小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。「斑」という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は割け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

妖への名前の返還に応じる日々を送る夏目の元に、八ツ原に住む妖怪が、退治してほしい人間がいるとやって来る。その人間、害を与えず暮らしている妖たちを退治するのだという。同じ頃、夏目の存在を気にする人物が現れる。田沼というその同級生は、八ツ原に最近越して来たらしい。自分と同じように妖を見ることができる人がいるかもしれない、自分の見える世界をわかってくれる初めての仲間かもしれない、と夏目の心は逸る。

旧校舎での肝試しに参加することになった夏目。この地には、人間好きの招福の神様が欲深い人間に捕らわれ、忌まわしき妖になったという逸話があるという。不安を抱きながら肝試しがスタートすると、クラスメイト達が次々と姿を消してしまう。そんな中、行動を共にすることになった委員長の笹田は、この世の者でないものを見ているのではと夏目を問い質し、協力してほしいことがあると告げる。

レイコの遺品の中から電車の切符を見つけた夏目。その切符に書かれた駅にやって来ると、そこにはレイコを待ち続けているという毛むくじゃらの妖がいた。夏目は、レイコとここで会う約束をしているというその妖に名前を返し、流れ込んで来た思念から、レイコがその妖「さんと」を助けてあげようとしていたことを知る。レイコのやり残したことをやるため、「さんと」と共に約束の場所「霧が沼」へと歩き出す。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目達の前には、水没した廃村が姿を現していた。夏目は、そこで何者かに取り憑かれ意識を失う。夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶う。

勉強合宿に出かけた夏目は、森の中で妖怪に苛められている「子狐」と出会う。怯えて途端に姿を消した「子狐」だったが、自分を助けてくれた夏目のことが気になる様子。そして、夏目が「友人帳」を持つものだと知ると、自分の名前を差し出し、子分にしてほしいと頼む。

ある沼に蛍を見にやって来た夏目とニャンコ先生。そこにいたのは、沼を見つめる男性と彼に寄り添うようにしている妖だった。その男性はかつて妖を見ることができたこと、ある日突然その目が妖を映さなくなったことを聞いた夏目。自分にも彼のようにずっと望んできた解放の時が訪れるのか。もう妖を見ることのない男性が、夏目は何故この沼に来ているのか知りたいと思った。

ある日突然、夏目の前に現れた“仲間”を名乗る男「名取周一」。彼もまた、夏目と同じように妖怪と呼ばれるものの類を見ることができた。表の顔は俳優、裏の顔はあやかし祓い。夏目にお祓い家業を手伝わないか、と誘う名取には、妖怪への憎しみが見えた。

夏目の体を頂く、と現れた傘を持った妖怪「アカガネ」。体を病んでしまった美しき蒼琴弾き「アサギ」のためだと言う。次の日、夏目の体には変化が起きていた。青い髪、そして青い目、それは「アサギ」が憑依したことの表れだった。「アサギ」の気持ちが消化されれば自然と体から離れていくであろう、というニャンコ先生の言葉で、「アサギ」が再び琴を奏でられるよう、夏目は「アカガネ」に協力することにする。

夏目とケンカをして、藤原家を飛び出してしまったニャンコ先生。中級妖怪達に陰口をたたかれ八つ当たりをしたり、女子高生姿で西村・北本に絡んだりしていた。そんなニャンコ先生の前に現れた妖怪「猿猴」は、ニャンコ先生が夏目と縁を切ったと聞きつけ、「友人帳」を夏目から奪うと言う。夏目はともかく、友人帳を奪われる訳にはいかない、と帰路を急ぐ。

１匹の蛙に導かれるように森の中に足を踏み入れた夏目。そこで目にしたものは妖怪を喰う邪鬼の姿だった。逃げる夏目だったが、その邪鬼に触れられた腕に呪いを受けてしまった。五日かけて生気を吸い尽くすというその呪い『五日印』。疼き出す呪いの痣、追ってくる黒い影、そして呪いの余波で小さくなってしまったニャンコ先生…。夏目は、大切な人達を巻き込むことなく、この呪いから五日間逃げ切ることを決意する。

ひょんなことからニャンコ先生が妖怪であることを田沼に知られてしまった。訳を訊ねる田沼に対して、巻き込みたくないという思いから、できることなら隠していたかった夏目は本当のことを話せないでいた。そんな時、神社のお祭りにニャンコ先生を忘れてきたことに気付く。