학급반장인 사사다는 오래된 학교건물의 허물기 전에 마지막으로 담력 테스트를 주최하고, 나츠메는 친구들의 강요에 못 이겨 반강제적으로 이에 참가하게 된다. 그리고 한때 인간을 좋아했던 복신이 욕심 많은 인간에게 붙잡혀와 무서운 요괴 시그레가 되었는데 그 장소가 바로 그 건물이 있던 자리였다는 이야기를 듣는다. 시그레의 이야기를 해준 사사다는 나츠메에게 요괴를 볼 수 있냐는 질문을 하며, 사실은 자신이 그곳에서 신세를 졌던 시그레를 만나고 싶다며 도움을 요청한다. 건물을 허물고 나면 다시는 시그레에게 고마움을 표시할 기회가 없기 때문이다. 한편 담력테스트를 시작하고 얼마 뒤, 반 친구들이 하나둘씩 모습을 감추는데, 나츠메는 인간에게 복수하려는 시그레의 짓임을 알게 된다. 다급히 시그레를 찾은 나츠메는 마음 한 구석에 인간에 대한 애틋함이 남아있는 시그레의 기억을 일깨워주고, 사사다도 마지막의 순간 시그레와 재회한다.

어느 날, 개구리 한 마리를 쫓아 숲으로 발을 들인 나츠메는 그곳에서 다른 요괴를 잡아먹는 악귀를 본다. 나츠메는 필사적으로 도망을 쳤지만 악귀에게 붙잡혔던 팔에 통증을 느낀다. 그리고 어찌된 일인지 그 자리에 멍이 생기더니 점점 커지는 것이었다. 그것은 닷새 인장이라는 표시로 닷새 후에 악귀에게 잡아먹히게 된다는 저주였다. 게다가 닷새를 기다리기에 조바심이 난 악귀는 그림자 요괴를 보내 나츠메를 쫓게 만들고, 점점 힘이 세진 그림자 요괴는 집 안으로까지 들어와 나츠메를 압박했다. 요괴가 집안까지 들어오자 자신을 돌봐주는 후지와라 부부에게 피해가 갈 것을 우려한 나츠메는 급기야 집을 나와 숲에서 노숙을 하며 닷새 동안 악귀를 피하기로 결심한다. 그리고 레이코와 인연이 있었던 요괴 히노에의 도움으로 악귀에게 잡아먹히는 위기의 순간을 모면하게 된 나츠메는 무사히 닷새인장의 저주로부터 풀려나게 된다.