Июнь 1941 года. К Киеву подступают фашистские войска. Кроме открытого врага, действуют и скрытые противники — хорошо подготовленные диверсионные группы. В пригородах города происходит ряд загадочных преступлений. Их раскрытием занимается военный юрист Иван Рокотов. Ему на помощь из Москвы присылают бывшего следователя Днепропетровского УГРО Светлану Елагину. Она приезжает вместе с давним знакомым Рокотова — заместителем главного военного прокурора РККА Николем Мирским. Мирский создаёт особый отдел в военной прокуратуре фронта, в составе которого Рокотов и Елагина приступают к расследованию особо важных дел. Первое из них связано с уничтожением стратегически важного дота под Киевом и убийством сына легендарного героя гражданской войны.

Елагина допрашивает одного из подозреваемых, который умирает. Водитель Рокотова Григорий Иванович неофициально наводит справки о случившемся среди бойцов. Под особое подозрение Рокотова попадает вышедший из окружения особист Сомов. В это же время убивают интенданта, который продавал продовольствие со складов. Елагина обнаруживает, что у убитого был с собой тяжёлый ящик, который исчез. К тому же, у него свёрнута шея, что говорит об огромной физической силе убийцы. У Рокотова появляется зацепка: преступник владеет восточной техникой рукопашного боя. В Москве принимается решение о создании группы специального назначения, которую должен возглавить Рокотов, но его внезапно арестовывают...

Рокотова допрашивают в НКВД. Выясняется, что он не арестован, а задержан в связи с проведением следствия о его конфликте с одним из сослуживцев. Рокотова отпускают, но становится понятно, что конфликт с сослуживцем только повод для задержания. На самом деле Рокотовым интересуются какие-то высокопоставленные люди. В это время под Киевом на передовой между комполка Кошуговым и начальником штаба Моцным происходит конфликт. На следующее утро комполка и почти всё руководство находят убитыми прямо в землянке. Рокотова и Елагину отправляют разбираться с этим преступлением. Елагина определяет, что стрелял человек опытный. Под подозрение попадают Моцный, Серебров и рядовой Алиханов. Последние после преступления исчезли.

НКВД продолжает копать под Рокотова. Рокотов и Елагина продвигаются в своём расследовании. Выясняется, что Кошугов отбил у Сереброва его женщину, которая тоже была застрелена вместе с комполка. А утром, в реке, находят тело утонувшего комиссара. Елагина делает вывод, что комиссара утопили. Это мог сделать Моцный, чтобы убрать свидетеля. Елагина отстреливает пистолеты офицеров и приходит к выводу, что они той же марки, что и оружие, из которого были застрелены комполка и другие. Мирскому приходит сообщение, что прилетели люди из ЦК, срочно требующие к себе Рокотова.

Приехавшая из ЦК Сидоренко говорит, что по новому делу прокуратура, милиция и НКВД будут работать вместе. Дело заключается в том, что из госбанка на аэродром вывозилось золото, по дороге одна из машин с грузом пропала, а утром были найдены убитыми Лазарян — сотрудник банка, занимающийся отправкой золота, и его соседка — жена подполковника авиации Ожогина, друга Рокотова. На раскрытие дела даётся всего 48 часов...

Мирский продолжает своё секретное расследование. Рокотов находит Ожогина убитым. Врач говорит, что ранее Ожогина искали сотрудники госбезопасности. Елагина видит, что рана Ожогина похожа на рану убитого Лазаряна. Рокотов ведёт допросы сотрудников банка и выясняет важные подробности погрузки золота. Под подозрение попадает сотрудник милиции Дергачов...

На оружейном заводе находят повешенным особиста Колобова. Все говорят, что это самоубийство из-за измены жены. Мирскому эта версия кажется подозрительной. Он поручает Рокотову и Елагиной разобраться с этим делом. Рокотов выясняет, что Колобов конфликтовал с двумя сотрудниками завода — Михайловым и Маленьким. У Михайлова оказывается алиби. Подруга жены Колобова рассказывает, что погибший особист всё записывал в блокнот. Но в кабинете никакого блокнота нет...

Елагина спускается в подземелье, где на неё нападает Маленький, но потом отпускает, забрав пистолет. Елагина выясняет, что Маленький на самом деле работал с Колобовым под прикрытием. Колобов обнаружил хищения оружия, хотел найти его склад в подземелье, но его убили. Приехавший Рокотов идёт за Елагиной, но не знает, где она. Он находит проводника — священника из Лавры, который ведёт его по подземным лабиринтам...

Преступники, переодетые в военную форму, грабят армейский склад. НКВД берётся за расследование этого преступления. Но происходит ЧП: у начальника НКВД Лозицкого из сейфа пропадают секретные документы. Их утрата может привести к раскрытию всего киевского подполья. Подозрения падают на сотрудника НКВД Шмелёва, но ему удаётся уйти от ареста. Влюблённым Рокотову и Елагиной поручают это дело. Рокотов уверен, что пропавший Шмелёв и ограбление склада связаны.

В секретном пакете Мирского находится личное дело Шмелёва, из которого можно сделать два вывода: либо Шмелёв враг-диверсант, либо обозлившийся на советскую власть казак. В любом случае за ним стоит кто-то очень серьёзный. Елагина начинает осуществлять свой план, притворяясь сестрой участвовавшей в ограблении Маруси.

Раненый Мирский приходит в себя в лесу. Его пытается убить лейтенант Фишман, но Мирский опережает его, а сам исчезает. Утром дежурный передаёт пакет с документами Рокотову. В нём оказываются личные дела высокопоставленных людей из прокуратуры. Рокотов и Елагина понимают, что Шмелёв был прав — в их ведомстве действует шпионская группа. Рокотов и Елагина решают первым делом найти Мирского, не привлекая никого из органов, так как они теперь никому не доверяют. Их первый подозреваемый — бригвоенюрист Федин...

Выясняется, что Мирский жив, а убитым в лесу найден Фишман. Федин сбегает из-под ареста. Рокотов и Елагина преследуют его, но упускают. Вскоре находят тело секретарши прокуратуры. Следствие приходит к выводу, что Федин убирает свидетелей...