Dans un univers où théologie, magie et science sont entremêlées, Lyra Belacqua, qui a grandi au Jordan Collège, à Oxford, rêve de suivre son oncle, Lord Asriel, dans les Royaumes du Nord. Considéré comme un hérétique par les membres du Magistérium, celui-ci a fait d'étonnantes découvertes lors de sa dernière exploration dans le cercle polaire. Dans le même temps, des enfants disparaissent mystérieusement ici et là...

Lyra s'installe dans le luxueux appartement de madame Coulter, à Londres. Émerveillée par tout ce qu'elle découvre, elle ne peut cependant s'empêcher de s'inquiéter de l'avancée des recherches pour retrouver son ami Roger. Cette insistance agace sa bienfaitrice, qui aimerait que sa protégée lui obéisse sans discuter. De leur côté, les gitans cherchent à savoir où sont retenus tous les enfants qui ont disparu, ravis par les mystérieux Enfourneurs. Lord Boreal, lui, mène son enquête...

En fuite, Lyra et Pan sont sauvé des Enfourneurs par Tony et Benjamin, qui la ramènent chez les gitans. Ma Costa héberge la jeune fille, qui accepte à contrecœur de rester au sein de la communauté des gens du voyage le temps de retrouver Roger et les enfants disparus. À la recherche de Lyra, madame Coulter met Jordan Collège à sac et découvre que la fillette possède un précieux objet. Boreal poursuit ses investigations et fait une découverte surprenante...

Lee Scoresby, un aéronaute, arrive à Trollesund, à la recherche de Iorek Byrnison, un ours tombé en disgrâce. Tenur pour responsable d'un carnage, il a été privé de son armure par le Magisterium et travaille comme simple ouvrier. Lyra et les gitans sont également sur place. Farder Coram souhaite entrer en contact avec la sorcière Serafina, pour s'assurer de son soutien dans leur entreprise. Le Magisterium voudrait remplacer madame Coulter à la tête des Enfourneurs, mais celle-ci ne compte pas se laisser faire...

Accompagnés de Iorek et Scoresby, Lyra et les gitans poursuivent leur route vers le Nord, à la recherche des enfants enlevés par les Enfourneurs. L'aléthiomètre indique à la jeune fille qu'elle doit se rendre dans un village de pêcheurs, mais ses compagnons hésitent à la laisser s'y aventurer seule. Iorek accepte de veiller sur elle. Dans une réalité alternative, Will Parry a bien du mal à suivre une scolarité normale tout en veillant sur sa mère malade. Thomas et Boreal les surveillent de près...

A Bolvangar, où sont retenus les enfants enlevés par les Enfourneurs, Lyra se fait appeler Lizzie. Elle est soulagée de retrouver Roger sain et sauf et découvre que des expériences y sont menées pour tenter de séparer les jeunes prisonniers de leurs daemons. Révoltée par ces actes barbares, Lyra incite ses codétenus à se préparer pour une prochaine évasion. La visite de madame Coulter l'oblige à se cacher pour ne pas être reconnue...

Après sa chute, Lyra est capturée par un ours en armure et présentée à Iofur Raknison dans son palais de Svalbard. Elle parvient à lui faire croire qu'elle est le daemon humain d'Iorek, créée par des scientifiques à Bolvangar. Un terrible combat a lieu. Boreal rend visite à Elaine Parry et insiste pour qu'elle lui remette les lettre rédigées par son mari, ce qu'elle refuse catégoriquement. Madame Coulter et les hommes du Magisterium prennent la direction de Svalbard pour se débarrasser d'Asriel...