Ashiya Mizuki s'est déguisée en garçon pour entrer dans l'école de garçons que fréquente son idole, Sano Izumi. Tous les garçons essaient de la recruter dans leur dortoir lorsqu'ils apprennent qu'elle est une coureuse rapide, car les trois dortoirs participent à des compétitions scolaires pour lesquelles ils reçoivent des récompenses spéciales.

Izumi a décidé de quitter l'équipe d'athlétisme. Mizuki essaie de le faire revenir sur sa décision. Umeda Hokuto, l'infirmier de l'école, découvre que Mizuki est une fille. La jeune fille lui explique alors la raison de sa présence à l'école. Pendant ce temps, Nakatsu Shuichi lutte contre les sentiments qu'il commence à éprouver pour Mizuki.

Le grand frère de Mizuki, Ashiya Shizuki, est venu des États-Unis afin de persuader sa soeur de rentrer chez eux. Il met les pieds à l'école, alors que le campus est en émoi à cause d'un voleur de culottes qui terrorise St. Blossoms. Il est pris pour une personne suspecte, ne donnant pas un très bonne impression auprès des camarades de classe de Mizuki.

Les élèves du lycée Osaka apprennent que le dortoir 1 sera temporairement fermé pour cause de maintenance, et que ses membres emménageront dans le dortoir 2 pendant quelques jours. Profitant de cette opportunité, Shuichi prend la place de la troisième personne dans la chambre de Mizuki et Izumi, provoquant alors le chaos pour eux.

Nanba Minami, le chef du dortoir 2, emmènent Mizuki et ses camarades de dortoir au "Paradis des Canons", un établissement touristique situé au bord de la mer. Mais au lieu de s'amuser, ils y travaillent pour le compte de la mère de Minami, Nanba Io. Ils se livrent aussi à une épreuve de force contre Kagurazaka Makoto, le rival d'Izumi, et ses camarades.

De retour de la mer, Mizuki est encore troublée par ce qu'elle a vu au camp d'entraînement. Mais elle n'a pas le temps d'avoir des remords puisque ses parents lui rendent une visite surprise... Pendant ce temps, les différents dortoirs sont de nouveau en compétition afin de trouver le trésor caché dans le lycée et Sano poursuit son entraînement.

Izumi a trop forcé son entraînement, le clouant alors au lit. Pendant ce temps, Minami et Himejima "Oscar" Masao, le chef du dortoir 3, s'allient afin détruire les relations des garçons d'Osaka en couple. Shuichi, lui, est encore troublé à cause de son amour pour Mizuki mais tente de l'oublier avec Imaike Komari, une lycéeenne de St. Blossoms.

La photographe Hara Akiha propose aux lycéens de poser pour le célèbre magazine "An An". Sont sélectionnés Minami, Izumi, Shuichi et Izumi, à la surprise générale. Pendant ce temps, les élèves d'Osaka doivent faire face à un grand danger : ils seraient sous le coup d'une expulsion, si jamais ils échouaient à leur prochain entretien...

Mizuki a un nouveau professeur, Kitahama Noburo. Pour une blague puéril, Shuichi est dans son collimateur. Lorsque le jeune homme est pris en flagrant délit de triche, son nouveau professeur l'accuse (injustement). Noburo va même jusqu'à perturber le live de la fête de fin d'examen. Shuichi pourra compter sur le soutien de Mizuki et Izumi.

Le concours de danse va se dérouler à Osaka, où les élèves de St. Blossom participeront aussi. Après un certain concours de circonstances, des garçons dont Mizuki, danseront aussi en tant que femme ! Izumi se rend à un camp d'entraînement commun d'athlètes. Il revoit alors, entre autres, son père Sano Takehiko, avec qui il est en mauvais terme.

La compétition s'approche pour Izumi. Réconcilié avec son père, il peut se concentrer sur le saut en hauteur. Pourtant, il doit faire face à son rival, Shuichi, qui vient d'avouer ses sentiments à Mizuki. Les deux lycéens d'Osaka se défient pendant la compétition entre dortoirs, pour savoir qui fera la cérémonie d'ouverture du tournoi national d'athlétisme.

Diffusée avant le dernier épisode de Hanazakari no Kimitachi e, l’émission se déroule dans la cantine du pensionnat. Elle est présentée par Sano Mizuki, accompagné du duo comique Osugi et Piko. Entre les petits jeux entre les différents dortoirs et le best-of de la série, les acteurs, nous livrent non sans émotion leur ressenti sur le drama.

Hanayashiki Hibari du lycée St. Blossoms a découvert la vérité sur Mizuki et souhaite en informer les responsables de dortoirs. Peu à peu, ses camarades apprennent la vérité et rejette la jeune fille car ils se sentent trahis. Mizuki ne semble pas le choix de quitter le lycée Osaka, même si certains garçons finissent par lui refaire confiance.

L'histoire reprend six mois après la fin de la série. Alors que le lycée Osaka se prépare pour un événement de la Saint Valentin, Izumi et Shuichi se remémorent la dernière semaine de leurs dernières vacances d'été (entre les épisodes 7 et 8). Pendant cette semaine, la meilleure amie de Mizuki, Maxwell Julia, vient la voir pour une certaine raison...