在人類瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從使用利劍，轉而到使用魔法，繼而變成了使用槍械。就讀於培訓用以取締殘存魔力威脅的“異端審問官”專業機關——“對魔導學園”的草薙哮，是個完全不會使用槍械，只靠一柄刀與敵人交鋒的另類，而他率領的第35試驗小隊又被稱為“雜魚小隊”。某天，擁有“魔女獵人”資格的超精英持槍高手鳳櫻花，竟然加入了這支隊伍。

櫻花對雜魚小隊心懷不滿，學院長稱其中有噬魔聖物的候選人。而另一邊，“大魔女之女” 二階堂真理與“幻想教團”的干部之一凶煞會面，並將魔法遺產的碎片交給了他，幻想教團的目的是消除世人對魔女的歧視與偏見，而他們的敵人正是異端審問會。凶煞召喚食屍鬼襲擊對魔導學園，櫻花和哮陷入苦戰……

拉碧絲是唯一的刀劍型噬魔聖物，只有哮能夠駕馭她。由於拉碧絲喜歡保持人形，學院長將她編入哮的班級，並讓35小隊負責保護成為異端審問官的魔女二階堂真理。對魔女懷有憎惡之情的櫻花和真理大吵起來，兩人處處較勁互不相讓。而另一邊，凶煞準備以救出真理的名義對學園進行攻擊。

對魔導學園淘汰賽開始，35小隊與15小隊進行對戰。櫻花將有關真理的真相告訴哮，真理出於某種原因協助幻想教團，成了殺人犯，儘管如此哮還是堅持保護真理。15小隊的隊員突然發生異變，凶煞從其體內鑽出，並聲稱要帶走真理。凶煞展開結界，哮和真理等人大戰死靈術師。

對魔導學園恢復了被長期廢止的魔女狩獵祭，一聽到這次魔女狩獵祭能夠賺錢，哮立馬精神百倍，決定全力出擊。23小隊向35小隊提出同盟請求，哮欣然答應。兔被母親命令結束學業回家結婚，就在她煩惱時，遇到了執行委員長天明路禮真。禮真是兔的青梅竹馬，但兔似乎特別懼怕禮真……

哮下決心要拯救兔，這讓兔有了反抗禮真的勇氣。在禮真的指揮下，學園進行狩獵祭的裝飾，櫻花從半空發現這些所謂的裝飾其實是大型精神控制類的魔法陣。櫻花孤身犯險，卻恰巧誤入敵人的圈套，被梅菲斯特控制。梅菲斯特的目標是搶走被保管在學園中的她自己的肉身，為了救出櫻花和兔，哮隻身對敵。

斑鳩被學園長傳喚，詢問有關亞人結晶的事。Alchemist公司正在計劃利用亞人結晶製造兵器，斑鳩之前為Alchemist公司工作，是Alchemist的人造天才，但她對此事卻閉口不談。任務成績公佈，雜魚小隊依舊是吊車尾，就在大家商議如何提高分數時，斑鳩卻意外提出自己要請假一段時間……

在酒店，斑鳩和哮孤男寡女同處一室。一番告白後，斑鳩用藥物麻醉了哮，自己則孤身一人與妹妹伊砂交易。隨後，遭到綁架的櫻花、兔、真理三人被釋放，斑鳩身處險境，在兔的真情流露下，櫻花等人決定去救斑鳩。而另一邊，恢復神智的哮裝備上噬魔聖物，也前往Alchemist公司救人。

斑鳩找到了新的任務，有顧客要在今晚進行非法的魔導遺產交易，雜魚小隊潛入犯罪現場。沒想到這次的交易地點竟是夜店，真理、兔和櫻花三人假扮夜店小妹，哮則假扮酒保。拘謹的櫻花被人吃了豆腐，一怒之下她開槍射擊，幸好大家還是趁亂完成了任務。收繳的魔導遺產只是魔力低下的指環而已，而這個指環似乎大有用處……

哮去看望被囚禁的妹妹樹夕，然而兩人沒說上幾句話探視時間就結束了。雜魚小隊的任務順利完成，哮略顯疲憊。理事長來到關押樹夕的監獄，樹夕天生就擁有不確定古代屬性“鬼”的異質力量，就算被殺害也能無限復活。與哥哥會面之後，樹夕的力量全面暴走，她追隨著哮的心跳聲而來……

樹夕向哥哥提出殺死自己的請求，哮稱願意守護樹夕直到極限來臨之際。幻想教團下達了新的命令，要殘燭抓住要人草薙樹夕。就在樹夕和哮兄妹倆逛街時，對魔導學園的京夜以“狩獵魔女”的名義對他們展開攻擊。就在二人準備大戰一場時，理事長帶人找到樹夕，並稱要將樹夕轉移到別的地方。

凶煞為了奪走樹夕而來，一出手就重傷了哮，哥控樹夕見此立馬大暴走，整個城市都跟著遭殃。理事長與Alchemist董事長暗地聯合，他們也是造成如此局面的元兇。凶煞將哮視為“百鬼夜行”的飼料，櫻花為了奪回哮與凶煞決鬥。哮在潛意識中與拉碧絲締結契約，捨棄靈魂獲得了弒神的力量。