「なぜ私が変身できるの!?」(如月ハニー)国際犯罪結社“パンサー・クロー”が、ロボット工学の天才・如月博士の自宅を襲撃した。娘であるハニーは自宅に急行するが、父は既に冷たくなっていた。パンサー・クローは、博士の開発した空中元素固定装置を奪おうとしていたらしい。悲しみに暮れるハニーに、今は亡き父からのメッセージが届く。彼女こそ空中元素固定装置を肉体に隠し、装置の力で様々な姿に変身出来るサイボーグ・キューティーハニーだというのだ！

「青児さんを傷つけたのは、私をおびき出す罠だったのね…」(如月ハニー)パンサー・クローの首領であるパンサーゾラは、美しいものを奪い、手に入らないなら破壊するという悪行を繰り返していた。首領の妹の座を許された日本支部長・シスタージルが、美術品の除幕式を襲撃する。フリーの記者・早見青児が巻き込まれたことを知ったハニーは、彼が入院している病院へと向かう。ところがこの病院、患者から医者まで全員がパンサークローのメンバーだった。シスタージルが罠を仕掛けていたのだ！

「たった一晩で店を建てちゃうなんて、ちょっとオーバーですよねぇ」(早見順平)ニューヨークにある世界一の宝石店ティフェニーが、突如日本にオープンした。しかも開店記念として、時価数百万円もする宝石を無料で提供するという。怪訝に思ったハニーは、取材のために店を訪れていた青児と共に調査を進め、店のオーナーがパンサークローの怪人・トマホークパンサーであることを突き止める。一方のトマホークパンサーも、空中元素固定装置を奪うための誘き出し作戦を実行に移し、青児を連れ去って人質に取ってしまう。

「ここから先へは、この早見団兵衛…命に代えても行かせん！」(早見団兵衛)国宝級の美術品を所蔵する古代美術館が、何者かに建物ごと持ち去られた。キューティーハニーの正体を唯一知る人物・早見青児は、取材のために彼女に協力を要請。二人で美術館の捜索に乗り出す。事件の陰にはパンサークローの怪人・バッドフライが潜んでいた。青児はバッドフライの攻撃を受け、重傷を負ってしまう。手当てを受ける青児の代わりに、武芸が得意だという父・早見団兵衛がハニーのボディーガードに名乗りを上げるが…。

「父の仇のパンサークロー、断じて容赦しないよ！」(キューティーハニー)エジプト展で展示されることになった黄金の王冠は、時価にして50億円という、ハニーも思わず見惚れるほどの逸品である。その王冠に、パンサークローの怪人・タランチェが目をつけた。青児の招待で見学に訪れたハニーは、目の前で奪われた王冠を取り戻そうと、『エジプト大魔術団』のショーテントへと追走する。ところが空中元素固定装置を奪おうとするタランチェに捕らわれ、絶体絶命のピンチに陥ってしまう。

「お前がキューティーハニーなら、私だってシザーズクローだ！」(シザーズクロー)遊園地『シザーズランド』のオープン記念に、トレアドル公国のダーティーマリー王女が招待された。だが園内には、女王の証であるクイーンリングを奪おうと企むパンサー・クローが待ち構えていた。たまたま遊びに来ていた順平と団兵衛が、女王の目の前を通りかかったなりゆきでガイド役を押しつけられた挙げ句、巻き添えで捕虜になってしまう。パンサー・クローの出現を知ったハニーは、一同を助けようとアトラクションへの潜入を試みる。

「シルバーフルーレの味を試してみる？」(キューティーハニー)パンサークローの怪人・アイアンシャドーと相棒の黒豹ジャンゴが、国宝級の仏像を盗み出した。その仏像には対になる仏像がもう一体あり、青児の調査によると、アイアンシャドーがそちらを狙うことは確実らしい。そこでハニーは、もう一体の仏像が奉納されている寺を訪れ、尼に化けて待ち伏せすることにした。狙い通りに黒豹ジャンゴが現れるものの、しなやかで素速い動きの前に仏像はまんまと奪われてしまう。

「如月ハニーだって？　ちゃんちゃらおかしいや、私の本当の正体を見せてやる！」(キューティーハニー)東洋歴史博物館に展示されている『バルゴ4世の王冠』は、世間でも話題の逸品である。全世界に二つとない宝石が散りばめられており、一目見るために観覧客が行列を作るほどだ。その王冠が、パンサークローの怪人・オクトパンサーに盗まれてしまった！　オクトパンサーは手足をタコのように動かし、吸盤でどんなものでも捕獲する強敵だ。青児らと共に追跡を始めたハニーは、わずかの油断から捕らわれて体の自由を奪われてしまう。

「あの二人が連れて行かれちゃったら、私の住んでいるところが分かっちゃうわ！」(如月ハニー)学園脱走の常習犯であるハニーをおとなしくさせようと、ミハル先生がアルフォンヌ先生とハニーを連れて早見家を訪れた。そこに怪事件を報せるニュースが飛び込んでくる。無数の鳥たちが突然パニックを起こし、人間を襲っているというのだ。さらに大混乱にまぎれて現れたパンサー・クローに、ミハル先生とアルフォンヌ先生が捕らわれてしまう。このままでは二人の口から、ハニーの普段の居場所が知られてしまう…。

「脱走は私の生き甲斐なのよ、べーッだ」(如月ハニー)ハニーの普段の居場所を突き止めようと、パンサークローは怪人・カッタークローに順平を狙わせた。カッタークローは占い師の姿で順平の夢枕に立ち、「お前は24時間以内に死ぬ」と嘘のお告げを与える。すっかり信じ込まされた順平は、祈るような思いでハニーにすがりつく。問題の占い師とは、いったい何者なのだろうか？　パンサー・クローの存在に勘付いたハニーは、死の影に怯える順平を立ち直らせるために反撃に出る。

「校長先生さえいなかったら暴れてやるのに…」(如月ハニー)火山噴火の余波で、箱根の地下から3000年前の財宝が飛び出した！　この様子なら、掘り返せばもっとお宝を手に入れられるかもしれない。そう考えた人々が殺到したせいで、突然のゴールドラッシュが始まった。だが“姿なき妖怪”が現れたせいで、発掘現場は立ち入り禁止区域に指定されてしまう。妖怪の正体を調査に出かけた青児たち。ハニーは発掘現場に迷い込んだ挙げ句、暗躍するパンサー・クローに捕らわれてしまう。

「ハニー、キミ…泣いているのかい？」(早見青児)豪華客船でのファッションショーに、ハニーがモデルとして出演することになった。しかも世界でたったひとつの赤い真珠『人魚の涙』を身につけてである。だがショーの会場にパンサー・クローの怪人・シーパンサーが乱入し、人魚の涙を奪おうと襲いかかってくる。実はこの真珠、人魚にまつわる悲しい伝説を持った宝石だった。真珠の涙を流したばかりに、漁師たちに命を奪われた人魚。人魚とシーパンサーの関係とは？

「おじさん、わかったでしょ。私は人間じゃないの…」(キューティーハニー)ハニーたちは山奥の温泉地へ向かう途中、次々と原因不明の災難に襲われる。落石に見舞われて危うく下敷きになりかけたかと思うと、吊り橋を渡れば橋が崩落し、あと一歩遅ければ谷底に真っ逆さまだったという不運。胸騒ぎを覚えた青児は原因を突き止めようと、ハニーたちが温泉でのんびりしている間に調査に出かけるの。ロープウェイ上での激しいバトル。団兵衛たちに告げられる真実。ハニーの運命が大きく動き始める。

「キミが死んで、なっちゃんが喜ぶと思うか!?」(早見青児)正月休み最後の日、聖チャペル学園に転校生が母親に連れられて来た。彼女の正体は怪人・ダイナマイトクロー。母親はシスタージルだ。それに気づいたハニーは青児たちに応援を頼み、学生寮で一晩を過ごすという二人に監視の目を光らせる。しかし、彼女の前には予想だにしなかった悲劇が待ち受けていた。

「先生方まで酷い目に遭わせたパンサー・クロー…絶対に許せない！」(如月ハニー)焼け落ちた校舎を修復しようと、ミハル先生とアルフォンヌ先生は大道芸で資金稼ぎを始めた。順調にいくかと思われた矢先、二人はパンサー・クローの襲撃に遭って重傷を負ってしまう。パンサー・クローはハニーに近い人間を攻撃することで、彼女を孤立させるつもりなのだ。ミハル先生たちは早見家に保護されるが…。

「私に海の宝をプレゼントしてくださいませ」(ファンシーハニー)コペンハーゲン行きの旅客機が何者かにハイジャックされた。ハニーたちは捜査官に扮して旅客機が着陸したマナコ王国へと急行する。王国の国営カジノは、パンサー・クローの資金源になっていた。客の中には学園の再建資金を稼ごうとするアルフォンヌ先生やハニーに一目惚れした国王まで紛れ込んでいて…。

「なんと素晴らしいロマン！　なんと素晴らしいアドベンチャー！」(早見青児)北極の国連科学基地で取材にあたっていた青児が、突如として消息を絶った。心配したハニーたちが基地を訪れると、隊員たちは一人残らず正気を失っていた。催眠術を駆使する怪人・オーロラパンサーの仕業だ。ハニーたちは、オーロラパンサーの術にかかって操り人形になった青児と戦う事になってしまう。

「罠だったら喜んでかかりましょうよ」(如月ハニー)客船でのクルージング中、ハニーたちは海底火山の噴火に巻き込まれてしまった。ボートで漂流していた一同は、噴火によって出現した島に上陸する。島は生まれたばかりなのに、どういうわけか青々とした森が茂っている。実は島自体がパンサー・クロー用意した罠で、森の草木は恐ろしい食人植物だったのだ！

「パンサークローは美女揃い。フン、やる事だってカワイイのさ」(ピューマンクロー)謎のＵＦＯがカメラに捉えられたが、撮影者が行方不明になってしまった。写っているＵＦＯは、どう見てもパンサー・クローの乗り物。現場へ調査に訪れたハニーたちに、怪人・ピューマンクローが奇襲をかける。辛くもこれを退けたハニーたちは、パンサー・クローがある計画を練っていることを突き止める。

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「とうとうムー大陸の財宝を見つけたわ」(ターザンハニー)ハニーたちはムー大陸の財宝を探すため、南国の島にやって来た。だがシスタージルの待ち伏せに遭い、怪人・クロコダイルクローに襲われる。しかも島には、猿の大軍団や底なし沼など、他にも数多くの危険が待ち受けていた。伝説のお宝を手にするのはハニーたちが先か？　それともパンサー・クローが先か？

「私はね、平気で自然を破壊するお前たちにイライラしているんだ！」(ハリケーンハニー)1000万円の賞金を賭けて、富士山麓縦断ラリーが始まった。ハリケーンハニーと青児のコンビ、学園再建資金を獲得しようと執念を燃やすミハル先生と校長チーム、ツインパンサー・ワンとツーの怪人チームらが、激しいデッドヒートを繰り広げる。パンサー・クローは大会スタッフに化け、ハニーに妨害工作を仕掛ける。

「これじゃハレンチ学園だわ」(如月ハニー)ハニーは団兵衛からパラダイス学園への入学を勧められた。上流志向の素敵な高校らしい。ハニーは期待に胸を膨らませながら転入手続きを済ませるが、学園の実情を目にして愕然とする。パラダイス学園は荒れ放題に荒れ、“可愛い甥っ子”と聞かされていた直次郎は粗野でいかつくてハレンチな番長だったのだ！

「今から私がパラダイス学園 のリーダーになるわ、文句ある？」（謎の美女）ハニーは妙な成り行きから、パラダイス学園の番長になってしまった。彼女の提案で全校あげてのレクリエーション大会が開催されるが、思わぬ乱入者が現れる。学園の支配をもくろむ怪人・スコーピオンパンサーだ。彼女は実力と美貌でほとんどの生徒を手なずけ、孤立したハニーをジリジリと追いつめてゆく。

「パンサー・クロー第一の勇者、ドリルクロー…」(キューティーハニー)パンサー・クローはドリルクローを新たな刺客として送り込んできた。ドリルクローは卑怯な手段を憎み、正々堂々と戦うことを旨とする勇者だ。一方のシスタージルは、団兵衛たちを誘拐して人質に取り、卑劣な脅迫によって勝利を得ようとする。ドリルクローはそれを知ると、人質をハニーに返そうとするが…。

「今度こそは、お父様の霊に誓ってお前を討つ！」(キューティーハニー)課外授業中のハニーたちを、怪人・イーグルパンサーが襲撃。ハニーたちを魔城・パンサーシャトーに誘き寄せることが目的だった。城の奥にはシスタージルが待ち受けていた。ハニーは沼地に誘い込まれ、特殊な霧によって視力を奪われながらも、果敢に最終決戦に挑んでゆく。愛の戦士の裁きの剣が、悪の女王に天誅を下す！