250년 전에 사망한 타케시 코바치. 그가 새로운 육체 안에서 깨어난다. 생명의 대가는 값비싼 법. 그는 거미줄 같은 음모 속에서 거물 사업가의 살인범을 찾아내야 한다.

뱅크로프트를 죽이겠다고 협박한 수많은 사람. 그중 한 남자에게 주목한 코바치는 그를 뒤쫓기 시작한다. 오르테가 경위는 도를 넘는 행동까지 하면서 코바치를 감시한다.

코바치는 살인 사건 용의자들이 모두 모이는 파티에 초대받는다. 그곳에서 뒤를 봐줄 파트너가 필요한 코바치. 뜻밖의 인물과 동행한 그는 추악한 진실을 목격한다.

납치당한 코바치에게 잔인한 고문이 시작된다. 하지만 그는 엔보이, 누구와도 다른 훈련을 받은 군인이다. 죽은 자의 날을 맞은 오르테가는 놀라운 손님을 동반한다.

자신의 육체가 누구 것인지 알게 된 코바치. 오르테가는 그에게 모든 사연을 들려준다. 그리고 인공지능의 도움으로, 둘은 뱅크로프트 사건의 결정적인 단서를 찾아낸다.

생사의 경계를 넘나드는 오르테가. 뱅크로프트 가문은 코바치가 알아낸 사실 때문에 쑥대밭이 된다. 그리고 새로운 얼굴로 나타난 적, 결코 만나고 싶지 않은 얼굴이다.

머나먼 과거로부터, 누군가 코바치를 찾아온다. 그렇게 시작되는 지난 세월의 기억. 보호국에서 반군으로, 퀠과의 만남과 이별로, 코바치의 기구한 삶이 드러난다.

그가 알던 모든 것이 거짓이었나. 진실과는 무관하게, 뱅크로프트 사건을 해결해야만 하는 코바치. 오르테가는 코바치를 데리고 사라진 여자의 정체를 밝히려고 한다.

잔인하고 광기 어린 인간의 얼굴. 코바치와 동료들은 그 가면을 벗기고 진실을 폭로하려 한다. 그리고 모든 것을 건다. 그들의 심장부로 들어가, 소중한 이를 구하기 위해.

최후의 순간이 다가온다. 하늘을 떠다니는 그들만의 왕국, 궁지에 몰린 코바치. 그곳으로 누구도 상상하지 못한 구원자가 강림하고, 또 다른 비밀들이 드러난다.

어둠에 갇힐 것인가, 영원히 고통받을 것인가. 모진 고문 속에서 과거의 유령과 싸우는 코바치. 포는 그를 구하고자 다른 AI와 접촉하고, 트렙은 아닐의 단서를 잡는다.

시작도 끝도 스트롱홀드에서였다. 수많은 기억이 서린 장소에 도착한 퀠. 지하에 묻힌 비밀은 그녀의 기억을 되살려줄까. 카레라는 퀠을 잡기 위해 함정을 판다.