NSS요원 현준(이병헌)을 죽음에 이르게 한 ‘아이리스’의 첩자활동으로 체포된 NSS 前 국장 백산은 고립된 섬에 감금된다. 몇 년 후, 헬기 한 대가 섬에 착륙 요청을 하고, NSS요원들이 내리는데…… 특수감옥에 도착하자마자 경비대장을 사살하고 감옥 안으로 진입하는 요원들!!

NSS 안가가 아이리스에 의해 습격 당하고, 최민(오연수)과 유건(장혁)은 NSS 내부 첩자에 대한 의심을 가지기 시작한다. 백산은 자신을 구해준 유건에게 의미심장한 말을 남긴다. “곧 남북고위급 회담이 열릴 것이고, 타겟이 남인지 북인지… 아니면 둘 다 일지 모르지만.. 헝가리에서 큰 일이 생길거야…”

헝가리에서 열리는 남북고위급 회담의 경호를 위해 투입된 TF-A팀. 남측 대표로 조명호 전 대통령(이정길)이, 북측 대표로는 권영찬이 참석하는 회담에 북측 경호 인물 중 박철영(김승우)이 포함되어 있다. 유건과 철영이 서로를 견제하는 가운데 첫째 날 회담이 무사히 끝나고 이어진 만찬장에서 의문의 중국인 웨이트리스가 권영찬에게 와인을 쏟는데…

TF-A팀 팀장인 유건(장혁)은 한반도 통일준비위원회 습격의 책임으로 정직 처분을 받고, 오랜만에 휴식시간을 갖는다. 수연과 함께 어머니가 계신 평창으로 향하는 유건. 오랜만에 하경위를 찾아간 유건은 그곳에서 레이를 만나는데…!! 한편 최민에게서 유중원에 대한 정보를 받고 단독임무로 캄보디아로 간 현우는 씨엠립 뒷골목에서 중원을 발견하고 추격전을 펼치는데…

헝가리에서 처음으로 적을 사살한 수연은 좀 처럼 총을 다시 잡기 힘들어지고, 이를 지켜보는 현우는 안타깝기만 하다. 반면 유건은 아버지(유상준)의 흔적을 쫓던 중 그의 마지막 접촉자가 백산이었다는 사실을 알게 되고 혼란스러워 진다. 한편 최민 부국장의 지시로 경호팀의 시혁과 영민이 NSS에 합류하게 되는데…

백산 이송 작전 중 머리에 총을 맞고 쓰러지는 유건. 수연은 아이리스 용병들을 차례차례 쓰러뜨리고 유건이 쓰러진 곳으로 급히 가는데 핏자국만 남아있고 유건이 사라졌다!! 수연은 유건을 찾아 헤매고 현우는 이 모습을 바라볼 수 밖에 없다. 한편 북한에 의해 감금되어 있던 연화는 신문을 이용한 비밀 프로토콜을 통해 아이리스로부터 메시지를 전달받는데….

유건이 사라진 후, 9개월의 시간이 지났지만 수연은 유건이 돌아오리라는 희망을 버리지 않는다. 한편, 기억을 잃은 유건은 레이를 통해 지시 받은 요인 암살 임무를 수행하면서도 자신의 정체성에 대해 괴로워한다. NSS에서는 철영, 중원, 연화가 일본으로 입국하였다는 정보를 입수하게 되고 이에 수연, 현우, 시혁은 일본으로 향하는데…

기억을 잃은 채 자신이 아이리스인줄로 안 채 레이가 지시하는 임무들을 수행하던 유건은 레이, 연화와 함께 한국으로 밀항한다. 간혹 자신의 과거인듯한 어떤 장면들이 떠오르지만 여전히 자신의 정체에 대해서는 아무것도 기억나지 않는다. 한편 한국에서는 남북한 통일 회담이 다시 한번 진행되고, 회담을 위한 준비가 시작된다. 레이는 유건에게 단독 임무를 맡기는데…

남북한 통일 회담의 호위 총괄로 중원이 나타나자 수연과 현우는 놀라는데, 최민은 이미 알고 있는 눈치. 중원과 최민의 보이지 않는 대결이 시작된다. 한편 유건은 아이리스 요원들과 회담이 열리는 장소에 소리 없이 잠입한다. 회담 경호를 맡은 수연은 북한대표 권영춘의 방에 의문의 상자가 전달되는 것을 목격하고 NSS요원들과 함께 상자의 출처를 추적하는데…

밀항을 위해 대기하던 아이리스 용병들의 아지트를 발견한 수연. 어두운 창고 속에서 드디어 유건을 만나게 된다. 하지만 유건은 수연을 기억하지 못하고 총구를 겨누는데… 한편 통준위가 열리고 있는 회담장에서는 중원이 제시한 24시간이 끝나가고 있지만 권영춘을 찾지 못하였고, 최민은 북한의 미사일 발사를 막기 위하여 중원과 담판을 짓는데…

NSS에서는 유건이 아이리스가 되었다는 사실에 경악하지만 수연만은 유건이 그럴리 없다며 수진처럼 기억이 조작 당한 것 같다고 주장한다. 그러던 중 처참한 몰골로 묶여있는 유건의 영상이 아이리스로부터 보내져 온다. 아이리스가 유건과 백산의 교환을 요구해 온 것! NSS는 교환에 응해야 할 것인지 의견이 분분해진다. 한편 기억이 돌아온 유건을 감시하던 연화는 유건으로부터 충격적 사실을 듣게 되고… 그날 밤, 모두가 잠든 시각 어둠을 뚫고 어디론가 향하는 연화…!

유건과의 교환작전 중 사라진 백산. NSS는 다시 한번 비상사태에 돌입하게 되고, 백산과의 교환작전으로 NSS로 돌아온 유건은 NSS의 취조를 받던 중 수연과 가슴 아픈 재회를 하게 된다. 그리고 이 모습을 안타깝게 바라보는 현우는 가택연금조치를 받은 유건을 감시하라는 강철환국장의 지시에 갈등하는데…… 대통령과의 면담을 통해 유건의 사면을 이끌어 낸 최민은 유건에게 긴밀히 비공식적 임무를 준다. 앞으론 NSS 요원으로서 공식적으로 행동할 수 없으며 그림자가 되어 백산과 유중원을 쫓으라는 것!

기억을 되찾은 유건은 지영을 찾아오는데 백산과 함께 있는 지영의 모습을 보고 몸이 굳어버린다. 백산을 아버지라고 소개시켜주는 지영의 말에 더욱 혼란스러워지고.. 순간 총성이 울리는데..!!! 최민은 시혁에게 전술B팀을 데리고가 백산을 찾아올 것을 지시한다. 백산 몰래 그의 몸에 위치 추적기를 심어놓았던 것. 한편 위상철의 살해 용의자로 유건이 지목되고, 동시에 유건은 또다시 사라지는데…

자신의 신변보장을 조건으로 미스터블랙과의 접촉을 제안하는 레이. NSS는 이 제안을 받아들이고 레이가 안내하는 장소로 이동하지만, 어딘가 잘못되었음을 감지하는 수연. 도착지에 근접하자 NSS에 온 한 통의 전화. 중원이다. 함정에 빠진 NSS! 그러나 NSS와 대치중인 중원이 있는 곳에 몰래 잠입하는 유건. 한편, 백산은 최민에게 약속했던 핵의 행방에 대한 정보를 알려주는데…!

긴급히 최민의 부름을 받고 한밤중에 국방과학연구소에 오는 현규. 그 앞에 최민은 백산으로부터 건네 받은 핵을 내 놓고, 오현규 실장은 충격을 받는데…! 한편 유건은 태희의 행적을 추적하여 중원의 아지트를 찾아내지만 동시에 누군가로부터 문자를 받은 중원은 아지트가 노출된 것을 알고 다급히 떠날 채비를 한다. 최민은 자꾸만 NSS내부 정보가 새 나가자 아이리스의 첩자를 찾기 위해 수연에게 현우와 시혁에 대한 뒷조사를 지시하는데…

NSS 내부 첩자로 의심되는 인물에 현우와 시혁이 지목되는 가운데 그 누구도 믿을 수 없는 상황이 계속 된다. 현우는 그 누구보다 수연이 자신을 믿지 못하는 사실에 괴로워하고…한편 유건은 국가기록원에서 제4공화국 당시 핵 개발과 백산의 임무에 대한 기록을 찾아내면서 미스터 블랙의 정체에 대한 실마리를 얻게 되고, 중원은 백산을 잡기 위해 덫을 놓는데……

중원의 의도대로 수연을 구해내고 대신 잡힌 백산. 중원은 백산의 말대로 핵 무기가 모두 대한민국에 넘겨진 것인지 알아내기 위해 고문을 시작하는데……유건은 백산이 갖고 있는 하나 남은 핵무기를 중원에게 빼앗기면 안 된다는 최민의 지시에 백산을 구출하러 중원의 아지트로 혼자 가려 하고, 연화는 자신이 도와주겠다며 동행 한다. 한편 첩자 용의자로 지목되어 조사를 받기 위해 국정원으로 향하던 현우와 시혁. 얼마 지나지 않아 그들이 탄 전술차량 안에서 총성이 들리는데…!

하승진은 대한민국을 핵 보유국으로 만들고자 세계 굴지의 방위산업체인 제논과 손을 잡기로 한다. 그리고 제논의 회장인 앤서니 최와 만남을 갖는데… 드디어 중원은 블랙으로부터 만나자는 연락을 받고 새로운 안가로 이동한다. 그곳에서 그들을 기다리고 있는 것은 시혁! 한편 수연은 다친 현우를 보며 잠시나마 아이리스로 의심했던 것을 미안해한다. 그때 현우에게 시혁으로부터 전화가 오는데!!

미스터블랙의 지시로 핵을 탈취하는 중원. NSS는 비상사태에 돌입하고, 수연은 유건에게 도움을 청한다. 날이 갈수록 유건의 상태가 점점 더 악화되어가자 연화는 그런 유건이 걱정스럽고…... 한편 백산은 유건에게 마지막 메시지를 남기고 블랙과 직접 담판을 짓기 위해 나선다. 장철에게 백산의 계획을 전해들은 유건은 백산이 목숨을 걸었음을 직감하고, 아이리스에게 빼앗긴 핵을 되찾고 백산을 구하기 위해 블랙을 찾아가는데…