いちかはお母さんのためにケーキを作ろうと張り切りますが、なかなか上手くスポンジが膨らんでくれません。悩んでいると、妖精のペコリンが現れアドバイスをしてくれました。そんな時、キラキラルを狙ってガミーが現れ、いちかのケーキを奪おうとします！

キラキラパティスリーのキッチンが気に入ったいちかは、伝説のパティシエ・プリキュアになることを決めます。ある日、いちかはクラスメイトの有栖川ひまりとプリンを作ることにしますが、ひまりは突然キッチンから逃げ出してしまいます。

いちかは、偶然みかけたバンドのボーカル、立神あおいに助けてもらい、知り合いになりますが、彼女は、コンテストで歌う曲の歌詞を考えるのに必死でした。いちかは彼女を励ますため、青い空をイメージしたスイーツを作ろうと思いつきます。

いちかとひまり、そしてあおいは、お気に入りの洋菓子屋の娘、まりこからバレエ発表会のチケットをもらったので、お礼としてまりこへ手作りのシュークリームを差し入れようと計画します。でも、シュークリームは作るのが難しく、失敗続きで…。

学校帰りに三ツ星にゃんこと遊んでいたいちかたちは、噂の美人高校生の琴爪ゆかりと出会いました。いちかはゆかりを作るのが難しいマカロン作りに誘います。簡単にマカロンを完成させるゆかりですが、美味しいマカロンを作ろうと夢中になって…。

いちかの隣の家に高校生の剣城あきらが引っ越してきて、そのカッコ良さに、いちかはひと目で好きになってしまいます。あきらにチョコを売っているお店を教えて欲しいと頼まれ、二人で商店街に向かうのですが、チョコを狙ってビタードが襲ってきました。

あきらが仲間になった記念のお茶会を開いたいちかたち。その楽しそうな様子に、離れ離れになった仲間の妖精たちのことを思い出して悲しい顔になるペコリン。いちかはペコリンを励まそうと、二人でドーナツを作ることにしました。

スイーツショップ『キラキラパティスリー』をオープンすることを思いつくいちか。しかし、お店作りは大変。そんな中いちかは、友だちとのお茶会に持っていくお菓子に悩んでいるえみるという女の子のため、みんなが満足するスイーツを用意すると約束します。

『キラキラパティスリー』に辰巳という男の人がクッキーを探しに来ました。保育園に勤める女性に思いを伝えるため、彼は子供の頃の遠足で一緒に食べたクッキーを探していたのです。辰巳を笑顔にしたい。そう思ったいちかは、思い出のクッキーを作ることに！

スイーツフェスティバルに参加するため、いちかは、タルトに使う果物をゆかりとあきらに選んでもらうことにします。途中、お互いの良いところを見つける二人。そのころ店に、ゆかりとあきらのファンクラブの人が押しかけてきて、二人に店をやめてもらうと…。

スイーツフェスティバルの日、いちかたちも、ハリネズミフルーツタルトでイベントに参加します。キラパティは大にぎわい。でも、いちかのお父さんはいちかに冷たくされたのでショックを受けていました。そんな時、悪い妖精たちが会場で大暴れをはじめ…。

いちかのクラスの転校生、黒樹リオは、カッコ良さから女の子たちのアイドルになり、男の子たちの人気も高いようです。そんな時、キラキラパティスリーにガミーたちが謝りにやって来ました。実はガミーたちは謎の少年に操られて悪いことをしていたというのです。

ひまりは青果店のおじさんから、苺坂商店街を紹介するPR動画への出演を頼まれました。いちかはマスコットキャラのイチゴン、ひまりはリポーター、あおいはカメラマンをやることに。自信をなくして落ち込むひまり。いちかはひまりをリラックスさせようと…。

野外コンサートの日に突然連れ去られてしまったあおいを心配して、家をたずねるいちかたちですが、実はあおいは、日本でも有数の大きな会社のお嬢様だったのです。立派なお嬢様になるためにバンドもスイーツ作りも禁じられたあおいに、いちかたちは…。

入院していたあきらの妹のみくが、病院から外出許可をもらってキラパティに遊びに来て、お店のお手伝いをすることになりました。あまり上手にできなくて落ち込んでしまったみくに、いちかはあきらへのサプライズで新作のスイーツを一緒に作ろうと持ちかけ…。

ジュリオが自分たちと関係のある人を狙ってることが気になるいちかたち。そんな時、ゆかりの家でお茶会が開かれ、何故かリオも呼ばれていました。リオの完璧な作法を見て何かを感じるゆかり。そんなゆかりの心を見透かすようにリオが話しかけてきて…。

お母さんから手作りスイーツが届く日、いちかはお返しのスイーツのための買物に出てリオと出会い、荷物を家まで運んでもらいます。みんながゆかりからリオのことを聞いて、心配になっていちかの家にやって来た時には、いちかは既にキラキラルを奪われていて…。

キラキラパティスリーにお客さんが来なくなりました。原因は、キラパティのスイーツを食べるとよくないというデタラメなウワサが流れたからでした。ウワサを気にしないでいちかたちはいつも通りお店を開きますが、一向にお客さんは来てくれず…。

パリで有名な天才と呼ばれるパティシエ、キラ星シエルが、いちご坂商店街で期間限定のスイーツショップを開くことになりました。シエルの見事なスイーツ作りとその美味しさに感動したいちかは、シエルに弟子入りを申し入れたのですが…。

商店街のPR動画のため、シエルの一日密着取材をすることになったいちかたち。ハチミツ農家に行くというシエルに同行します。ハチミツ農家に着いたシエルは、美味しいハチミツに合うパンケーキを作ることになり、いちかも一緒に作ることになるのですが…。

いちご山に戻ってきた妖精たちとパーティをしようと、いちかはみんなでスイーツを作ります。出来上がったムースケーキを前に笑顔になるみんな。そこへ何故かシエルが現れます。ビックリするみんなの前で、シエルは本当の姿に変わりました。

ジュリオはキラリンの双子の弟、ピカリオだったのです。ジュリオの攻撃で洞窟に落ち、そこでキラリンはパリでの修業中に突然行方不明になったピカリオを探しに帰ってきたことを告白しました。そこにジュリオが現れ、なぜ姿を消したのか語り始めます。

闇の呪縛から解き放たれたピカリオ。でも、キラリンへの憎しみを忘れることができません。ピカリオがキラキラルのこもったスイーツを作ることができなくなったことを知ってショックを受けるシエル。その隙をついてノワールが、シエルを自分の手下にしようと…。

ピカリオは傷を癒すため、深い眠りにつき、プリキュアになったシエルは、いちかたちのクラスに転校してきました。数学やスポーツでも大活躍で、すぐにみんなの人気者になります。でも、お昼休みの直前、突然キラリンの姿に戻ってしまい…。

スイーツの国と呼ばれているコンフェイト公国のナタ王子がいちご坂にやって来ました。そのナタ王子がゆかりに一目惚れします。どうしても姫として国に連れて帰りたいと言うナタ王子に、ゆかりはあきらとの勝負に勝てば、一緒に国へ行ってもいいと言い出して…。

あおいのバンドが野外フェスに出場することになりました。そのフェスには憧れているミサキも出演したのですが、二つのステージで同じ時間に歌うことになってしまいました。不安な気持ちを抑えてステージで歌うあおいですが、見てくれる観客は少なく…。

キラキラパティスリーにひまりの愛読書『スイーツの科学』の作者・立花ゆう先生が訪ねてきました。ひまりにスイーツの科学大実験の助手を頼みに来たのです。スイーツの科学大実験の日、緊張しながらも立花先生を助けて、助手の仕事をガンバるひまりですが…。

前よりも仲良くなったゆかりとあきら。でもゆかりは、いつも笑顔で誰にでもやさしいあきらのようになれないことを悩んでいました。そんな時、ゆかりはおばあちゃんに抹茶のスイーツを作って欲しいと頼まれ、いちかたちの協力で抹茶マカロンを作るのですが…。

あきらとゆかりの通ういちご野高校の文化祭で、実行委員長で忙しいあきらの代わりに、いちかたちはあきらの妹みくと遊ぶことになりましたが、張り切りすぎたみくが体調をくずしてしまい、心配なあきら。そんな時、エリシオがあきらを狙ってきました。

外国で働いているいちかのお母さんが帰ってきました。久しぶりに家族で一緒に楽しい時間を過ごすいちか。でも、お母さんに渡す約束のケーキが上手くできません。時間がないと困り果てるいちか。キラリンは、いちかの気持ちに問題があると言うのですが…。

６つの結晶が動物の形になった理由を知りたいと、いちご山の地下洞窟にいたいちかたちは、結晶の力で昔のいちご坂町に運ばれました。そこでは昔のプリキュア、ルミエルが、時代の闇により暗い雰囲気だったいちご坂にスイーツで明るい笑顔を取り戻そうしていました。

キラキラルクリーマーから生まれたクリスタルアニマルと遊ぶいちかたち。闇の支配から逃れたビブリーとも仲良くなって、一緒にスイーツを作ります。そんな時、ノワールの魔獣ディアブルにキラキラルを奪われた人たちがケンカをしているのを目にします。

ゆかりとクリスタルアニマルの頭がぶつかり、心が入れ替わってしまいました。でも、そのまま猫として街へ遊びに行ったゆかりは、街の猫たちからボスになって欲しいと頼まれました。いちご山の水場をめぐって、猫と妖精たちが争うようになってしまったのです。

お父さんの代わりにスイーツの新作発表会に参加することになったあおい。ひまりは、あおいと一緒に発表会に行くことになりましたが、いつもと違う雰囲気に動揺します。堂々とお父さんの代理として挨拶するあおいを見て、ひまりは落ち込んでしまいますが…。

いちご坂大運動会の季節がやって来ました。いちかとあきらは、一緒に中いちご坂チーム。そして、スポーツ万能のあきらは全種目に出場することになりました。運動会当日、期待通り、様々な種目で一等賞を取るあきら。でも、あきらの様子がいつもと違っていて…。

キラキラパティスリーに、パリでシエルをパティシエとして育て上げたソレーヌが現れ、シエルをパリに連れて帰ると言い出します。パリで開かれるコンテストに、シエルを出場させるつもりのようで、それはシエルがパティシエとして羽ばたく良い機会なのですが…。

夢の中でルミエルと出会ったペコリンは、そのキラキラルの力で人間になりました。人間になったペコリンは大喜び、いちかたちのためにお買い物に行くことになりました。でも、ペコリンが心配ないちかたちは、隠れて見守ることに…。

いちご山に妖精のみんなを集めて妖精大会議を開き、いちかたちはノワールの闇に対抗するため、キラキラルのこもったスイーツの作り方を妖精たちに教えることになりました。その頃、グレイブは、ディアブルの力を使っていちご坂商店街を闇に染めてしまいます！

プリキュアたちのピンチにリオが駆けつけ、闇に染まった街を元に戻す方法を教えてくれました。それは街でスイーツを作ってキラキラルで満たすこと。リオとビブリーがグレイブを引きつけている間に、街でスイーツを完成させようとしたプリキュアでしたが…。

商店街のお店のキラキラルが奪われ、商店街の人たちは、リオがキラキラルを奪ったと思い、シエルに文句を言いに来ます。今までやってきたことを後悔し、自分を責めるリオ。どうしていいか悩むシエルに、みんなは心のこもったワッフルづくりをすすめます。

ミサキと対バンライブをすることになったあおいのバンド。でも、リーダーの園部がバンドを抜けることになり、悩むあおい。そんなあおいを元気づけようと、いちかたちはパジャマパーティを開きます。あおいはライブを成功させることができるのでしょうか？

臆病な自分を変えたいと思ったひまりは、スイーツ番組のアシスタントオーディションに参加しました。その応援のために、テレビ局へ来たいちかたち。スイーツへのこだわりが強すぎて失敗したひまりをいちかたちが慰めていると、突然スタジオにエリシオが現れ…。

みくの病気を治すため、研究者になりたいと願うあきら。しかしそれを聞いたみくに、絶対ダメだといわれ、あきらは戸惑います。そしてその夜、みくが病院からいなくなってしまって…!?

ゆかりの提案で、キラキラパティスリーでクリスマスパーティーを開くことになりました。ゆかりはマカロンの作り方を教えて欲しいとシエルに頼み、できあがったマカロンは今まで以上に美味しかったのですが、ゆかりの行動にはある決断が隠されていました…。

みんなは大好きな夢に向かって歩き始めたのに、自分だけ夢が見つからないことを不安に思ういちか。いちかのお誕生日会の日、現れたエリシオそっくりの男。それは、今までエリシオを操っていたノワールの本当の姿だったのです。

エリシオの力で世界は大好きも大嫌いもない空っぽの世界になってしまいます。でも、ペコリンと長老はその影響を受けずに済みました。ペコリンは、空っぽになったいちかたちに“大好きな気持ち”を思い出してもらおうとしますが、グレイブに捕まりピンチに！

ペコリンのおかげで、大好きという気持ちを取り戻したプリキュアたち。それを見たエリシオは、ルミエルとノワールの力で変身。みんなの応援を受けて、プリキュアがエリシオを追い詰めると、エリシオは地球ごとみんなを自分の体の中に閉じ込めてしまいました。

エリシオとの戦いから１年。メンバーたちはそれぞれの夢に向かっていて、いちか以外のみんなのキラパティ最後の日が来ました。実はいちかにもやりたいことがあって、そのためにはペコリンたちとお別れしなければならず、言い出せずに悩んでいたのですが…。