Начальник контртеррористического подразделения ФБР Джон О'Нил приглашает в свой отряд агента-новичка, американца-мусульманина Али Суфана. Борясь за получение информации от ЦРУ, они вскоре понимают, что их работа только начинается... когда взрываются два американских посольства.

После одновременных взрывов посольств в Кении и Танзании ФБР начинает расследование на месте, а ЦРУ приступает к разработке плана возмездия.

ФБР находит одного из выживших террористов и обнаруживает в Найроби зацепку, меняющую ход событий, а ЦРУ утверждает план возмездия.

Продолжая скрывать информацию от ФБР, Шмидт уволен со станции Алек. Диана делает важное открытие о владельце телефонного номера. О'Нил ищет утешения в своей вере, в то время как его личная и профессиональная жизнь рушится на глазах.

ЦРУ и ФБР находятся в состоянии повышенной готовности в связи с угрозами нового тысячелетия. О'Нил и Суфан проводят рейд на ячейку AQ в Бруклине. ЦРУ продолжает скрывать жизненно важную информацию от ФБР, пока они отслеживают подозрительных лиц, въезжающих в США.

Винс продолжает просить разрешения поделиться визой Михдхара с ФБР. О'Нил теряет свой портфель, и начинается расследование его обращения с секретными материалами. Мальчик, радикализировавшийся после того, как в результате ответной атаки ЦРУ погиб его друг, отправляется в Йемен, чтобы начать свой собственный путь мученика.

О'Нил и Суфан отправляются в Йемен, чтобы начать расследование взрыва американского лайнера "Коул". ФБР становится известно о встрече в Малайзии и о Халладе, не подозревая, что ЦРУ было известно об этих событиях уже несколько месяцев назад.

Все приспосабливаются к новому президенту и, вместе с ним, к изменению приоритета угроз. Суфан узнает о важности телохранителя УБЛ, и ему отказывают в доступе к нему. О'Нилу отказывают в повторном въезде в Йемен и заставляют уйти в отставку. Террористы в США, Хазми, Михдхар и Атта, потеряны их американским куратором.

ЦРУ становится известно, что Хазми и Михдхар исчезли, и оно должно сообщить об этом ФБР. О'Нил соглашается на работу в качестве начальника службы безопасности Всемирного торгового центра. Суфана отправляют обратно в Йемен. Хазми, Михдхар и Атта отправляются в Лас-Вегас для последней встречи.

Никто не может связаться с О'Нилом 11 сентября 2001 года. Эвакуация Суфана из Йемена прекращается, когда начальник ЦРУ дает ему ответы, которые он искал в ЦРУ. Шмидт восстановлен на станции Алек. Суфан допрашивает Абу Джандала.