“1级技师行会”的天才技师玛丽·蓓儿·布列格为了调查京都大支柱的异常而被派遣，然而却察觉到了军队可疑的动作。另一方面，琉紫作为转学生来到了在直人的高中。对于不起眼的直人与美少女琉紫的组合全校发生了大骚动…！？

　　为了让区划·秋叶原脱磁，直人与玛丽等人决定攻占于国家中枢全日本的区划中心“天御柱”。与持有哈尔达的想法的兵器一同突破区划·樱田门，并发出以星宫莲子作为人质的“犯罪声明”，其目标是——？