Dans un univers où théologie, magie et science sont entremêlées, Lyra Belacqua, qui a grandi au Jordan Collège, à Oxford, rêve de suivre son oncle, Lord Asriel, dans les Royaumes du Nord. Considéré comme un hérétique par les membres du Magistérium, celui-ci a fait d'étonnantes découvertes lors de sa dernière exploration dans le cercle polaire. Dans le même temps, des enfants disparaissent mystérieusement ici et là...

Après sa chute, Lyra est capturée par un ours en armure et présentée à Iofur Raknison dans son palais de Svalbard. Elle parvient à lui faire croire qu'elle est le daemon humain d'Iorek, créée par des scientifiques à Bolvangar. Un terrible combat a lieu. Boreal rend visite à Elaine Parry et insiste pour qu'elle lui remette les lettre rédigées par son mari, ce qu'elle refuse catégoriquement. Madame Coulter et les hommes du Magisterium prennent la direction de Svalbard pour se débarrasser d'Asriel...

Alors que le Magisterium se rapproche, Lyra en apprend plus au sujet de la révolte d'Asriel. Mais elle paiera au prix fort l'aide qu'elle lui apportera...

Après que Lord Asriel ait ouvert un pont menant à un nouveau monde. Totalement désemparée par la mort de son meilleur ami Roger, Lyra suit Asriel dans l'inconnu. Au sein d'une mystérieuse cité abandonnée, elle fait la rencontre de Will, un jeune garçon venant du même monde que le nôtre et qui, tout comme Lyra, est hanté par un passé trouble.