En 508 avant Jésus-Christ, les rues d'Athènes sont en pleine tourmente. Le peuple s'est en effet élevé contre le tyran qui dirigeait la ville jusque-là : après des siècles d'oppression, il exige sa liberté. A ce moment clé dans l'histoire de la Grèce, il y a un homme, en particulier, qui observe le déroulement des événements : Clisthène. Elevé lui-même au sein de la classe dirigeante, où on lui appris à considérer les gens ordinaires avec mépris, Clisthène a bien compris que ce peuple avait le droit de décider de la façon dont il souhaitait être gouverné. Il s'agit d'un moment crucial dans sa vie, dans la vie de son peuple et même dans celle de la civilisation occidentale, puisque Clisthène va instaurer le premier système de gouvernement démocratique. Cet épisode installe donc le décor devant lequel l'histoire va se jouer, décrivant la ville d'Athènes telle qu'elle était avant la révolution, en parallèle avec la vie de Clisthène. Il retrace ensuite les événements qui ont conduit à la création de l'Assemblée, où chaque citoyen peut assister aux débats et voter sur les propositions émises.

Après s'être libérés du joug d'un dirigeant tyrannique, les Athéniens ont réussi à mettre en place leur démocratie. Mais ils ont ensuite été confrontés à un tout autre défi : une attaque de la part de l'Empire perse, la plus grande puissance de l'époque, qui s'étendait de la Méditerranée jusqu'en Inde. Lors de la bataille de Marathon, l'armée perse est deux fois plus grande que celle des Athéniens. Pourtant, ce sont ces derniers qui remportent la victoire et qui continuent à défier les envahisseurs pendant plus d'une décennie ! Un homme, a plus particulièrement, contribué à cette réussite : Thémistocle, le génie en stratégie militaire . Grâce à lui, les Athéniens se dotent d'une flotte importante, qui leur permet de gagner la grande bataille de Salamine et leur offre ensuite la possibilité d'ériger leur propre empire. Sous l'égide du visionnaire Périclès, Athènes va alors vivre une grande période de prospérité, période qui voit la construction du Parthénon et la floraison des arts.

En 431 avant Jésus-Christ, Athènes est une ville d'une richesse inégalée, le centre d'un vaste empire prospère. Les arts et les sciences y sont en plein essor, tandis qu'autour de Socrate se forme un groupe de penseurs qui remettent en question les idées reçues. Pendant cette période de prospérité, c'est Périclès qui dirige la cité. Mais celui-ci prend alors le risque de perdre tout ce qu'il avait construit avec les Athéniens, en relevant un grand défi : mener une ultime guerre qui peut faire d'Athènes le souverain incontesté de toute la Méditerranée. Et, en effet, si le conflit transforme bien radicalement Athènes, ce n'est pas dans le sens que Périclès l'avait envisagé : assiégée, frappée par la peste, dépourvue de sa flotte, la cité finira par signer sa reddition. A la recherche d'un bouc émissaire, le peuple va alors se retourner contre Socrate, qui sera condamné à mort. Mais ses idées resteront ancrées dans les mémoires et, grâce à lui, les Grecs réussiront à maintenir et à transmettre un empire, celui de l'esprit.