A la recherche de Lyra, Will reçoit la visite de deux anges qui viennent lui révéler que cette dernière est détenue par madame Coulter.

Toujours accompagné par Balthamos, Will espère retrouver Lyra très vite. Les troupes d'Asriel se préparent à provoquer l'Autorité pour l'obliger à révéler sa véritable nature. Mais le père de Lyra apprend par un espion que le Magisterium met tout en oeuvre pour retrouver sa fille.

Lyra veut se rendre au Pays des morts pour sauver Roger, mais Will a d'autres projets. Madame Coulter insiste auprès d'Asriel pour qu'il se porte au secours de leur fille. Mary reprend la route.

Madame Coulter retourne au Magisterium où elle tente de regagner la confiance du Père Président. Pendant ce temps, Lyra et Will tentent d'atteindre le Pays des morts mais sont perdus dans un univers étrange. Un combat épique se prépare dans cette ultime saison qui adapte Le Miroir d'ambre, le dernier tome de la trilogie signée Philip Pullman.

Mary poursuit sa marche en suivant l'animal étrange, qui finit par l'amener auprès des siens. Will et Lyra arrivent à destination et s'enfoncent dans l'obscurité.

Marisa Coulter revient auprès d'Asriel et lui annonce une sombre nouvelle. Au Pays des morts, Lyra retrouve Roger et Lee. Alors que tout s'écroule autour d'eux, Lee guide le groupe vers la sortie. Dans tous les univers, la Poussière provoque d'importants changements ...

Le succès de la rébellion dépend de la survie de Lyra et Will. Marisa Coulter n'est pas convaincue par le plan d'Asriel pour gagner du temps afin de permettre à leur fille et son ami de retrouver leurs daemons. Xaphania avertit madame Coulter que son amour pour Lyra est à la fois son salut et sa perte...

Lyra et Will n'ont toujours pas retrouvé leurs daemons. Lyra pense que madame Coulter est morte et a le sentiment qu'Asriel est parti, lui aussi. Le chemin des deux adolescents les mène jusqu'à Mary, qui leur explique que la poussière vient à disparaître. Le père Gomez poursuit sa traque pour des fugitifs...