1531. Alentejo. Afonso Mendes de Noronha, 43 anos, cavaleiro da corte de D. João III, luta bravamente contra os castelhanos, obrigando-os a renderem-se. Recupera um relicário roubado ao rei. Mas não percebe que está a ser vítima de uma armadilha palaciana. D. João III, convencido de que foi Afonso a roubar as relíquias, não perdoa a traição. Condena Afonso à morte e despoja a sua família de todos os títulos e riquezas.

Ernesto recebe um fax enviado de 1553 por Antão Teles de Menezes, agente do Ministério, que revela a lista de passageiros da Nau São Bento. Nela devia constar o nome de Luiz Vaz de Camões. Mas por alguma razão ainda desconhecida, a história foi alterada. Se nada for feito, o grande poeta morrerá antes de chegar à Índia. E escrever a sua grande obra, Os Lusíadas.

Estamos em 1940, Francisco e Roberto, comunistas, tentam escapar a Oficiais Nazis nos Alpes franceses. São apanhados pelos alemães. Roberto é morto de imediato. Francisco, num desesperado ato de sobrevivência, diz ter informações relevantes para Himmler: sabe como viajar no tempo!

Também em 1940, no Convento de Cristo, em Tomar, Mafalda Torres, a misteriosa ex-agente do Ministério que já foi responsável pelo atentado a Nuno Álvares Pereira, auxilia João Fernandes e Luís Orvalho, resistentes comunistas clandestinos a fugir para o século XXI. Dá-lhes dinheiro e bilhetes de avião com destino ao Brasil.

Em 2016, Luís e João instalam-se numa pensão barata. João tem consigo uma fotografia da família que deixou para trás.

Salvador recebe as notícias de um encontro secreto entre Salazar e Hitler e chama a patrulha. Teme que este desvio histórico tenha consequências graves, Himmler tinha sido o único alto cargo alemão da época a visitar Portugal - ao Convento de Cristo por acreditar que era onde se encontrava o Santo Sudário.

Ernesto é enviado para 1940. Vai disfarçar-se de empregado de mesa e assim espiar o encontro entre Himmler e Mário Pais de Sousa, o ministro do interior do governo português. Ernesto aproveita para colocar o quarto de Himmler sob escuta.

Em 2016, João adoece e fica incapaz de viajar. Encoraja Luís a partir para o Brasil. Este acede a contragosto, mas antes de partir chama um médico para ajudar o seu camarada.

Pouco depois, o Ministério é alertado para um paciente que deu entrada nas urgências a delirar sobre viagens no tempo... E tem em seu poder uma prova de que veio de outra época. De imediato, Salvador envia Amélia, Tiago e Afonso, com a missão de interrogar o misterioso homem.

Através do misterioso homem e da escuta colocada por Ernesto descobrem que está a ser preparada uma alteração da nossa História, mas acima de tudo o Ministério do Tempo pode também estar comprometido.

Salvador está em choque. Recebe uma visita de um advogado americano, de seu nome Stein. Não só conseguiu descobrir a existência, e a morada, do Ministério do Tempo, como ameaça colocar a organização em tribunal. O motivo: Stein representa o rabino Levy, que em 1492 revelou as portas do tempo a D. João II. Como, anos mais tarde, o rabino acabou queimado na fogueira da inquisição, Stein reclama uma indeminização de 100 milhões de euros... ou vai contar ao mundo inteiro tudo o que sabe sobre o maior segredo do Estado Português. O advogado dá a Salvador cinco dias para efetuar o pagamento.

O caso é grave. Alguém roubou o manuscrito original do livro "A Mensagem", de Fernando Pessoa. Consciente da importância da obra para a literatura portuguesa, Salvador decide enviar a sua melhor patrulha a 1934.

Viseu, 2016. Numas escavações arqueológicas, a um sítio do séc. XV, dois arqueólogos encontram o mais inacreditável objeto imaginável: um moderníssimo telemóvel, perdido há mais de quinhentos anos!

Irene relembra o momento do seu recrutamento para o Ministério do Tempo, em 1965. Foi Armando Névoa quem a recrutou, salvando-a de uma vida infeliz, à qual Irene estava disposta a pôr termo.

Tiago sonha recorrentemente com a morte de Mariana, no dia 23 de dezembro de 2013. Ao seu lado surge sempre um misterioso personagem, que Tiago reconhece de algum lado mas não consegue identificar.

Lisboa, 1981. O agente da polícia judiciaria, Júlio Mendes, conhecido pela alcunha de Pacino, está a interrogar os seus informadores no Casal Ventoso quando recebe um pedido de ajuda pelo rádio do carro. Violência doméstica no 3º andar da Rua António Grilo, nº 28. Pacino já ouviu falar dessa morada. Larga o que está a fazer e corre para lá.

Lisboa, 1887. A tinta da última página de "Os Maias" ainda não secou e já Eça de Queiroz recebe uma oferta irrecusável. Uns editores ingleses querem comprar o seu manuscrito. E por uma quantia tal que Eça de Queiroz vai poder finalmente realizar o seu sonho mais secreto: tornar-se dramaturgo e encenador de teatro. Sem saber que o homem que tem à sua frente é Wallcott, um agente da misteriosa Companhia, Eça de Queiroz aceita o negócio e troca a sua carreira literária pelas artes do palco.

Elvas, Natal de 1807. A irmã Maria de Santa Teresinha, superiora de uma congregação forçada pelos franceses a prestar auxílio às suas tropas durante as invasões, recebe a notícia de que Napoleão Bonaparte vai visitar o Forte da Graça. A religiosa não aguenta o choque e cai fulminada por um ataque cardíaco.

Lisboa, 1918. Irene está numa missão muito simples. Impedir que Beatriz Costa, ainda criança, perca a sua voz. É bem-sucedida. Mas uma perigosa epidemia assola Portugal nesse ano. São milhares os infetados. E os mortos. E Irene percebe, ainda antes de voltar a 2016, que está infetada. O mais provável é morrer sem poder voltar ao presente.

Amélia, no seu desespero para reencontrar Tiago, recorre a sessões de espiritismo. Mas tudo o que consegue saber, é que um misterioso mágico se vai cruzar na sua vida.

Timor. 6 de setembro de 1975. As tropas indonésias lançam os seus primeiros ataques ao território de Timor. Por todo o lado repetem-se escaramuças entre os invasores e os guerrilheiros da Fretilin. Os mortos e feridos amontoam-se. Um enfermeiro branco é ferido e quase morre ao tentar salvar um guerrilheiro. É Tiago.

Salvador está furioso. O maior segredo da humanidade acabou de ser revelado. Um segredo que apenas uns poucos escolhidos no Ministério do Tempo conheciam: o motivo do sorriso da Mona Lisa, o famoso quadro de Leonardo Da Vinci. E para piorar as coisas, é fim de semana. A maior parte dos funcionários do Ministério do Tempo está de folga.

1317. O rei D. Dinis e Lopo, um dos seus nobres, passeiam-se a cavalo enquanto conversam sobre as virtudes da plantação de um grande pinhal em Leiria. Vão-se aproximando do Sabugal, onde a Rainha Santa se passeia nas ruas. Condoída com a miséria a que assiste, a rainha distribuí pão e ouro pelos pobres, mesmo sabendo que D. Dinis se opõe a esta prática.

Em 2016 Salvador está calmamente a ler o jornal quando é interpelado por Fidelino, um teórico da conspiração, que avisa ter colocado um vídeo na internet a denunciar a existência do Ministério do Tempo.

Salvador informa a patrulha de que o vídeo ultrapassou em muito o meio milhão de visionamentos. Numa tentativa de evitar medidas mais drásticas, Salvador resolve tentar eliminar as suspeitas de Fidelino. Para isso vão convida-lo para uma visita ao Ministério.

Em 2016, Cristina e Afonso preparam-se para um fim de semana romântico em Palmela.

Em 1212, Sancho, um pobre pastor, e Constança, a noiva de um nobre, trocam juras de amor eterno. Clemente, o nobre, apanha-os. E sem piedade, mata Sancho. Poupa a vida a Constança, a quem obriga a casar-se com ele. 2016, Afonso sente-se perdido com Cristina. Os seus modos medievais tornam-se cada vez mais difíceis de esconder. Em desespero, pede a Amélia, Tiago e Irene que se juntem a eles.

Em 1588 a armada invencível de Filipe I de Portugal afunda-se ao largo de Inglaterra. Quando o rei fica a saber da derrota, sente-se desesperado. Não aceitando a derrota, Filipe I parte para Lisboa, onde está localizado o "seu" Ministério do Tempo.

2016. Em choque, Amélia, Tiago e Afonso estão perante uma realidade completamente diferente da que conheciam. Todos os que conhecem estão muito diferentes... E de Salvador nem sinal. Portugal faz parte de Espanha, Afonso e Tiago fazem propaganda pelo exercito, Afonso vai ser pai e Mariana está viva! Tiago vai ter com Mariana. Afonso com a sua mulher. Amélia fica encarregue de tentar perceber o que se passa.