・・・。

弟アキラのこととなると我を忘れ周りが見えなくなってしまうヒカル。ソーは同じく弟ロキを持つ兄として、悩むヒカルの心の支えとなることを約束する。その時、新たなディスクがジャングルの研究施設内に出現。爆薬が仕掛けられた扉を開けるにはシステムを再稼働させるための電気が必要だ。ソーが雷を使おうとしたその時・・・。

フランスの古城に新たなディスクが出現。何と、そこはジェシカの実家だった。探索のためジェシカ宅を訪問するアキラ達。しかし、ジェシカは皆を両親に紹介する際に「友達ではない」と言い放つ。古城の地下でディスク探索するアキラ達の前に、同じくディスクを狙うヴィランが現れた！

アキラ達はディスク探索を続けながら新開発都市・テクノアイル東京の学校に通い始める。そこでアキラは同級生のノリコと仲良くなるが、ノリコはヒカルに一目ぼれ。平和な学園生活をよそに、ジュウベエはこの街で事件を起こすべく、凶悪ミュータントセイバートゥースを送り込む！

凶悪ミュータント・セイバートゥースとの戦闘後、ウルヴァリンはディスクを発明したトニーを激しく責める。Ｘ－ＭＥＮの仲間も封印されたからだ。一方、突然夢の中でプロフェッサーＸに語りかけられたノリコ。気分を新たに、翌日ヒカルとの外出を楽しむがトラブルに巻き込まれてしまう・・・。

ミュータント能力が覚醒し、その姿をヒカルに見られて戸惑うノリコ。世間の目に晒されて傷つかぬように、ウルヴァリンはノリコにX-MENの学園に行くことを持ちかけるが拒絶される。そのノリコの能力のことを知り、アイアンマンはある秘策を思いつく。

キャプテン・アメリカが自分を対等なパートナーとして扱っていないと腹を立て、クリスはチームを離脱し、出て行ってしまう。一方、ノリコは自分がミュータントであることを受け入れ、その能力でディスクからヒーローたちを解放して欲しいというトニーの頼みを承諾する。しかし、一同が目を離した隙に、ノリコは全てのディスクとともに姿を消してしまった。

ウルヴァリンがプレデターＸの毒液を浴びて戦闘不能に！さらに、バロン・ジモと激しい戦いを繰り広げるサイクロップスもやがて活動制限時間を迎え、ディスクの中へ。「キャプテン・アメリカのディスクを渡せ」と要求するバロン・ジモにエドが時間稼ぎの秘策を駆使する。しかし、業を煮やしたヴィランたちがとうとう攻撃に転じる。そんな窮地にノリコが取った驚愕の行動とは・・・。

奪われたアイアンマンたちのディスクを取り返すべく、ロキの氷の城までやって来たアキラたち。同行するＸ－ＭＥＮたちは行く手を阻むデストロイヤーたちを圧倒的な戦闘力で倒す！そんな時、アキラたちの身体のバイオコードが謎の光を放つ。ロキに囚われたパートナーヒーローたちの身に危険が迫っていると判断したアキラたちは氷の城に侵入しようとするが、彼らを絶望へと突き落す最悪の敵が飛来する・・・。

いよいよロキとの決戦に臨むアベンジャーズ！５人が見せる抜群のチームワークにさすがのロキも追い込まれる。しかしその時、なんとロキはアイアンマンの得意技であるリパルサーを発射！さらにこれまでアベンジャーズが倒したヴィランたちの技を惜しげもなく披露。ロキはアキラたちから奪ったディスクの力を自らの身体に取り込んでいた！一進一退の激しい攻防が続く中、ついにアベンジャーズが活動限界時間を迎えてしまう・・・。

ロキとの決戦に勝利したアベンジャーズとアキラ達！父アカツキ博士と再会した時に交わした約束を守るべく、アキラはもっと強くなることを改めて心に誓う。しかし、仲間たちとの平和な時間は長くは続かず、何者かによって手元に残ったわずかなヴィランのディスクが盗み出されてしまう。ロキなき後、一体誰が、何のために？手がかりを追って辿り着いた先でアキラ達が目にした衝撃の光景とは・・・。

地球に落下した謎の飛行物体は脱出ポッドだった。かけつけたアベンジャーズと少年たちが内部に潜入すると、そこには樹木型の怪物と気絶したアライグマ似の生命体、そして光り輝くエネルギー体が。シールドはそれらをヘリキャリアへと収容するがアライグマが目覚めたその時、彼を助けにその仲間たちが参上。彼らの名は「ガーディアンズ・オブ・ギャラクシー」！

「ガーディアンズ・オブ・ギャラクシー」の宿敵ロナンが放った宇宙龍フィン・ファン・フームがヘリキャリアを襲い「ガーディアンズが盗んだエネルギー体『クリー・マクト』を返さないと地球を壊滅させる」と宣言。一時間だけ待って欲しいとトニーが交渉を持ちかけると、余裕のロナンはそれを受諾。アベンジャーズとガーディアンズが力を合わせても勝てないかも知れない強敵に対してトニーが思いついた秘策とは？

新たなる強敵の出現に、急ピッチで戦力のパワーアップが求められるアベンジャーズ。その研究のため、これまでの戦闘データを検証するトニーとアキラ。作業に付き合わされるペッパーだが、突如モニター上に姿を現したヴィランのモードックがデータのハッキングを宣言。大切な戦いの記録を守ることはできるのか！？

お騒がせ野郎が登場！？トニーがパワーアップの新兵器を完成させつつある中、突如現れた来客者、彼の名はデッドプール！ハチャメチャな言動でアベンジャーズやアキラ達を戸惑わせながら、彼はなんとアベンジャーズ加入とリーダー就任を要求する。一同が驚きを隠せない中、デッドプールに恨みを持つヴィラン達までもが押しかけて来て、混乱の度合いはヒートアップ！どうなってしまうのか？

ホークアイとファルコンの活躍で、レッド・スカルが企てる地球の生命線「ガイアライン」を悪用した恐ろしい地球破壊計画が発覚した。その計画を阻止するため、アベンジャーズとアキラたちは５つのチームに分かれて行動することに。空から敵基地に潜入しようとするアイアンマンとアキラ、そしてファルコンを待ち構えていた敵とは一体・・・。

レッド・スカルの地球破壊計画を阻止するため、ワスプとジェシカが向かった敵の拠点はアフリカのワカンダ王国。国王でありスーパーヒーローのブラックパンサーはタイガーシャークに市民を人質に取られ次の一手に打てぬ中、攻撃を受けて傷ついてしまう。なす術がないと諦めムードが漂い始めたその時、ジェシカが人質解放と敵の計画を打ち破る奇想天外な作戦を編み出した！

レッド・スカルの地球破壊計画を阻止するため、敵の拠点に向かうキャプテン・アメリカとクリス。だが、待ち受けていたグリーン・ゴブリンに行く手を阻まれてしまう。時間のない中、キャップとクリスは同行するシールド部隊を置き去りにして先に進むという苦渋の決断を下す。しかし、さらなる敵の出現もあり、二人は絶体絶命のピンチ！そんな時、なんと性懲りもなくあの「面倒くさい男」が現れる！

レッド・スカルの地球破壊計画を阻止するため、ハルクとエドが向かったのは何とラフト刑務所！ディスク・ウォーズ事件の発端となった苦い思い出の場所だ。ガイアアンカー破壊までハルクをD-スマッシュせずに温存しなければならないエドはヒドラ兵が占拠する刑務所の中を一人で進むが、やがて敵に見つかってしまう。絶体絶命と思われたその時、エドに救いの手を差し伸べたのは何と・・・。

レッド・スカルの地球破壊計画を阻止するため、鍾乳洞にある敵の拠点に向かうソーとヒカル。ヘリキャリアに待機するペッパーに連絡を取り、アキラの安否を確認しようとするが、途中で通信が途絶えてしまう。弟を心配する気持ちが爆発しそうなヒカル。そんな中、レッド・スカルに操られた重力系ヴィラン・グラビトンが出現！自分の心と目の前の敵の両方を克服しなければならないヒカルに恐るべき罠までもが忍び寄る・・・。

邪悪な力に心を支配されてしまったヒカルを守るため、レッド・スカルの命令でアベンジャーズに戦いを挑むソー。戸惑いつつもアキラ達を守るために受けて立つアベンジャーズ。ヒーロー対ヒーロー！手加減なしにぶつかり合い、傷つくアベンジャーズを見て歓喜するレッド・スカル。もはや打つ手なしと思われたその時、思いがけない乱入者が戦況をかき乱す！

アキラとヒカルの父・アカツキ博士を異空間から救出すべく、次元ホール発生装置の開発を進めるトニー。だがその完成を急ぐため、偏屈で有名なピム博士に協力を要請する。一方、学園ではヒカルを異常なまでにライバル視する少年・サムが登場。ヒカルは彼にソーと会話をしているところを目撃されてしまう。サムはトニーの別荘に押しかけ、その事実をみんなに伝えるとともに、自らの秘密を告白した。

ニューヨークでは犯罪者と闘うスパイダーマンの行動が以前より過激になったと悪評を買っていた。次元ホール発生装置を開発中のトニーを手伝うアキラとジェシカを残し、ヒカル、クリスそしてエドがその真相を確かめるべくニューヨークへ向かった。現地で市民の不安や恐怖の声を聞いたヒカルたちはスパイダーマンを捜し出す。だが、その姿は黒と白の不気味なコスチュームに覆われた不気味なものだった…。

スパイダーマンの凶暴化の原因は宇宙生命体ヴェノムだった！キャプテン・アメリカ、ソーそしてハルクが暴挙を食い止めようとするが、ヴェノムに寄生されたスパイダーマンはいつにも増して強いため、苦戦を強いられる。そんな中、偶然発見した敵の弱点を突き、ついにヴェノムをスパイダーマンから引き剥がすことに成功！だが、喜びも束の間、ヴェノムが一番寄生して欲しくない相手に寄生してしまう。もはや、なす術なし…。

トニーが進める次元ホール発生装置の開発をサポートすべく、ピム博士が優れた人工知能を搭載した助手ロボットのウルトロンを連れてやって来る。開発は順調に進み、装置の完成も間近と思いきや、何故かシステムの暴走事故が発生！アキラ達が逃げ遅れ、大惨事に見舞われると思ったその時、突如現れ、身を挺して全員を救う巨大な影とは！？

ピム博士を裏切り電脳世界へと逃げ込んだウルトロンはシールドのシステムにハッキングし、軍事衛星を使った人類への攻撃を計画。その暴挙を食い止めるべく、アイアンマンはスーツに特殊コーティングを施し、衛星を破壊するため大気圏を飛び出す。しかし、宇宙空間でアイアンマンを猛追するのはウルトロンが複製した「ウルトロン軍団」だった。自らの活動限界時間が迫る中、絶体絶命のトニー…。

シールドに追い詰められたピム博士は巨大なジャイアントマンに変身！なだめるアベンジャーズを追い払おうとした際にその巨体は周りの建物を破壊し、ジェシカを危険な目に遇わせてしまう。一方、姿を消したウルトロンが大量生産した巨大なオメガウルトロンが世界の主要都市に出現！各国政府に人類の完全服従を要求し、従わない場合は各都市への攻撃を宣告。果たしてアベンジャーズに打つ手はあるのか！？

思いつめた様子のヒカルを心配し、その理由をたずねるソー…。ヒカルは自分のいたらなさについて語り始める。一方、潜伏のための資金を稼ぐべく、ティム、ロゼッタ、ジュウベエ、ジョエル、マニーノの悪者五人衆「セレブリティ５（ファイブ）」は、かつて使っていたアジトへと赴き、金になりそうなものを物色。その時、ティムが発見した謎のガジェットから聞き慣れた声が流れ始めた…。

トニーやアキラ、クリス、エドが作戦室での研究に没頭する一方、ヒカルとジェシカはペッパーに同行し、遠く離れた南の島で開催される世界各国のVIPが集まる国際会議に出席する。だが、その会場には異世界へと消えてしまったロキのかつての手下「セレブリティ５」の面々が潜入し、ある作戦を着々と進めていた！主導者なき今、彼らの狙いは一体！？アベンジャーズが揃っていない中、悪が再び動き出す…。

次元ホール発生装置の開発が大詰めを迎え、みんなの疲労がピークに達しつつある中、トニーは気分転換のためにアキラたちを博物館に連れて行く。様々な展示品に魅入っていると、突然館内の照明が消えてしまった！状況を把握すべく、アキラとエドが一階を、ヒカルとクリスとジェシカが二階を見回ることに。あちこちから悲鳴が聞こえる中、アキラの前にジュウベエが姿を現す。天井に張り付いた無数のヴァンパイアとともに…。

バロン・ブラッドが送り込むヴァンパイア軍団を倒したアイアンマンとブレイド。そこで安心したのもつかの間、今度は洗脳されたヒカル、クリス、ジェシカ、エドが建物の中に侵入しようと暴れ出す。彼らを操るバロン・ブラッドを倒さない限り、元の状態には戻せない。しかし、肝心のバロン・ブラッドは姿を隠したまま。このままではヒカルたちは衰弱して取り返しのつかないことに…。そんな中、ブレイドは冷酷な結論を告げる。

突如、次元ホールから現れ、ディメンションスフィアを強奪して姿を消した謎のヴィラン「ローニン」。彼を探し出すべく調査するアイアンマンは、身体に異変を感じていた。そんな中、世界各地で闇の秘宝を盗み続けるローニンとセレブリティ５の行動から、アイアンマンは黒幕がロキであると推測。アベンジャーズとアキラたちは手がかりを求め、かつてロキがいた氷の城へと向かうのだった！

セレブリティ５による闇の秘宝収集を阻止すべく、敵の出現が予想される場所へ二手に分かれて向かうアベンジャーズとアキラ達。しかし、アキラ、ヒカル、クリスが向かったピラミッドには敵は現れなかった。一方、エドとジェシカは出撃先の塔で「解体屋ヴィラン四人衆」レッキングクルーの襲撃を受ける。戦力を分断され、数で劣る状態で敵を迎え撃たなければならないアベンジャーズ。そんな時、さらなるピンチがエドを襲う…。

深い眠りについたまま全く目を覚まさないトニーを救うための手がかりを探すアキラたち。そんな中、魔術師ドクター・ストレンジならトニーを助けられるという情報をブラック・ウィドウが入手した。しかし、ドクター・ストレンジはディスクに封印されていて、そのディスクは敵の手中にあった。アキラたちは敵からディスクを取り返し、トニーを元に戻すための信じられない作戦を実行する。

長い眠りから目を覚ましたトニーは、ダークディメンションでのロキ、そして闇の王ドルマムゥとの遭遇体験を話した。彼らはダークゲートを通じて侵攻し、この世界を支配すると宣言。その野望を打ち砕くためには、完成間近のダークゲート発生装置を一刻も早く発見し破壊しなければならない。ドクター・ストレンジが魔法の力で突き止めた場所へと向かうアキラ達。だが、そこに待ち受けていたのは！？

ダークゲート発生装置破壊のため敵のアジトに乗り込んだアキラたちの前に立ちはだかるローニン。その正体を自分たちの父親だと知りつつ、アキラとヒカルはアイアンマンとソーをD-スマッシュ！ヒーローたちとローニンの白熱した戦闘が繰り広げられる中、ダークゲートの発生は刻一刻と迫る。セカンドヒーローが投入され、戦況が好転するかに思えたその時、ダークゲートの中からついにロキが姿を現した…。

ついにこの世界とダークディメンションを結ぶ扉が開いてしまった！中から闇の王ドルマムゥの巨大な幻影が現れ、全人類に対して「消滅するか、魂を捧げて完全服従するか」の選択を突きつける。その狙いは人々を絶望のどん底へと突き落し、自らの糧とすること。ヘリキャリアの中で対抗策が講じられる中、生還したアカツキ博士がついにアベンジャーズやセカンドヒーローたちをディスクから完全解放する。その時、アキラたちは…。

ヘリキャリアにてダークゲートを破壊する強力な兵器の開発が進められる中、闇の王ドルマムゥが大量の敵を送りこんできた！最終決戦までアベンジャーズの力を温存しつつ、兵器完成までの時間を稼ぐためウォーマシンやドクター・ストレンジ、そしてセカンドヒーロー達が敵軍を迎え撃つが、次々に傷つき倒れていく。ついに敵がヘリキャリア内部へと侵入を果たしたその時、とどめとばかりにロキが次の一手に出る…。

ついに究極の力を手に入れたロキ！アベンジャーズもあらゆる技を駆使して戦うが、ロキの圧倒的な強さの前に歯が立たない。一人また一人と倒れていく中、最後の力を振り絞ってアイアンマンがロキに無謀な攻撃を仕掛ける。しかし、それでもロキを倒すことはできず、アイアンマンのアーマーがシャットダウン！傷つきながらも一人立ち上がったロキが動けぬアイアンマンにとどめを刺そうとしたその時、アキラが決死の作戦を実行する！