유리네에게 속박될 수밖에 없는 카라스의 숙명에서도 벗어난 에코의 다음 목적은 신주쿠의 개조였다. 신주쿠 거리에 갑자기 나타난 기계뿌리가 인간을 덮치기 시작한다. 뿌리요괴는 바로 에코의 몸을 변신시켜 도시의 지배자로 만들기 위한 거대한 에너지 공급 기계였다. 외부로부터 신주쿠를 차단하고 내부의 모든 인간들을 죽이려는 에코. 그 와중에도 신주쿠 경찰서장으로 변장해 있던 우시오니(牛鬼)는 정체를 드러내 사람들을 죽이게 되고.....